中华人民革命军为了之后治理需要，宣布凡是在战前主动放弃抵抗的被强征日本兵，将不会被送到华夏参加劳动改造。
此后中华人民复兴党还宣布新解放的九州各地区，将实施华夏一样的土地和税收政策，这对以佃农为主的九州岛百姓具有很大的诱惑力，不少九州岛百姓纷纷在日本人民复兴党带领下，为中华人民革命军带路。
由于日本政府军之前在九州各地倒行逆施，使得他们在福冈、大分、熊本、宫崎等地，遭到当地老百姓的唾弃，所以三个师的人民革命军在这些地区进展相当顺利，到5月下旬便解放了这些地方。
但是，作为尊皇攘夷的发源地，明治维新前的萨摩藩、肥前藩的鹿儿岛县、佐贺县，对日本明治政府是死忠，成为了日本政府军最后的据点，并在这两个县施行全民皆兵政策。
两个县虽然也经过几轮征兵，但是此时辖区人口还有八十余万，占了九州的四分一，而且这两个县自古有尚武的传统，两个县又都是农业地区，地形也复杂，所以中华人民革命军在这两个县进展相当慢，损失也比较大。
此时，当地虽然武器奇缺，但是当地每个14岁以上的男性都被编入守卫军，利用冷兵器甚至竹矛作为武器，组成了25万大军，连同退入两县的政府军，共计有35万人之多。
为了彻底解放这两个县，应对当地全民皆兵，中华人民革命军下令对这两个县实行稳扎稳打政策，并不急于冒进，而是逐村逐村地清剿。
进入该地区之后，没收当地任何可见的铁器，不管男女，只要13岁以上，或者身高超过1.4米的，一律抓捕送往长崎港，运回华夏参加劳动改造，只留下年龄超过50岁的妇女。
在这种政策下，当地一方面反抗非常激烈，中华人民革命军伤亡人数不断攀升；另一方面使得人民革命军面临着坚壁清野，补给出现严重困难。
但是，岳天还是指示要坚持到底，并从山西、河南等地，由政府出资，征召无地、或者少地的农民，编成四个垦殖师，加上家属共计30多万人，由海军舰队护送前往九州岛这个两个县进驻被清理出来的地方。
随着时间推移，一系列政策开始呈现出效果，随着武装的垦殖师进驻，人民革命军得到了支援和补给安全，鹿儿岛县、佐贺县两个县一点点地被清理干净，反抗力量越来越薄弱。
1899年8月下旬，经过三个多月的清剿，鹿儿岛县、佐贺县的所有反抗力量均被清理干净。
在九州岛的战斗中，尽管对方装备相对落后，但是中华人民革命军还是有5876人牺牲，击毙了日军近九万人，俘获男女俘虏共计57万人并被押送回国内，分别送往矿场和轻工业企业参加劳动改造。
当然在九州岛的战斗中，也缴获了不少步枪和旧式火炮，大多被分发给垦殖师的民兵作为武器。
不过，由于这些年日本陷入连连战乱，使得九州岛各地民生凋敝，此战缴获的财物较少，只有不到两百万共和国银元。