顾知行的复杂人格与动机被初步廓清，但“学院”的阴影并未因此消散，反而以更加分散、更具渗透性的方式继续扩散。暗涌之下，各种细微的涟漪开始浮现。
首先是在学术圈。辰星联合几家智库和高校推动的“中华优秀传统文化的创造性转化与科技创新”系列研讨会，成功吸引了国内一批真正有分量的学者参与，讨论氛围热烈而健康。然而，林风注意到，有几个之前与顾知行有过接触、或在“中西哲学对谈”聚会上出现过的年轻学者和博士生，虽然也报名参加了会议，但他们在会上的提问和私下交流中，总会有意无意地将话题引向“技术发展的终极目的是否应超越国家民族界限”、“是否存在普世的、超验的认知进化路径”等方向。他们的提问本身具有学术探讨价值，但结合其背景，就显得有些刻意。
“这些人未必是‘学院’的自觉成员，更可能是被顾知行那种融合东西方哲学、探讨‘人类共同未来’的宏大叙事所吸引，成为了其理念不自觉的传播者或同情者。”李静在分析报告中写道，“他们就像是投入池塘的石子激起的涟漪边缘，看似无害，但如果这样的涟漪越来越多，相互叠加，就可能形成一股不易察觉的暗流，潜移默化地影响学术圈的思潮风向。”
其次是在投资圈。随着“诺亚方舟资本”的溃败和“熔炉”计划的失败，国际资本对中国硬科技板块的态度出现了微妙分化。一部分更谨慎的资本暂时观望，但另一部分背景复杂、风格激进的基金（有些与“普罗米修斯基金会”存在若即若离的联系）却反而加大了对中国某些特定赛道（如脑机接口细分领域、合成生物学工具平台、量子计算软件层）早期初创公司的投资力度，并且投资条款往往异常宽松，不追求短期回报，更注重“技术共享”和“长期战略协同”。
“这些投资表面上促进了创新，但也可能使得一些关键技术或人才，在早期就被境外资本深度绑定或影响。”孙浩担忧道，“特别是那些由海归学者创办、对国际规则和资本运作不太熟悉的初创团队，很容易被优厚的条件和‘全球视野’所吸引。”
再者，是关于李兆荣的稀土项目。邓佳从东南亚传回的消息证实，恒基集团获得的所谓“独家勘探权”确实存在，但协议条款极其模糊，当地政治和武装派系情况比想象中更复杂。更值得注意的是，有两家注册在开曼群岛、背景成谜的“工程技术咨询公司”已经悄然入场，开始进行前期勘探作业。其中一家公司的设备采购清单中，出现了几项通常用于深地或水下工程的特种传感器和通讯设备，与其宣称的“地表矿脉勘探”业务不太相符。
“李兆荣可能只是个幌子，真正在后面运作和感兴趣的，是别的势力。”苏晚晴在欧洲的分析指出，“那两家咨询公司的资金流转路径，最终指向了几个与‘海渊探索者’埃里克·索尔森有过交易的离岸账户。虽然无法直接证明与‘学院’有关，但关联性很高。”
这意味着，“学院”对深海和稀有资源的兴趣并未因“熔炉”失败而减弱，反而可能通过李兆荣这样的代理人，以更隐蔽、更商业化的方式继续推进。