后宫册封的余韵未歇，前朝的制度建设便以更迅猛的姿态展开。
开国之初，百废待兴，尤需一套清晰、稳定、高效的官僚体系来运转国家机器。
在参考明朝制度、结合现状并融入陈远自身理念的基础上，经过文渊阁大学士李邦华、钱谦益等人月余的紧张拟定，一套全新的《大陈官制》与《爵禄条例》终于成型，于九月初一，由皇帝下诏，颁行天下。
此次改制，核心在于“厘清品级，明确职责，重定禄秩，激励贤能”。
文官系统，大体沿用明制框架而加以简化、优化：
中枢：废宰相，设文渊阁为皇帝顾问机构，阁臣加大学士衔，品级不定，依皇帝信任参与机务。
仿明制设吏、户、礼、兵、刑、工六部，各部设尚书（正二品）、左右侍郎（正三品），下属各清吏司。
监察：设都察院，长官为左、右都御史（正二品），下设十三道监察御史，巡按地方。
通政、大理：设通政使司（掌收受内外章奏）、大理寺（掌复核刑狱），与刑部合称“三法司”。
地方：废“省”之模糊称谓，明确为布政使司（管民政财政，长官布政使，从二品）、都指挥使司（管军事，长官都指挥使，正二品）、提刑按察使司（管刑名监察，长官按察使，正三品）三司并立，互不统属，直属中央。
其下为府（知府，正四品）、州（知州，从五品）、县（知县，正七品）。
武官系统，改革幅度更大，旨在消除明末卫所制弊端，建立职业化军队：
中央：设前、后、左、右、中五军都督府，分统全国军队，但调兵权归兵部，统兵权归都督府，指挥权归战时任命的将军，相互制衡。都督府设左、右都督（正一品）。
地方：在边境和要地设镇（总兵官，正二品）、协（副将，从二品）、营（参将，正三品）、汛（守备，正五品）等常备军编制，脱离卫所，专事征战戍守。
卫所制度保留，但转为管理军户、屯田的后勤机构，不再作为主要作战编制。
爵位与武散官：与文官散阶对应，设特进光禄大夫、荣禄大夫等武散官，与实职分离。
爵位（公侯伯子男）为荣誉，可世袭，但需降等，且与实职权责分开。
品级与俸禄：文武官均定为九品十八级（自正一品至从九品）。
俸禄以银、米兼发，大幅提高基层官员俸禄（如知县岁俸提至120两银+120石米），以养廉耻，同时设立“养廉银”试点。严格禁止官员经商、与民争利。
科举与选拔：宣布恢复科举，但进行改革。三年一试，分乡试、会试、殿试。
考试内容废除八股，改为经义、策论、判牍、算学、律法等实用科目。