联盟立即展开调查，动用了所有的情报资源，试图找出幕后黑手。在调查过程中，他们发现一些与“黑暗秩序”有关的线索。虽然“黑暗秩序”在之前遭受了重创，但仍有部分残余势力在暗中活动。这些残余势力勾结了一些对宇宙文明融合持反对态度的极端势力，共同策划了这场恶毒的攻击。
“黑暗秩序和这些极端势力试图通过这种方式破坏宇宙文明的和谐发展，他们以为能够借此制造混乱，达到他们不可告人的目的。但我们不会让他们得逞！”联盟领导人愤怒地说道。
与此同时，医疗团队不断尝试各种方法来对抗疫病。他们试图开发针对病毒的基因修复疗法，通过编辑生物体的基因来清除病毒。可是，每一次实验都遇到了重重困难。病毒的基因变异速度极快，每当研发出一种有效的治疗方法，病毒就会迅速发生变异，使得治疗方法失去作用。
“我们就像在和一个幽灵赛跑，始终无法抓住它。”一位负责基因治疗研究的科学家叹了口气。然而，科学家们并没有因此而气馁。他们不断改进研究方法，加强合作交流，期望能找到突破的关键。
在“医疗创新星球”，一位年轻的生物学家在研究病毒样本时，发现了一个有趣的现象。在某些患病生物体中，自身的免疫系统似乎产生了一种特殊的蛋白质，这种蛋白质能够在一定程度上抑制病毒的复制。
“这或许是一个突破点！如果我们能够人工合成这种蛋白质，并进一步优化其性能，说不定就能有效地对抗病毒。”这位生物学家兴奋地将发现告知团队成员。
于是，科学家们迅速投入到对这种特殊蛋白质的研究和合成工作中。经过大量的实验和改进，他们成功合成出了一种增强版的蛋白质，命名为“抗疫蛋白”。在对实验生物进行的治疗测试中，“抗疫蛋白”表现出了显着的效果，它能够迅速识别并攻击病毒，阻止病毒的进一步传播和变异。
“这是一个重大的突破！我们必须尽快将‘抗疫蛋白’应用到临床治疗中。”负责治疗方案制定的医生说道。然而，要将“抗疫蛋白”大规模应用于全宇宙的患病生物，还面临着诸多挑战。首先，“抗疫蛋白”的生产需要特殊的设备和原材料，这些原材料在宇宙中分布极为稀少，获取难度极大。
为了解决原材料问题，各个文明齐心协力，对宇宙中可能存在相关原材料的星球进行大规模的勘探。在一些遥远的星球上，科考队终于找到了所需的原材料。随后，各个文明的工业力量迅速行动起来，建立起了庞大的“抗疫蛋白”生产线。
在“生产中心”，自动化的工厂日夜不停地运转，无数的“抗疫蛋白”制剂被生产出来，并通过星际运输网络迅速送往各个患病星球。医生们争分夺秒地对患者进行治疗，随着“抗疫蛋白”的广泛应用，患病生物的症状逐渐得到缓解，生命体征开始恢复正常。
在对抗疫病的同时，“宇宙守护联盟”对“黑暗秩序”及其背后的极端势力展开了全面围剿。联盟派遣了一支由精锐部队组成的特种作战舰队，深入敌人隐藏的据点。
在一个被浓密星云遮蔽的隐蔽星系中，特种作战舰队发现了“黑暗秩序”的一个重要基地。基地周围部署了强大的防御系统，能量护盾、激光炮台以及自动防御机甲严阵以待。
“这将是一场艰难的战斗，但我们必须摧毁这个基地，彻底清除威胁。”舰队指挥官下达了进攻命令。战斗打响后，联盟舰队发射出各种先进的能量武器，强大的能量束朝着基地的防御系统射去。