夏季四月甲子日，任命右金吾大将军范希朝为朔方、灵、盐节度使，将右神策军、盐州、定远的兵马划归他统领，以此革除以往的弊端，重视边将的作用。
秋季八月，刘济、王士真、张茂昭因私人恩怨产生争执，轮番上奏表请求朝廷惩处对方。戊寅日，任命给事中房式为幽州、成德、义武宣慰使，调解他们的矛盾。
九月乙酉日，密王李绸去世。
夏州、蜀地平定之后，藩镇都惶恐不安，很多人请求入京朝见。镇海节度使李锜也内心不安，请求入朝，皇上批准了他的请求。派遣宦官前往京口安抚慰问他，并且犒劳他的将士。李锜虽然任命判官王澹为留后，实际上却没有入朝的打算，屡次拖延出发日期，王澹和朝廷派来的宦官多次劝说他。李锜很不高兴，上奏表称自己患病，请求等到年底再入朝。皇上就此询问宰相的意见，武元衡说：“陛下刚执掌朝政，李锜请求入朝就批准他入朝，请求暂缓就允许他暂缓，去留都由李锜说了算，陛下拿什么号令天下呢！”皇上认为他说得对，下诏征召李锜入朝。李锜的阴谋败露，于是起兵谋反。王澹执掌留后事务后，在军府中推行了不少制度举措，李锜更加愤愤不平，暗中指使亲兵杀掉王澹。恰逢朝廷发放冬季的服装，李锜全副武装坐在帐幕中，王澹和宦官进来拜见，有数百名士兵在庭院中鼓噪道：“王澹是什么人，竟敢擅自主持军务！”将他拖下堂，切成碎肉吃掉；大将赵琦出来安抚制止，也被切成碎肉吃掉；士兵们把刀架在宦官的脖子上，辱骂他，准备杀掉他。李锜假装受惊，起身救下宦官。
冬季十月己未日，皇上下诏征召李锜担任左仆射，任命御史大夫李元素为镇海节度使。庚申日，李锜上奏表声称军中发生兵变，杀死了留后和大将。在此之前，李锜挑选了五名心腹担任他所管辖的五个州的镇将，姚志安驻守苏州，李深驻守常州，赵惟忠驻守湖州，丘自昌驻守杭州，高肃驻守睦州，每人统领数千兵马，负责监视刺史的一举一动。到这时，李锜命令他们各自杀掉当地刺史，派遣牙将庾伯良率领三千兵马修筑石头城。常州刺史颜防采纳门客李云的计策，假传朝廷诏令，自称招讨副使，斩杀李深，向苏州、杭州、湖州、睦州发布檄文，请求一同进军讨伐李锜。湖州刺史辛秘暗中招募了数百名乡里子弟，趁夜袭击赵惟忠的军营，将他斩杀。苏州刺史李素被姚志安击败，活捉后押送给李锜，李锜给李素戴上镣铐，钉在船舷上，还没抵达京口，恰逢李锜兵败，李素才得以幸免。乙丑日，皇上下令削去李锜的官职爵位以及宗室属籍。任命淮南节度使王锷统领各道兵马，担任招讨处置使，征召宣武、义宁、武昌的兵马，连同淮南、宣歙的兵马一起从宣州出兵，江西的兵马从信州出兵，浙东的兵马从杭州出兵，讨伐李锜。
高崇文在蜀地任职满一年，有一天他对监军说：“我高崇文原本是河朔地区的一名士兵，侥幸立下战功，才升到现在的职位。西川是宰相们来回任职历练的地方，我占据这个职位已经很久了，怎敢心安理得呢！”他屡次上奏表称“蜀地安定闲适，没有地方可以施展自己的力量，希望能前往边疆为国效死”。皇上想要挑选一个能够接替高崇文的人，却很难找到合适的人选。丁卯日，任命门下侍郎、同平章事武元衡为同平章事，充任西川节度使。
李锜认为宣州物产丰富，想要先攻取此地，派遣兵马使张子良、李奉仙、田少卿率领三千兵马袭击宣州。三人知道李锜必然会失败，便和牙将裴行立共同谋划讨伐李锜。裴行立是李锜的外甥，所以完全了解李锜的密谋。三位将领在城外安营扎寨，即将出发时，召集士兵们晓谕道：“李仆射谋反叛逆，朝廷的官军从四面八方汇集而来，常州、湖州的两位镇将接连被杀，他的势力已经穷途末路了。现在他竟然想让我们长途跋涉攻取宣州，我们为什么要跟随他遭受灭族之灾呢！不如脱离叛逆，归顺朝廷，转祸为福啊！”众人都很高兴，答应下来，当天夜里就率军返回，直奔城池。裴行立在城内点燃火把，擂鼓呐喊，接应他们，率领士兵冲向节度使的牙门。李锜得知张子良等人起兵，大怒，又听说裴行立也起兵响应，捶着胸口说：“我还有什么指望呢！”他光着脚逃跑，躲藏到楼下。亲信将领李钧率领三百名强弩手赶赴山亭，想要抵抗，裴行立埋伏的士兵拦击，斩杀了李钧。李锜全家都痛哭流涕，身边的人抓住李锜，用帐幕裹住他，用绳索把他缒到城下，戴上刑具押送到京城。李锜的强弩手、蕃落兵争相自杀，尸体堆积如山。癸酉日，镇海军将此事上报朝廷。乙亥日，群臣在紫宸殿向皇上庆贺。皇上神情严肃地说：“是我没有德行，导致天下屡次出现违反法纪的人，这是我的惭愧之处，有什么值得庆贺的呢！”
宰相们商议要诛杀李锜服丧期为九个月的亲属，兵部郎中蒋乂说：“李锜的这些亲属，都是淮安靖王李神通的后代。淮安靖王有辅佐太祖、太宗平定天下的功劳，灵位陪葬在皇陵，牌位供奉在太庙，怎么能因为后代子孙作恶而连累他呢！”宰相们又想诛杀李锜的兄弟，蒋乂说：“李锜的兄弟，是已故都统李国贞的儿子，李国贞为朝廷战死，难道能让他断了香火吗！”宰相们认为他说得有道理。辛巳日，李锜的堂弟、宋州刺史李銛等人都被贬官流放。
十一月甲申朔日，李锜被押送到长安，皇上亲临兴安门，当面责问他。李锜回答说：“我起初并没有谋反，是张子良等人教唆我的。”皇上说：“你身为元帅，张子良等人谋反，你为什么不斩杀他们，然后再入朝觐见呢！”李锜无话可说。于是皇上下令将李锜连同他的儿子李师回一起腰斩处死。
有关部门请求拆毁李锜祖先的坟墓和家庙，御史中丞卢坦上奏说：“李锜父子已经被处死，他们的罪责已经抵偿了。从前汉朝诛杀霍禹，没有牵连到霍光；本朝诛杀房遗爱，没有牵连到房玄龄。《尚书·康诰》说：‘父子兄弟，犯罪互不牵连。’难道能因为李锜作恶，就牵连到他的五代祖先吗？”皇上于是下令不拆毁李锜的祖墓和家庙。
有关部门登记没收李锜的家产，准备运送到京城。翰林学士裴垍、李绛上奏说：“李锜奢侈过度，搜刮六个州百姓的财富来使自己的家族富裕，有的甚至残害百姓的性命来掠夺他们的财产。陛下怜悯百姓无处申诉，所以才出兵讨伐并诛杀了他，如今却把搜刮来的金银布帛装载到车上运往京城，恐怕会让天下人失望。希望能把叛逆之人的资产赏赐给浙西的百姓，用来代替他们今年的租税。”皇上赞叹了很久，当即采纳了他们的建议。
昭义节度使卢从史，暗中与王士真、刘济相互勾结，表面上却向朝廷献策，请求谋取太行山以东的地区，还擅自率领军队向东出兵。皇上召见他，命令他返回上党，卢从史借口要到邢州、洺州获取粮草，没有按时接受诏令。过了很久，他才返回上党。
有一天，皇上在浴堂殿召见李绛应对，对他说：“有一件极为异常的事情，我近来一直不想说。我和郑絪商议，下令让卢从史返回上党，接着征召他入朝。郑絪竟然把这件事泄露给了卢从史，让他声称上党缺乏粮草，要到太行山以东获取粮食。身为臣子，竟然如此辜负我，我该如何处置他呢？”李绛回答说：“如果确实是这样，那么郑絪就算被灭族也不足以抵偿他的罪责！但是郑絪和卢从史肯定不会自己说出来，陛下是从谁那里得知这件事的呢？”皇上说：“是李吉甫秘密上奏的。”李绛说：“我私下里听到士大夫们的议论，都称赞郑絪是贤能之人，恐怕事情未必是这样。或许是同僚想要独揽朝政，嫉妒郑絪得到宠幸，地位在自己之上，希望陛下能再仔细考察这件事，不要让别人说陛下听信谗言啊！”皇上沉默了很久，说：“确实是这样，郑絪肯定不会做出这种事。如果不是你这番话，我差点就做出错误的处置了。”皇上还曾从容地问李绛：“谏官们大多毁谤讥讽朝政，所说的事情都不符合实际情况，我想贬谪其中一两个特别过分的人，来警示其他人，你觉得怎么样？”李绛回答说：“这恐怕不是陛下的本意，一定是有奸邪的臣子想要堵塞蒙蔽陛下的视听。臣子的生死，取决于君主的喜怒，有几个人敢开口进谏呢！即使有进谏的人，也都是白天揣摩、夜晚思考，早上删减、晚上修改，等到奏疏呈上，十成内容里剩下的还不到两三成。所以君主不辞辛劳地寻求谏言，还担心听不到真话，更何况还要降罪于进谏的人呢！这样做会堵住天下人的嘴，并非国家的福气啊。”皇上认为他说得有道理，于是打消了贬谪谏官的念头。
群臣请求给皇上上尊号为睿圣文武皇帝，丙申日，皇上准许了。
盩厔县尉、集贤校理白居易作乐府诗和古诗一百多篇，劝谏时事，流传到皇宫里。皇上看了很赞赏，召他进翰林院当学士。
十二月丙辰日，皇上对宰相说：“太宗凭着圣明资质，群臣进谏还得反复好几次，何况我愚昧浅陋。今后事情有不妥，你们要进谏十次，别只说一两回就罢手。”
丙寅日，任命高崇文为同平章事，兼任邠宁节度使、京西诸军都统。
山南东道节度使于頔畏惧皇上英武，为儿子于季友求娶公主。皇上把皇女普宁公主嫁给了他。翰林学士李绛劝谏：“于頔是外族后裔，于季友是妾生的庶子，配不上公主，该选名门贤才联姻。”皇上说：“这你就不懂了。”己卯日，公主嫁给于季友，礼遇格外隆重。于頔喜出望外，特别高兴。不久，皇上派人委婉劝他入朝谢恩，于頔就遵诏入京了。
这一年，李吉甫撰写《元和国计簿》上奏，总计天下有48个藩镇、295个州府、1453个县。其中凤翔、鄜坊等15道71州不申报户口，每年赋税全靠浙江东西、宣歙等8道49州支撑，共144万户，比天宝年间纳税户数少了四分之三。全国靠朝廷供养的士兵有83万多人，比天宝年间多三分之一，大概两户百姓养一个兵。至于水旱灾害损失、临时征调的开销，还不算在内。
元和三年（戊子，公元808年）
春正月癸巳日，群臣为皇上奉上睿圣文武皇帝尊号，大赦天下。诏令“从今以后地方官进京，不准进贡财物”。知枢密刘光琦上奏要派宦官送赦书到各道，想趁机捞取馈赠；翰林学士裴垍、李绛反驳“宦官去了必扰民，不如走加急驿递”，皇上采纳。刘光琦搬出旧例，皇上说：“对的旧例就遵，不对的为啥不改！”
临泾镇将郝泚认为临泾地势险要、水草丰美，吐蕃入侵必在此驻军，就禀报泾原节度使段佑，上奏朝廷筑城。从此泾原一带得以安定。
二月戊寅日，咸安大长公主在回鹘去世。三月，回鹘腾里可汗去世。
癸巳日，郇王李总去世。
辛亥日，御史中丞卢坦弹劾前山南西道节度使柳晟、前浙东观察使阎济美违背赦令进贡。皇上召见卢坦慰问，却说“我已赦免他们，不能失信”。卢坦直言：“赦令布告全国是陛下大信，柳晟等人无视国法，怎能顾小信弃大信！”皇上于是下令把贡品交给有关部门。
夏四月，皇上举行贤良方正直言极谏科策试。伊阙尉牛僧孺、陆浑尉皇甫湜、前科进士李宗闵，直言指陈朝政过失毫无避讳。户部侍郎杨於陵、吏部员外郎韦贯之任考官，将三人列为优等。皇上也赞许他们，乙丑日诏令中书省择优任用。
宰相李吉甫痛恨他们言辞耿直，哭着向皇上告状，还说“裴垍、王涯复核考卷，皇甫湜是王涯外甥，王涯不提前说明，裴垍也没异议”。皇上不得已，罢免裴垍、王涯翰林学士之职，裴垍改任户部侍郎，王涯改任都官员外郎，韦贯之贬为果州刺史。几天后，韦贯之又贬巴州刺史，王涯贬虢州司马。乙亥日，杨於陵也因阅卷无异议，调任岭南节度使。牛僧孺等人长期得不到调任，都接受藩镇征召任职。
（注：牛僧孺是牛弘七世孙，李宗闵是李元懿玄孙，韦贯之是韦福嗣六世孙，皇甫湜是睦州新安人）
丁丑日，朝廷废除五月初一在宣政殿举行朝贺的制度。
任命荆南节度使裴均为右仆射。裴均向来依附宦官显贵，做了仆射便骄傲自大，入朝时曾越位站立。御史中丞卢坦示意他退回原位，他不肯。卢坦说：“从前姚南仲任仆射时从不敢这样。”（原文此处有脱漏）
戊戌日，中书侍郎、同平章事李吉甫，以同平章事身份兼任淮南节度使。
河中、晋绛节度使、邠宣公杜黄裳去世。
冬十二月庚戌日，朝廷在临泾设置行原州，任命镇将郝泚为刺史。
南诏王异牟寻去世，儿子寻阁劝继位。
元和四年（己丑，公元809年）
春正月戊子日，简王李遘去世。
渤海康王大嵩璘去世，儿子大元瑜继位，改年号为永德。
南方遭遇旱灾饥荒，庚寅日，皇上命左司郎中郑敬等人担任江淮、两浙、荆湖、襄鄂等地宣慰使赈灾。临行前皇上告诫：“我宫里用一匹绢都要记账，唯独救济百姓绝不计较花费。你们要懂我的心意，别学潘孟阳只知饮酒游山！”
给事中李藩在门下省任职，遇到不妥的诏令，就直接在黄纸诏令背面批注。下属请他另附白纸，李藩说：“附白纸就成了奏章，还叫什么批敕！”裴垍举荐李藩有宰相之才。皇上嫌门下侍郎、同平章事郑絪遇事敷衍、只会讨好，二月丁卯日，罢免郑絪为太子宾客，提拔李藩为门下侍郎、同平章事。李藩知无不言，皇上十分器重他。
河东节度使严绶在任九年，军政人事全由监军李辅光做主，自己只拱手不管。裴垍上奏实情，请求让李鄘接替。三月乙酉日，任命严绶为左仆射，凤翔节度使李鄘为河东节度使。
成德节度使王士真去世，他的副大使儿子王承宗自行继任留后。河北三镇向来惯例：都设副大使，由嫡长子担任，父亲去世就接管军务。
皇上因久旱想降恩诏，翰林学士李绛、白居易上奏：“要让百姓得实惠，不如减免租税；宫女数量太多该裁减省开支；禁止各道横征暴敛充进贡；岭南、黔中、福建常有掠卖良人为奴，要严令禁止。”闰三月己酉日，皇上下诏大赦囚犯、减免租税、放出宫女、杜绝进贡、禁止掠卖，全按二人建议施行。己未日，天降大雨。李绛上表庆贺：“这才明白，事前忧虑就能无忧，事到临头再愁就没用了。”
当初王叔文一党被贬后，皇诏规定即使遇赦也不准调迁。吏部尚书、盐铁转运使李巽上奏：“郴州司马程异有才干、处事明断，请求任扬子留后。”皇上准许。李巽督查严苛，下属哪怕在千里之外也像在他面前一样惶恐；程异核查账目比李巽还精细，最终得到重用。
魏征玄孙魏稠十分穷困，把祖宅抵押借钱。平卢节度使李师道请求用私财赎回，皇上命白居易起草诏书。白居易上奏：“这事关乎朝廷激励贤臣，该由朝廷出面。李师道算什么人，敢抢这份美名！请令官府用公款赎回还给其后人。”皇上采纳，从内库拿两千缗钱赎回祖宅赐给魏稠，还禁止再抵押售卖。
王承宗叔父王士则因王承宗擅自继位，怕祸及宗族，和幕客刘栖楚主动投奔京城。皇上下诏任命王士则为神策大将军。
翰林学士李绛等人上奏：“陛下登基四年，还没立太子、行册礼，这会引发旁人觊觎，违背社稷重慎之道。恳请陛下放下谦让小节，举行立储大典。”丁卯日，皇上下诏立长子邓王李宁为皇太子（李宁是纪美人所生）。
辛未日，灵盐节度使范希朝上奏，请求把太原六百防秋兵的粮草补给沙陀，皇上准许。
夏四月，山南东道节度使裴均仗着有宦官撑腰，在恩诏颁布后第一个进贡银器一千五百多两。翰林学士李绛、白居易等人上奏：“裴均是试探陛下，恳请拒收。”皇上立刻下令把银器交给度支。不久却下诏给进奏院：“今后各道进贡，不用申报御史台；有查问的，就上报姓名。”白居易再劝谏，皇上不听。
宪宗想要革除河北藩镇节度使职位世袭的弊端，趁着王士真去世的时机，打算由朝廷直接任命节度使，如果藩镇拒不服从，就调兵讨伐。裴垍进谏说：“李纳为人骄横跋扈，对朝廷向来不敬，而王武俊曾为国家立下功劳，陛下此前已经默许李师道世袭淄青节度使的职位，如今却要剥夺王承宗的继承权，这样做赏罚失据、违背常理，他必定不会心服。”因此，朝廷的商议许久都没有定论。宪宗又就此询问翰林学士们的意见，李绛等人回答道：“河北藩镇不遵朝廷的政令教化，天下之人谁不愤慨惋惜，然而要在当下收复他们，恐怕还难以实现。成德军自王武俊掌权以来，父子相承已经四十多年，当地军民早已习惯这种局面，不认为这是违背常理的事。何况王承宗已经总揽军中事务，骤然派人取代他，恐怕他不会立刻奉诏听命。另外，范阳、魏博、易定、淄青这些藩镇，也都是节度使职位父子、兄弟相传，与成德军是同一种情况，它们若是听说朝廷要在成德军任命新的节度使，必定会内心不安，暗中相互勾结、彼此援助。就算易定节度使张茂昭主动请求朝廷派人接管成德，恐怕也并非出于真心。这其中的缘由在于，现在朝廷派人取代王承宗，周边藩镇若是劝说王承宗服从朝廷，无论结果如何对它们都有好处：如果朝廷任命的人能够顺利到任，它们就可以自认为有功；如果朝廷的诏令无法施行，它们就趁机与王承宗暗中勾结。这种局面，对于朝廷的体统而言，岂能就此罢休！届时就必须调动大军从四面围攻讨伐，而那些藩镇的将帅会趁机索要官爵，士兵们会要求朝廷供给衣物粮草，他们按兵不动、坐观成败，将平叛的劳苦与军费的消耗，全部转嫁到国家身上。如今江淮地区遭受水灾，官府与百姓都穷困至极，出兵征伐的大事，实在不应该轻易提及啊。”左军中尉吐突承璀想要迎合宪宗的心意，夺取裴垍的权柄，便主动请求率军讨伐王承宗。宪宗仍犹豫不决，宗正少卿李拭上奏说：“王承宗必须予以讨伐。吐突承璀是陛下亲近信任的臣子，应当将禁军交付给他，让他统领各路大军，这样一来，谁敢不服朝廷！”宪宗把李拭的奏章拿给翰林学士们看，说道：“这是一个奸臣，他明知朕打算任命吐突承璀为统帅，所以才呈上这份奏章。你们记住他的名字，从今往后不要再让他得到提拔任用。”昭义节度使卢从史遭遇父亲去世的丧事，朝廷许久都没有起用他复职，卢从史心生畏惧，便通过吐突承璀劝说宪宗，请求调发昭义军讨伐王承宗。壬辰日，朝廷起复卢从史为左金吾大将军，其余官职照旧。
当初，平凉会盟的时候，副元帅判官路泌、会盟判官郑叔矩都被吐蕃扣押。后来吐蕃请求与唐朝议和，路泌的儿子路随三次前往皇宫，痛哭流涕地上书朝廷，恳请朝廷答应吐蕃的求和请求。德宗认为吐蕃向来狡诈多端，没有应允。到这时，吐蕃再次请求议和，路随又五次上书，还前往宰相的办公场所哭着恳请，裴垍、李藩也向宪宗进言，请求批准与吐蕃议和。宪宗听从了他们的建议。五月，朝廷任命祠部郎中徐复为使者，出使吐蕃。
六月，朝廷任命灵盐节度使范希朝为河东节度使。朝臣们商议认为，沙陀部落驻扎在灵武，地理位置与吐蕃邻近，担心他们反复无常，再加上沙陀部落人口众多，恐怕会导致粮食价格上涨，于是下令让沙陀部众全部跟随范希朝迁往河东。范希朝挑选其中骁勇善战的骑兵一千二百人，号称沙陀军，设置专门的将领来统领他们，而将其余的部众安置在定襄川。从此，沙陀首领朱邪执宜开始驻守神武川的黄花堆。
左军中尉吐突承璀兼任功德使，他大规模修建安国寺，还上奏请求为自己立一块圣德碑，碑的高度和大小全部仿照《华岳碑》的规格。他先修建好了碑楼，然后请求宪宗下令让翰林学士撰写碑文，并且说：“臣已经准备好一万缗钱，用来酬谢撰写碑文的人。”宪宗命令李绛撰写碑文，李绛上奏说：“唐尧、虞舜、夏禹、商汤，从来没有立碑夸耀自己的圣德，只有秦始皇在巡游经过的地方，刻石立碑，极力称颂自己的功绩，不知道陛下想要效仿谁！况且叙述修建寺庙的华美，不过是夸赞建筑壮丽、可供游览观赏，这哪里是用来彰显陛下圣德的方式啊！”宪宗看完奏章时，吐突承璀正好在身边，宪宗当即下令推倒碑楼。吐突承璀说：“碑楼非常高大，不能直接推倒，请允许臣慢慢拆毁。”他希望借此拖延时间，等待机会再次进言劝说。宪宗厉声说道：“多派些牛来，把它拉倒！”吐突承璀这才不敢再说话。最终动用了一百头牛，才将碑楼拉倒。