末日降临的消息，变成最冰冷的瘟疫，以远超任何通讯手段的速度，通过残存的联盟网络、通过训练家之间心灵链接的震颤、通过宝可梦们传递的悲鸣与恐惧，迅速传递到了世界各地每一位尚存理智的强者耳中。
当X、小智等人刚刚带着索尔迦雷欧成功接引的振奋离开波尼岛，准备返回美乐美乐岛商议下一步行动时，来自四面八方的紧急通讯如同雪崩般淹没了库库伊博士的联络器。
“……金黄市超能道馆区域时空紊乱，半座城市消失！……”
“……飞云市绝对混乱领域形成，列车脱轨，港口乱流，伤亡无法估计！……”
“……丰缘114号道路出现‘死域’，元素被剥离，数千人被困濒死！……”
“……合众、卡洛斯多地爆发大规模恶性犯罪，抢劫、强奸、杀人……秩序彻底崩溃！……”
“……关东、城都出现‘好斗因子’污染，平民自相残杀！……”
“……灰白雾气在各地出现，接触者无声死亡，灵魂湮灭！……”
每一条消息，都像一把冰冷的凿子，狠狠凿在众人的心脏上。
X的脸色，在第一条消息传来时便已彻底沉凝如万载寒冰。
墨黑色的眼眸深处，那压抑了许久的、属于“平衡者”的冰冷怒意，如同即将喷发的火山岩浆，开始缓慢而恐怖地沸腾、积聚。
小智、莉莉艾、莎莉娜、格拉吉欧、库库伊博士……所有人都被这突如其来、全面爆发、且手段阴毒残忍到极致的灾难惊呆了。
刚刚因日神降临而升起的一丝希望曙光，瞬间被更加深沉的黑暗吞没。
然而，更让他们目眦欲裂的，是紧随其后传来的、关于他们珍视的同伴与家园的噩耗。
关都·真新镇：
一直作为和平象征、训练家摇篮的小镇，在混乱初期便遭到了数股不明势力的冲击。
这些势力成分复杂，有被“好斗因子”和“恶意放大器”彻底扭曲的本地暴徒，有趁乱而起的野心家私人武装，甚至似乎还混入了某些对“传说训练家故乡”怀有畸形仇恨的极端分子。
大木研究所首当其冲，遭到猛烈攻击，部分研究资料和珍贵的宝可梦样本被劫掠或损毁。
研究所主体建筑在吉利蛋、快龙等留守宝可梦以及大木博士本人的拼死抵抗下勉强守住，但已伤痕累累。
小镇街道沦为战场，多处民居起火。
小智的妈妈花子在家中试图保护受伤的邻居和孩子时，被暴徒投掷的碎石击中头部，血流不止，幸得及时赶回的邻居和几只温顺的宝可梦拼死掩护，才未被暴徒掳走。
当小智通过紧急线路接通家里电话，听到妈妈虚弱却强作镇定的声音时，这个一贯阳光热血的少年，瞬间眼睛红了。
“妈妈！你怎么样？！我马上回去！”小智对着通讯器嘶吼。
“小智……妈妈没事，一点小伤。”花子的声音带着颤抖，背景是隐约的爆炸和哭喊，“不要管我……去帮更需要帮助的人……大木博士那边压力很大……啊！”
通讯突然中断，只剩下刺耳的忙音。
“妈妈——！！！”小智如同受伤的野兽般咆哮，皮卡丘也爆发出强烈的电流，金黄的电光在它身上狂暴闪烁。
“小智！冷静！”莎莉娜急忙按住他。
“立刻安排最快的飞行器！送小智回真新镇！”X的声音斩钉截铁，不容置疑，
“莉莉艾，你和小梦、莎莉娜带一部分人，护送小智妈妈和真新镇幸存者，前往相对安全的阿罗拉以太乐园庇护所！
库库伊博士，请协调阿罗拉防御力量，优先保护妇孺和非战斗人员撤离！”
“明白！”库库伊博士立刻开始调度。
小智紧紧握着拳头，指甲深深陷进掌心，鲜血渗出。他看向X，眼中充满了刻骨的愤怒与焦急：“X，我妈她……”
“她会没事。”X按住小智的肩膀，目光沉静却蕴含着无尽的力量，“我保证。但现在，愤怒解决不了问题。先救人，然后……让那些制造混乱的杂碎，付出代价。”
关都·尼比市 & 华蓝市：
小刚的尼比道馆遭到了被混乱能量和好斗因子影响的野生宝可梦集群冲击。
这些宝可梦双目赤红，疯狂无比。
小刚指挥着大岩蛇、隆隆岩等伙伴拼死抵抗，保护道馆内避难的市民。
然而，在混战中，一只发狂的圈圈熊突破防线，一掌拍碎了道馆侧面墙壁，飞溅的碎石击中了正在疏散儿童的小刚后脑，他当场昏厥，鲜血染红了身下的石板。
他的弟弟次郎和妹妹们哭着将他拖到安全角落，继续指挥宝可梦抵抗，但形势岌岌可危。
华蓝市道馆，小霞的情况同样不妙。水系道馆靠近水域，混乱引发的异常洋流和狂暴的水系宝可梦让防御压力巨大。
小霞的暴鲤龙、宝石海星等主力在战斗中不断受伤。
更糟糕的是，一群被恶意驱使的暴徒趁乱试图洗劫道馆和水族馆。
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小霞在阻击暴徒时，被对方暗中射出的、涂有神经毒素的冷箭擦伤手臂，虽然及时服下解毒剂，但半边身体已经开始麻痹，行动能力大减。
丰缘地区：
橙华市，小遥和小胜的家也未能幸免。他们的父亲千里在联盟总部焦头烂额，无法顾及家中。
一群暴徒冲入道馆和民居，抢夺物资。小遥指挥着火焰鸡、向尾喵等伙伴奋力抵抗，保护弟弟和母亲。
但在混乱中，小胜为了保护被暴徒盯上的拉鲁拉丝，被对方用铁棍重重砸在背上，当场吐血倒地。
小遥目眦欲裂，火焰鸡暴怒，但更多的暴徒围了上来。
神奥地区：
立志湖畔，正在举行一场旨在鼓舞士气的小型慰问演出的小光，遭遇了被“恶意放大器”影响的观众暴动。
起初只是少数人的起哄和不满，但在那股无形力量的催化下，迅速演变成对台上表演者的疯狂攻击。
小光和她搭档的波加曼、帕奇利兹被愤怒的人群投掷杂物，甚至有人试图冲上舞台。
混乱中，小光被推搡下舞台，脚踝严重扭伤，额头也被划破。
她的长尾怪手和象牙猪试图保护她，却被失去理智的人群和他们的宝可梦围攻，伤痕累累。
卡洛斯地区·相对安全的密阿雷市外围庇护所：
这里情况稍好，但仍不安宁。柚丽嘉和哥哥希特隆在庇护所帮忙照顾伤员。
然而，柚丽嘉背包中的基格尔德核心Z1（小软）的存在，不知为何被某些混入庇护所的、原卡洛斯联盟中怀有野心的官员或研究员探知。
在“恶意放大器”和资源短缺的压力下，这些人将小软视为可以控制、研究乃至用于争夺权力的“战略性资源”。
深夜，一伙武装人员突袭了兄妹俩暂住的帐篷，目标直指柚丽嘉的背包。
希特隆挺身而出，用他发明的各种便携式装置和宝可梦奋力抵抗。
但他毕竟更擅长发明而非战斗，在对方数只天王级宝可梦的围攻下很快不支。
为了保护妹妹，希特隆用身体挡下了劈斩司令一记凶狠的“劈开”，胸口被划开一道深可见骨的伤口，鲜血狂喷，倒地不起。
柚丽嘉抱着昏迷的哥哥和小软，在掘掘兔拼死掩护下逃入混乱的庇护所深处，不知所踪。
伽勒尔地区：
溯传镇，剑和赫普在混乱爆发时，正试图组织当地训练家建立防线。
然而，时空紊乱点的能量余波和“好斗因子”的扩散让情况迅速失控。
两人在镇压一场大规模械斗时，剑为了保护一个被波及的孩子，被狂暴的训练家的炽焰咆哮虎的“DD金勾臂”擦中，左臂骨折。
赫普则在试图用“守护之气”安抚一群发狂的钢铠鸦时，被其中一只的“钢翼”划破腹部，虽然不致命，但也失去了大半战斗力。
最惨烈的消息来自铠岛。