柱间和斑小时候便在河边打水漂相识，在不透露姓氏的规则下他们成为最好的朋友，互相切磋忍术，畅谈人生理想。
在残酷的战乱时代成长的两人，从小就立志成为强大的忍者，建立起能保护孩子们免受战争之苦的理想村落，彻底改变这个战乱的时代。
但是，背负着森之千手和宇智波命运的两人，不得不坚持家族的立场，兵刃相见。
两个家族持续对立，互相厮杀，直到两人成长为各自家族的领导人。
在两族对抗的过程中，宇智波一族逐渐陷入劣势，斑的弟弟宇智波泉奈也在战斗中被千手扉间用飞雷神斩重创，随后不治身亡。
部分厌倦了战斗的宇智波族人开始投靠千手一族。
渴望和平的柱间向宇智波一族发出了停战协议。
但身为族长的斑因弟弟的死亡而被仇恨所支配，觉醒永恒万花筒写轮眼后向柱间发起了决斗，这便是第一次终结谷之战。
大战后柱间再次向身为族长的斑提出停战结盟的请求，斑被柱间求和的诚意所打动，争斗多年的宇智波一族和千手一族自此停战言和，结成联盟。
活跃在元年前的忍者：
前32年10月23日，千手柱间出生
前32年12月24日，宇智波斑出生
前28年2月19日，千手扉间出生
前27年2月10日，宇智波泉奈出生
前24年3月7日，金角银角兄弟出生
前24年8月15日，角都出生
火影元年：柱间和斑在昔日玩耍的火之国森林深处的断崖下，建立起了新的村落。斑为村子取名木之叶忍者村。“木”指的是能使用木遁的千手柱间所代表的森之千手一族，“叶”指的是家纹为扇叶形状的宇智波一族。村子首领的名字由柱间命名“火影”，寓意为暗中保护火之国的忍者首领。
猿飞、志村、日向等大家族纷纷加入联盟，村子迅速壮大，成为火之国中最强大的组织。木叶村与期望领土安定的火之国取得合作后，形成了国家与村子地位对等的制度。
世人对木叶村的建立给予很高的评价，一国一村的制度被各国迅速效仿。雷之国-云隐村、土之国-岩隐村、水之国-雾隐村、风之国-砂隐村相继成立。不只是五大国，许多小国也纷纷成立忍者村。
火影2年：斑离开木叶村，五大国忍者村初步建成后，在柱间的推动下，五大国忍者村首领进行了第一次五影会谈。千手柱间承诺将尾兽均衡分配给各大国忍者村，收受方以金钱作为回报，五大忍者村以此达成协议，国与国之间的纷争逐渐平息。
第一次五影会谈奠定了忍者世界进入“一国一村”时代后的基本格局，具有深远的历史意义。这次五影大会齐集了十位“影”级别的人物。
尾兽的分配情况如下
砂隐进攻木叶受挫，雾隐从海陆趁虚而入，叶仓率军杀退雾隐受表彰。
砂隐想和雾隐停战，长老会一定答应雾隐，把叶仓当做替罪羊派去给雾隐送外交信函，实际是送死。
叶仓秘密出使雾隐，在迷雾峡谷被接待员背刺，被上方投下的手里剑扎成刺猬来泄愤，砂隐为叶仓举行隆重葬礼，罗砂谎称她在岩隐战场牺牲。
岩隐用假意撤军，却埋伏在云隐撤退的路上，用一万忍者围堵耗死三代雷影，第四代雷影·艾上位，将八尾奇拉比禁足云雷峡。
火影50年：12岁的卡卡西晋升上忍，岩隐村大军突破草之国，抵达火之国边境，投入大量战力的岩隐村计划一口气突破火之国国境防线而展开猛烈攻势，配置在前线的忍者有一千人。没有预测到岩隐村进军速度的木叶，陷入被动状态。木叶村虽然也立刻派出精锐部队迎击，但还是遭到具有人数优势的岩隐村的猛攻。
由于战线过长，要戒备周围各国的动向，无法投入足够的战力去阻挡敌人的攻势。为了扭转局面，木叶制定派遣精英忍者潜入敌后，破坏敌人的支援据点，切断敌人补给路线的战略。编制为两名上忍、两名中忍的水门班接到特别命令，执行破坏神无毗桥的秘密任务。
神无毗桥作为岩隐村补给路线的重要据点，岩隐村派出了三名实力不俗的上忍在附近戒备。四人击杀敌方侦查的上忍魔蛭后，水门前往正面战场支援，卡卡西带领小队则继续执行破坏神无毗桥的任务。随后小队遭遇岩隐村上忍火光和大石袭击，野原琳被抓走。带土与卡卡西争执后独自前往营救琳，关键时刻开启写轮眼配合前来支援的卡卡西联手击倒敌人，成功解救琳。
但敌人使用忍术-岩屋崩落破坏地形，在撤退过程中带土为救卡卡西被巨石击中，临死前将写轮眼当做礼物送给卡卡西并嘱咐他保护好琳。
宇智波带土阵亡。
卡卡西依靠写轮眼配合千鸟击杀敌人火光，并在随后赶到的水门协助下成功破坏敌方重要支援据点神无毗桥。此战诞生两位写轮眼的英雄，一举扭转战局，为后续战局奠定了胜利的基础，被称为神无毗桥之战。
雾隐村派出多名暗部，谋划以三尾发动袭击，企图摧毁木叶村，察觉敌人动机的野原琳为阻止敌人的阴谋计划而牺牲。
野原琳阵亡。（野原琳，火影37年11月15日-火影50年，12岁）
火影50年末，第三次忍界大战结束。在漫长战线上付出惨痛代价的木叶村最终取得了胜利，众多为取得战争胜利而牺牲的英雄们，名字被刻在了慰灵碑上。面对战争给木叶村带来的沉重损失，三代目猿飞日斩主动承担责任，请辞火影一职。在战争中立下显赫战功的波风水门接任第四代火影。
伴随着战争停歇，木叶村迎来了一波婴儿潮，火影忍者主角团悉数登场，新生一代开始进入历史的舞台。
饱经战火的木叶村原以为会拨云见日，枯木逢春，迎来又一轮和平盛世，但等待着他们的却是暗流涌动的内乱年代。
同年，宇智波带土黑化，斑死，带土上位，拉拢晓组织不成，策划让团藏和半藏绑架小南，结果弥彦牺牲，长门觉醒轮回眼。
50年2月15日，多有也出生
50年3月9日，天天出生
50年6月20日，左近右近出生
50年6月26日，次郎坊出生
50年7月3日，日向宁次出生
50年9月6日，黑土出生
50年11月25日，佐井出生
50年11月27日，李洛克出生
50年12月16日，鬼同丸出生
火影51年，卡卡西加入暗部。
51年1月19日，我爱罗出生
51年1月23日，油女志乃出生
51年2月14日，卡鲁伊出生
51年2月18日，鬼灯水月出生