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随着南洋都护府成立六司，南洋都护府在南洋各主要的改土归流的岛屿设府，府下设县，县下设乡，乡设保甲。各级官员，一半由大周派遣，一半从当地土着中选拔，选拔那些向往大周的土着。只是这些人都必须经过大周的培训后方可上任。
随着南洋都护府在改土归流的土司成立府县之后，再次在教育上进行了大动作。都护府在各主要城镇设立学堂，教授汉字、算学、礼仪。
所有土着适龄小孩都可以入学，并且提供勤工俭学的岗位。同时要求所有土酋的所有子弟，必须入学，不接受大周教育的土酋子弟都没有继承权。
普通百姓的子弟，可以从大周指定的银行贷款入学，优秀者可保送京城国子监深造。并且只要获得保送国子监的土着，可以免去他们所有的求学贷款。这些人在国子监学习的时间是三年，三年下来，这些人都不会认为自己是南洋人，而是认为自己是大周人。
贾琏最后的大动作就是在经济上，南洋都护府统一税则，规范贸易，保护商路。同时指定南洋的香料、粮食、木材、矿产收归国有。
南洋所有的香料、粮食、木材、矿产都只能卖给南洋土着酋长或是卖给大周设立的指定机构。南洋土着酋长在收购到香料、粮食、木材、矿产，也只能卖给南洋都护府。
随着香料、粮食、木材、矿产收归国有，这些资源源源不断地运往大周。有了这些低价的香料、粮食、木材、矿产，大周的经济发展变得更快。
当然不只是南洋的香料、粮食、木材、矿产被运送到大周，同时大周的丝绸、瓷器、茶叶、铁器，源源不断地运来南洋。
随着大周内陆和南洋之间的贸易额暴增，南洋彻底绑在大周身上，离不开大周。每年从南洋流回大周的低价资源，创造的利润超过两万万银币，相当于大周国库收入的一半。
也是因为大周和南洋之间的贸易是暴利，贾琏才有足够的资金开展他的南洋计划。在南洋设立府县，在南洋开展教育，在南洋翻手如云，覆手如雨。
隆政二十六年春，一个意料之中的消息传到马尼拉。苏门答腊岛最北端的亚齐地区，发生了一场规模不大但也不算小的叛乱。
叛乱的首领，表面身份是一个叫“杜固”的当地贵族，是亚齐苏丹的远房亲戚，在苏丹被押往京城后，他一直心怀不满。但这个杜固的真实身份是南洋玄衣卫的一员。
为了彻底隐藏南洋人口减少的事实，杜固纠集了几百个对“改土归流”不满的当地土着，袭击了都护府设在当地的粮仓，杀了几个大周士兵。当然这些士兵都是仆从兵，是从亚奇临时征召的。
贾琏接到消息，就知道玄衣卫开始行动了，也说明亚奇周边的土着应该是人口不多了，甚至是大部分部落和邦国已经彻底消失。
现在南洋都护府最主要的事情，就是配合杜固。贾琏马上派周淮安率两千精兵，乘船前往亚齐。周淮安是知道这个杜固真实身份的人，所以周淮安抵达亚奇后，没有立即进攻，而是先派人劝降。
无论是杜固还是周淮安都知道，所谓的劝降就是到了杜固集结所有亚奇地区和周边地区所有幸存的土着的时刻。这些大周就不准备接受投降，而是彻底消灭。
当然彻底消灭不是全歼，而是会让杜固保留一部分精锐，转进到南洋的其他地区。然后重复操作，隐藏南洋其他地区人口减少的事实。