2.巴拿马人民共和国政府承认美国在开凿巴拿马运河期间的3.75 亿美元的投入，从即日起将运河承包给美国公司经营，并将经营所得利润的80%用来偿还美国政府对巴拿马运河的投资以及每年5%的利息，剩余的经营利润则归巴拿马人民共和国政府所有。
3.为保障运河安全运行，巴拿马人民共和国政府允许震旦国、美国、墨西哥与本国政府组成联合部队，驻守运河区，维护运河区的公共安全。
4.巴拿马运河必须无条件地允许震旦国、美国、墨西哥三国军舰通过，对三国通过的船舶，只收取成本价，相关价格每年由签约四国共同核算确定。
5.美国政府、墨西哥政府承认巴拿马人民共和国政府将面积为5100余平方公里的秦始皇市割让给震旦国政府。
6.条约生效之后，美国政府向巴拿马人民共和国政府支付500万共和国银元的赔偿，巴拿马人民共和国释放战争期间被俘的所有美国公民和美国军人（不包含日本雇佣兵）。
这个协定的签订，使得巴拿马人民共和国收回了巴拿马运河，并能够每年从中获得不菲的收入，当然在偿还了美国对巴拿马运河的投资之后，也可以收回巴拿马运河的运营权。
此外，在震旦国政府的支持下，巴拿马人民共和国已经在国内修建了不少水利设施，并开垦出不少耕地，实现了梦寐以求的粮食自给自足。
在战后，由于美国政府并没有替两万多日本雇佣兵赎身，这些人被巴拿马政府留在矿区，开采各种矿藏。
加之人口不多的巴拿马在一年多的战争中通过缴获战利品和战争赔款，获得大量的财富和物资，竟然一下子成为中南美洲最为富裕的国家，在震旦国顾问引导下引进了不少震旦国移民，开展工农业建设，逐渐成为一个小强国。
墨西哥人民共和国政府则是通过这个协定获得了通过巴拿马运河的权益，并将巴拿马人民共和国发展成为自己的盟友，使得中美洲联盟影响力更上一层楼。
正因为如此，哥伦比亚虽然地处南美洲，但是正谋求能够加入中美洲联盟，以获得自身的发展机遇，但是哥伦比亚政府的这一想法却引起了美国和其他南美洲国家的警觉，为后续南美洲的动乱埋下了伏笔。
这场巴拿马战争最大的赢家莫过于震旦国政府，不仅从一年多的战争中通过军贸获得巨额经济利益，而且还获得在美洲的第一块面积不小的领土，终于在美洲插上一脚。
毕竟完全属于自己的领土与租界墨西哥两个港口性质可是完全不一样。这块领土虽然位于原来巴拿马的西南，与哥伦比亚交界，多山地，但是多矿藏，蕴藏了大量铜矿、金矿等矿藏，是一块不可多得的宝地。
在巴拿马人民共和国收回巴拿马运河之后，人口只有六十万的巴拿马国，为了维护自身的独立和发展，在签订运河协议的第二天，就跟震旦国政府签订了同盟条约。
该条约主要内容是震旦国政府保护巴拿马国不受他国侵犯，并帮助巴拿马国发展本国经济，当然也允许震旦国公民移居当地帮助当地人发展，为此巴拿马国还将华语列为第二国语，开始在很多学校开设华语课程。
这场一年多的巴拿马战争，美国是最大的输家，不仅太平洋舰队损失惨重，陆军和空军也损失不少，前后折损本土官兵六万余人，军费和其他物资损失折合2.1亿美元，还第一次让美国政府向一个小国支付战争赔款。