大同研究院的设立，是朱由检在祭祀上布局的一部分。
它将像马院一样，作为思想领域的一道防线。
以后，城隍司将专注于宗教，大同院则专注民族等方面，抵御蛮夷文化和堕落文化传播。
表面上，它是以是否有利于致大同，作为评判标准。
实际首先按照华夷之辨，把没有大同概念、不可能致大同的蛮夷文化，从大明的舆论场排斥出去。
黄赌毒等堕落文化，方言和异体字等不利于天下大同的地方文化，同样会限制传播，把它们的影响力限制在一定范围内。
钱谦益在明白皇帝的意图后，很快就决定成立思想所，专门安排一部分人审查这方面的问题。
然后他又成立了历史所，打算以是否有利于大同、是否符合华夷之辨，评价各个时期的历史——
他打算在这个过程中，把实证史学贯穿其中，让实学在大同院扎下根基。
甚至，他还打算挑挑黄立极正在编写的简史的错处，争取把简史编撰工作，抢到大同院历史所手里。
那样他们实学就有了对历史的评价权，再也不是无关紧要的学问。
朱由检对黄立极编撰简史拖拖拉拉也有一些不满，知道钱谦益的想法后，对此很是赞赏，思考之后提点道：
“金石考古，始自吕大临。”
“他在《考古图》中，记录了许多古时铜器、玉器。”
“我看大同院也可以成立个金石馆或博物馆，专门存放这些东西。”
“用搜集到的古时器物，什么石器、玉器、陶器、瓷器、铜器、铁器都可以搜集一些，保留原始风貌，用它们印证石器时代、铜器时代、铁器时代的划分。”
“如此才符合朕为实证史学提出的二重证据法，和那些专注文字的史学流派区分。”
钱谦益听了又受到启发，暗恨自己之前为何没有想到这一点。
这明明是为实学打下根基的好机会，可惜他是写了文章就忘了，只满足于用实证史学取代义理史学。
却不知还有金石考古这门学问等着他去收编，实学完全可以把考古学纳入麾下。
当今皇帝在学术上提点他的地方实在太多了，可惜他之前根本不在意，以至于屡屡错失机会。
他决定在大同院成立后，把皇帝公开出去的言语和行动整理一遍，争取深入研究，琢磨清楚皇帝的任何言语。
未来大名鼎鼎的《崇祯宝训》，开始出现雏形。它和《皇明祖训》等训戒，共同作为大明朝的祖训。
这些祖训虽然称不上礼法，没有强制约束力。却有很多礼法条文，据此制定而来。
对于只需要遵守礼法的皇帝来说，祖训同样非常有约束力。
因为他们的帝位就是因为血脉而来，自然要恭敬对待祖先。
——
安排钱谦益组建大同研究院后，朱由检给他拨了一万两银子作为启动资金，看他如何表现。
如果钱谦益还不知珍惜，那就只能放弃对他的培养，把这个人只视作装点门面的词臣。
幸运的是，钱谦益已经知道自己令皇帝失望了，这次说什么也不愿错失机会。
他把想去地方任职的弟子瞿式耜留了下来，留在朝廷任职：
“我奉陛下之命，专督宣传教育，宣扬大同思想。”
“这其中的职责重大，需要得力人手辅佐。”
“你外放的事情，可以等下一届。”
“那时可以直接去地方三司做主官，甚至担任巡抚之位。”
听到这个许诺，瞿式耜道：
“皇上规定师徒回避。”
“弟子和先生不可能同在一个衙门。”
“先生要让弟子做什么，才能辅佐帮助？”
钱谦益抚着胡须，说道：
“去少府寺，帮我看着文思院。”
“这文思院虽然不是皇上设的，却是最受重视的研究院所之一。”
“昔年为师在陛下提点下提出实学，皇上就安排我去文思院。”
“当时还领悟出一些道理，写出格物致知的文章。”
“可惜之后没有再去，文思院和科学院走得更近。”
“这次你去少府寺，就是帮为师拉拢文思院。”
“皇上的要求一定是有深意的，未来大同院和科学院相争，很可能需要文思院。”
这是他思索这几年和皇帝的接触，又发现的一点。
皇帝昔年让他去文思院，一定是有深意的。可惜他没有领会，只去了一次而已。
现在想想文思院近些年研究的器物，基本都是生产工具，很大程度上提高了生产力。
这是符合实学的《生产论》的，他觉得必须重视文思院。
瞿式耜以前在太府寺任官，如今转去少府寺，属于户工二部交流的官员，遇到的阻力不会大。
尤其是在苏松江浙人不能担任户部堂上官的情况下，瞿式耜从户部转向工部，未来的前程会更远大。
瞿式耜也想到了这点，因为这次换届对任官制度虽然多有改变，却没有取消苏松江浙人不得任户部官的规定。反而更加明确，规定江南、江西、浙江等富裕省府出身的官员，不得担任户部诸司堂上官。
瞿式耜先前在太府寺当寺丞，是太府寺堂上官之一。以前他还可以用太府寺不是户部，把相关规定搪塞过去。
如今明确户部诸司都执行这个限制、不得担任堂上官后，他在户部的前程算完了，根本不可能有更进一步的机会。
现在老师让他转向工部，这给了他在工部积攒履历的机会。将来外放回到朝廷后，说不定就能成为工部堂上官。
所以他对此是乐意的。尤其是户部和工部联系很多，户工二部官员通常算作一类。他转任的难度并不大，工部需要精通财政的官员。
就是有一个问题需要解决：
朝堂上换届后已经没有空位了，如何能让人把位置空出来？
对此，钱谦益自信地道：
“少府寺官员一向不足，陛下秉承宁缺毋滥，一直让工部官员兼任，加深部寺联系，方便少府寺调用工部的资源。”
“现在工部的事情很多，陛下中意的吕祥也成长了起来，两个衙门兼任的情况应该改变。”
“我会向陛下举荐，由你和吕祥担任左右少卿。”
“一个匠官能坐上这个位置，陛下应当很欣慰。”
认为皇帝一定会答应，因为皇帝一直想提高工匠的地位。
瞿式耜听得连连点头，他对自己和吕祥出任同级官职，倒没什么意见。
因为吕祥现在是皇帝册封的神威侯，不再是几年前的地位。
一个侯爵和他出任同级的职位是荣幸，他怎么可能有不满？
想到那些因为发明和改良武器被封侯伯的工匠，瞿式耜心中甚至也有野望，觉得未必没有这个机会。
——
事情如钱谦益所料，在他提出这个建议后，皇帝很快就为少府寺重新安排官员。
吕祥顺利成为少卿，薄珏等人也得到提拔，少府寺彻底变成了以匠官为主的衙门。