在上杉军的铁炮攻势下，松永军在猝不及防之下是人马具惊，阵型大乱。
穴泽氏清见状，也不给松永军丝毫反应时间，直接亲率三百名骑马武士冲向乱成一团的松永军，并严令后退者斩。
在混战中，穴泽氏清的战马被松永军足轻的长枪刺成重伤，他仍然没有后退之意，直接选择下马步战，黑云备的足轻、武士们皆为他的气概所激励，纷纷发起决死奋击，居然成功以三百之众将上千松永军一举击溃。
超升寺左近将监、古市景治等人也无力收拢己方军势组织反击，便在马廻众的护卫下狼狈逃离战场。而菅田备前守则是当场率本部军势一百余人向上杉军投降。
就在上杉军处于胜利的当口，松永家的第二波援军到了。
尽管松永军在兵力上占据绝对的优势，可与之相对的上杉军却都是刚刚打过沙苑的得胜之师，士气正锐。
穴泽氏清也不打扫战场，在稍作休整后，便以黑云备的两千余军势为主，摧锋直进，攻向抵达东大寺立足未稳的四千余松永军。
受到东阪原之战己方惨败，以及河内、和泉、纪伊等国己方势力遭到重创或被上杉家攻灭等诸多不利因素影响，两军合战后，士气占优的上杉军将立足未稳的松永军打得是丢盔弃甲，狼狈而逃。
宝藏院胤荣在合战中是极为生猛，就算身中三矢，也不顾伤痛，继续奋勇杀敌，在身上挂彩的情况下，还是在混战之中，将松永军有力武将鞆田城城主鞆田山城守讨取，给穴泽氏清留下了极为深刻的印象。
终究，松永久通独自领兵的次数不多，且从未遇到如此悍不畏死的军势。
在付出了五百余人的伤亡后，松永久通在已无胜利前景的情况下，为了能够撤回多闻山城重整旗鼓，便悍然下令将东大寺焚毁。
就这样，作为华严宗大本山、南都七大寺之首的东大寺，在经过南都烧讨（1180年）后，再一次遭到兵燹波及。
只不过，此番东大寺之战后，东大寺并没有像南都烧讨那般损毁严重。
穴泽氏清深知东大寺在大和一国有着非常大的影响力，若是不及时进行灭火扑救，极有可能会让舆论对上杉家不利，便没有对向多闻山城败逃的松永军进行追击，反而是一面布置警戒，一面组织对东大寺进行灭火。
最终，东大寺只有大佛殿一座建筑被焚毁，释迦像遭烧毁。这比南都烧讨时，大佛殿、金堂、中门、回廊、东塔等核心建筑化为灰烬，以及卢舍那大佛头部与手臂被烧落，大量佛像、经卷、文物焚毁的结果要轻出不少。
可以说，东阪原之战、东大寺之战两战的结果完全出乎了上杉家、松永家的意料。
松永家是处处挨打，以多数兵力在自家地盘上兀自被上杉军一支兵力寡少的偏师打得是晕头转向，几乎是要丢掉北大和诸郡霸权的节奏。
之后，身在摄津的八条定繁见大和一国形势大好，便请扎比·布莱克索恩与畠山在氏、三好笑岩、大馆晴光、鸟养宗庆、丹下盛知、平芳知等上杉家河内诸将一同行动，在攻灭田原城的河内田原家后，就进入大和，配合穴泽氏清一同讨伐松永家。
宇陀郡、吉野郡两郡的鸟屋尾满荣、家城之清、日置大膳亮、大宫含忍斋、小川家直、芳野民部大辅等原伊势北畠家重臣们也趁机联合本善寺旗下的一向一揆众兵分两路，一面攻向宇智郡，一面攻向十市郡。
本就因玉井家、河内游佐家败亡而陷入孤立的大冈赖尹、坂合部赖家等人哪里还有招架之力？
在宇陀众、吉野众、大和一向一揆众的凌厉攻势下，野原城、二见城、布袋山城等数座城池兵砦先后陷落，力不能支的大冈赖尹、坂合部赖家等人不得不主动献出冈西山城、坂合部山城，向上杉军投降。
至于先前被松永久秀安排去攻打柳本城竹内秀胜、十市藤满等将，在获知己方先后于东阪原之战、东大寺之战惨败的消息后，随之解除了对柳本城围攻。
为了遏制宇陀众、吉野众、大和一向一揆众的大举北上，竹内秀胜、十市藤满等将不得不率军分别前往邻近十市郡与高市郡境目地带的上之山城、贝吹山城。
而三之谷肥后守、多田常胤、立野良信等人在获知松永久通已经于东大寺惨败，并退回多闻山城后，生怕自己这一路遭到上杉军的孤立或奇袭，便放弃了切断上杉军退路、粮道的计划，各率本部军势退回各自的居城之中，并暗中派遣使者前往帝塚山城，请求获得筒井家家宰福住顺弘的宽恕，希望能够归参筒井家。
当然，八条定繁也不忘对松永家进行分化，他知晓多罗尾光俊的正室是松永家笔头家老竹内秀胜之女竹内御料人，便让其致信竹内秀胜，劝说竹内秀胜尽快弃暗投明，自己可以看在正担任正三位大膳大夫兼久我家家司竹内季治（竹内真滴，竹内秀胜之兄）的面子上，进行网开一面。
可是，竹内秀胜却拒绝了八条定繁递来的橄榄枝，选择继续为松永家效忠。