英宗即位后，接连发生了与仁宗曹皇后不合、尊礼生父允让的风波。
嘉祐八年公元1063年四月初一，英宗登基接受百官朝贺后，便要循行古制，守丧3年，决定由韩琦摄政。诸大臣和曹皇后都极力反对。英宗虽心中不乐，也只好作罢。
英宗身体很差，仁宗大殓之日，英宗病情恶化，不能成礼。幸有韩琦等人拥抱扶持，才草草毕礼。自此以后，英宗久病不愈，便权居柔仪殿东阁西室，服药治病。曹太后独居内东门小殿，垂帘决政。
曹太后尽管为人明达，但禁不住耳边风言风语越来越多。加之英宗病后，言语举措往往失常，多触忤太后，翰林学士王珪还面奏英宗，乞罢太后权同听政，使曹太后渐生猜贰之心，对英宗产生不满，最后竟不能容忍。嘉祐八年十一月，韩琦在永昭陵正主持仁宗葬事，曹太后就派心腹内侍送给韩琦一封信，信中列举了英宗近期所写的歌词和在宫中的乖常之事。韩琦看完来信后，当着来人将书信烧毁，然后急忙返回京城，与参知政事欧阳修等面见太后。曹太后竟在韩琦诸大臣面前痛哭流涕，诉说英宗的不是之处，表示已无法容忍，要韩琦作主议决。韩琦等好言相劝，并以利害谏言，太后怨恨之意才稍解。
帝后的不和，使在朝诸臣忧恐不安，京城内外也多有谣言流传。知谏院司马光、吕诲等人数次上书太后和英宗，开陈大义，言辞恳切。随后翰林侍讲学士刘敞等人又借进讲之机，以古喻今，以讽为谏，开导英宗。韩琦也以“孝道”相劝，使英宗逐渐有所感悟。
次年，即1064年正月，改元治平。英宗始昏定晨省，奉侍太后。四月，又亲率百官祈雨于相国寺、天清寺和醴泉观，朝廷内外的种种猜测和谣传，才渐为平息。为彻底消除英宗的疑忌之心，和睦两宫关系，韩琦又向英宗提出，欲请太后撤帘还政。英宗顾忌太后的面子，不予准许。韩琦则决计出面为英宗解难。
正月十三日这天，韩琦选取10余件军国要事，禀奏英宗裁决，英宗伏案挥笔，顷刻处理完毕。韩琦然后去见曹太后，条奏英宗所裁决的10余事，请太后覆阅，每事都得太后亲口称善。等奏事完毕，韩琦列举了一些前代称贤的母后，然后话锋一转，说：“今太后若能撤帘还政，诸贤后所不及。”接着又补了一句说：“台谏前日也有章疏乞求太后还政，不知太后何日撤帘”太后闻听韩琦之言，身不由己地突然站起。韩琦遂高声命令左右人说：“太后已令撤帘，何不赶快遵行”仪鸾司内侍随即走出，把帘帷撤下，太后匆匆进入后宫。从此，英宗开始每天在前后殿独决政事。
治平元年八月，知谏院司马光和吕诲率先上章，弹劾深受太后宠信的内侍任守忠离间两宫，擅取库宝，为国之大贼，民之巨蠹。继之，司马光更列其十大罪状，乞斩之于都市，明示四方。英宗采纳光、诲所言，欲责任守忠之罪。在未及议贬之时，宰相韩琦恐夜长梦多，遂在政事堂与参知政事欧阳修、赵概等执政大臣，共同签发一道空头敕令，即日将任守忠黜放蕲州今湖北蕲春。又把其余党史昭锡等一律斥出，贬黜流放。此后，司马光等再上疏劝谏英宗恩遇太后。英宗遂借进问太后起居之机，自陈病时昏乱，得罪慈躬，请求宽宥。自此两宫的恩怨才逐渐消融。
一波刚平，一波又起。英宗即位以后，韩琦等人曾提出尊礼英宗的生身父母，只是因为英宗生病、两宫不和，此事才被搁置不提。治平元年五月，韩琦重提旧事。次年四月，英宗即令礼官及诸大臣合议崇奉典礼以闻。
治平三年公元1066年正月二十一日，外廷忽然传言，说英宗生父濮王已议定称皇。英宗随后下诏，一面说遵行太后圣旨，一面谦让不受尊号，只称濮王及诸夫人为亲，并令以濮王及诸夫人坟茔为园，即园立庙，以奉祠事。令其兄宗朴为濮国公，主奉濮王祀事。尊崇濮王之礼因此而定。
三、内忧外患病榻继位
在尊崇濮王的争论中，朝臣互不相让，多人获罪。英宗不惜牺牲台谏官，来保全支持自己尊亲父的韩琦、欧阳修等大臣，表现了对韩、欧诸人的极大信任与重用。韩、欧等人因此更感恩图报，尽职尽责，辅佐英宗。
在诸宰辅中，韩琦威望最高。还在仁宗朝，他与范仲淹就因共同抗击西夏，又一起变法革新，被时人称为“韩范”。仁宗晚年，他又与富弼共掌枢府，决大策，安社稷，号为贤相，又被人称为“韩富”，后来富弼以母忧去位。英宗即位后，特起复富弼为枢密使。他如亚相曾公亮，娴于法令；参知政事欧阳修，长于文学；参政赵概，巧于谏诤；枢密使张升，通于治术。英宗虽长时间病不视朝，又与曹太后长期不和，赖以上诸大臣辅佐，政得以安。他病愈以后，雄心勃勃，力谋天下大治，改元治平。
治平元年公元1064年五月，英宗向诸大臣征求施政意见，问道：“先朝以来，积弊甚众，何以裁救”富弼鉴于仁宗庆历改革失败的教训，建议采取稳妥步骤，逐渐厘革，英宗听纳。
治平元年闰五月，赵曙起用在仁宗朝就因勇于谏诤，不避权贵而获直声的唐介为御史中丞，以示虚怀纳谏。治平二年七月，富弼以疾辞政，英宗起用了先朝大臣文彦博为枢密使。同时起用了王安石等新派人物。
正当英宗力谋宏图，致力于天下治平的时候，西夏却加紧了对宋朝的入侵，使英宗不得不再谋国防，抵抗入侵。
对西夏的入侵，英宗先是仅遣使诘问，以后才采纳韩琦的建议，籍刺陕西之民为义勇军15万人守边。又任命欧阳修举荐的前任环庆路将领高沔为河中府知府，担负御夏之责。从此英宗便以为可高枕无忧了。此后西夏不断发动小规模入侵，西界边臣请求朝廷增兵，部署反击。英宗则认为边兵已为数不少，仍不以边患为忧。
治平三年九月，夏再次发动对宋朝的大规模入侵。谅祚亲自率大军东下，围攻大顺城今甘肃华池东北，入侵柔远寨今甘肃