而克隆尔和阿布奎，因为刚刚惨败，又畏惧大明的强大，只能被动接受，不敢有丝毫异议。
最终，三方商定了具体的通商条款：大明拥有果阿贸易的主导权，垄断果阿的核心贸易（丝绸、瓷器、茶叶），西班牙和荷兰，可在果阿设立商馆，从事贸易活动，但必须向大明缴纳高额的赋税，不得垄断贸易，不得私自与葡萄牙残余势力勾结。
西班牙和荷兰，每年需向大明缴纳一定数量的贡品，以表臣服。
大明允许西班牙和荷兰，使用果阿的港口，停靠战船，但必须提前向大明报备，缴纳港口使用费，不得擅自停靠，不得在港口内作乱。
商议完毕，三方签订了通商协议，各执一份，协议正式生效。
而这也意味着，大明彻底掌控了果阿的贸易，成功收割了果阿的贸易利润，进一步扩大了大明的海疆贸易范围，增强了大明的国力。
而西班牙和荷兰，只能依附大明，在果阿的贸易中，分得一杯羹，再也不敢有丝毫的狂妄与挑衅。
在商议通商条款的过程中，陈新还特意强调：“如今，三方通商，必须做到‘合规通商、诚信互利’，不得搞小动作，不得偷税漏税，不得垄断贸易。”
“若是让本将军发现，你们有任何违规操作，本将军必定即刻终止通商协议，严惩不贷，甚至会出兵，攻打你们的领地，绝不留情！”
克隆尔和阿布奎，纷纷躬身应道：“末将遵令，必定严格遵守通商条款，合规通商，诚信互利，绝不有丝毫违规操作，求陈将军放心！”
通商会议结束后，陈新便留在果阿，继续整顿果阿的秩序，安排人手，接管果阿的一切事务，发展果阿的海疆贸易。
而克隆尔和阿布奎，则返回自己的舰队，按照通商协议，安排手下人手，在果阿设立商馆，开展贸易活动。
同时，他们开始筹集资金，准备偿还大明的贷款，不敢有丝毫懈怠。
时间飞逝，转眼间，半年的时间，便过去了。
这半年来，陈新在果阿，励精图治，整顿秩序，安抚百姓，发展贸易。
让原本饱受战火摧残的果阿，渐渐恢复了生机，贸易日益繁荣，源源不断的财富，流入大明的国库，进一步增强了大明的国力。
而陈新，也因为收复果阿、整顿果阿的功劳，被朱由校下旨，嘉奖了数次，深得朱由校的信任与赏识。
而沈肇，也在半年前，顺利率领战船，押送卡斯特罗、佩索，以及残余的葡萄牙俘虏，安全返回了京城，向朱由校献俘，禀报了此次收复果阿的战况。
朱由校得知，陈新率领大明水师，顺利收复果阿，击溃葡萄牙舰队，俘虏卡斯特罗、佩索，还与西班牙、荷兰，商定了通商条款，掌控了果阿的贸易，心中大喜过望，对陈新赞不绝口。
他当即下旨，表彰陈新的功劳，晋升陈新为大明水师总兵官，赏赐无数。
同时，他下令，在午门，主持献俘礼，彰显大明的威严与强大，警示天下各国，不敢再轻易挑衅大明。
献俘礼这一天，京城阳光明媚，午门之上，旌旗招展，锣鼓喧天，气氛庄严而隆重。
朱由校身着龙袍，端坐在午门的龙椅之上，神色威严，目光锐利，俯视着下方的文武百官，以及前来观礼的百姓，尽显帝王风范。
龙椅两侧，站立着数十名太监和锦衣卫，太监们躬身侍立，口中不时高呼 “皇爷圣明”，锦衣卫们身着飞鱼服，腰佩绣春刀，神色冷峻，目光锐利，守护在朱由校的身边，尽显大明的威严。
午门之下，文武百官，身着朝服，整齐排列，神色恭敬，纷纷躬身，向朱由校行礼，口中高呼 “陛下万岁万岁万万岁”，声音震耳欲聋，响彻云霄。
文武百官的两侧，站立着大明的精锐士兵，他们身着铠甲，手持兵器，神色冷峻，气势恢宏，彰显着大明士兵的勇猛与底气。
而在士兵的前方，卡斯特罗、佩索，以及残余的葡萄牙俘虏，被铁链锁住，衣衫褴褛，狼狈不堪，跪在地上，浑身不停颤抖，脸上满是绝望与恐惧。
献俘礼，正式开始。
首先，沈肇上前，躬身向朱由校禀报，详细讲述了此次收复果阿的战况，讲述了陈新如何设下计谋，如何击溃葡萄牙舰队，如何俘虏卡斯特罗、佩索，如何与西班牙、荷兰，商定通商条款，掌控果阿贸易的全过程，语气恭敬，条理清晰。
朱由校听完沈肇的禀报，嘴角勾起一抹淡淡的笑意，眼中闪过一丝赞许，沉声道：“好！好！陈新不愧是大明的得力干将，不愧是朕的忠臣，率领大明水师，奋勇杀敌，顺利收复果阿，击溃葡萄牙，震慑西班牙、荷兰，彰显我大明的威严与强大，立下了不世之功，朕心甚慰！”
“沈肇，你护送俘虏，安全返回京城，禀报战况，也有功，朕赏你白银千两，晋升你为大明水师参将，继续辅佐陈新，镇守海疆，不得有误！”
“臣谢陛下恩典！” 沈肇躬身行礼，语气恭敬，满脸感激。
随后，朱由校的目光，缓缓落在了跪在地上的卡斯特罗、佩索身上，语气瞬间变得冰冷，没有丝毫怜悯，沉声道：“卡斯特罗，佩索，你们勾结葡萄牙本土，占据果阿，阻碍大明海疆贸易，杀害大明士兵，如今被大明水师击溃，俘虏回京，可知罪？”
卡斯特罗和佩索，浑身一颤，连忙磕头，语气绝望地说道：“罪臣知罪，罪臣罪该万死，求陛下饶命，求陛下再给罪臣一次机会，罪臣必定永远臣服大明，绝不再次作乱！”
朱由校冷冷地看着他们，语气冰冷，没有丝毫松动：“饶命？你们占据果阿，杀害大明士兵，阻碍大明的脚步，犯下了滔天大罪，双手沾满了大明士兵的鲜血，如今，才知道求饶，晚了！”
“朕向来赏罚分明，有功者，必赏；有罪者，必罚，你们犯下如此滔天大罪，绝不能轻饶，交由三法司，审理定罪，依法处置，以儆效尤，警示天下各国，不敢再轻易挑衅大明！”
“臣遵令！” 都察院左都御史、刑部尚书、大理寺卿，纷纷上前，躬身领旨，语气恭敬。
随后，献俘礼结束，朱由校下旨，令三法司，即刻审理卡斯特罗、佩索的案件，依法定罪，不得有丝毫徇私舞弊，不得拖延，务必尽快审理完毕，向朕禀报。
三法司不敢有丝毫懈怠，即刻接管了卡斯特罗、佩索的案件，开始审理。
审理过程中，都察院左都御史，率先弹劾卡斯特罗、佩索，列举了他们的一系列罪行：勾结葡萄牙本土，占据大明领地果阿，阻碍大明海疆贸易，杀害大明士兵，抗拒大明水师进攻，犯下了谋反大罪，罪该万死，请求刑部，依法严惩，以儆效尤。
弹劾完毕，刑部尚书，便根据都察院的弹劾，以及沈肇禀报的战况，结合大明的律法，对卡斯特罗、佩索，进行了定罪：卡斯特罗、佩索，勾结外邦，占据大明领地，杀害大明士兵，抗拒大明军队，实属谋反大罪，按照大明律法，判处卡斯特罗凌迟处死，夷九族；判处佩索凌迟处死，夷九族，其余残余的葡萄牙俘虏，全部判处斩首示众，以儆效尤。
定罪完毕，大理寺卿，便对案件进行了复核，仔细核查了都察院的弹劾内容、刑部的定罪依据，以及案件的所有细节，确认案件审理公正，定罪合理，没有丝毫徇私舞弊，没有丝毫差错。
随后，他便向朱由校禀报，请求朱由校，批准刑部的定罪判决。
朱由校看完大理寺的复核奏折，心中没有丝毫犹豫，即刻下旨，批准刑部的定罪判决，下令，三日后，在京城的菜市场，对卡斯特罗、佩索，执行凌迟处死，夷九族，其余葡萄牙俘虏，执行斩首示众，以儆效尤，警示天下各国，不敢再轻易挑衅大明，不敢再勾结外邦，危害大明的统治。
三法司，接到朱由校的圣旨后，即刻安排人手，准备执行判决，同时，派遣人手，前往卡斯特罗、佩索的住处，抓捕他们的族人，准备一同处死，绝不留情。
这一日，三法司的官员，来到了午门之下，将朱由校的圣旨，宣读给了卡斯特罗、佩索，以及在场的文武百官和百姓。
“奉天承运，皇帝诏曰：卡斯特罗、佩索，勾结外邦，占据大明领地果阿，阻碍大明海疆贸易，杀害大明士兵，抗拒大明军队，犯下谋反大罪，罪该万死，今判卡斯特罗凌迟处死，夷九族；判佩索凌迟处死，夷九族，其余葡萄牙俘虏，斩首示众，三日后，在菜市场执行，钦此！”
圣旨宣读完毕，在场的文武百官，纷纷躬身，高呼 “陛下圣明”。
而卡斯特罗和佩索，听到圣旨的内容后，脸色瞬间变得惨白如纸，眼中满是惊骇与绝望，浑身不停颤抖，仿佛被抽走了所有的力气。
卡斯特罗猛地抬起头，眼中满是难以置信，嘴唇颤抖着，声音嘶哑地说道：“不！不可能！朕只是占据果阿，并没有谋反，你们不能这样对朕，不能夷朕九族，求陛下饶命，求陛下再给朕一次机会！”
他无论如何，也不敢相信，大明皇帝，竟然会如此狠心，判处他凌迟处死，夷九族，这对于他来说，无疑是灭顶之灾，他原本以为，自己主动投降，或许还能保住一条性命，保住自己的族人，可他没想到，最终，还是落得如此凄惨的下场。
而佩索，听到圣旨的内容后，更是吓得魂飞魄散，眼前一黑，身体一软，直接晕倒在了地上，嘴角溢出一丝鲜血，彻底失去了意识，他连求饶的机会，都没有，便被这残酷的判决，吓得晕了过去。
在场的百姓，看到卡斯特罗和佩索的模样，纷纷拍手称快，高声呐喊：“陛下圣明！严惩叛徒！大明万岁！”
呐喊声，震耳欲聋，响彻云霄，彰显着百姓对大明的热爱，也彰显着百姓对卡斯特罗、佩索的憎恨。