在群山环抱之中，有一条像月牙儿般弯弯的小河，名叫月牙河。月牙河畔，藏着一个小小的村庄——星溪村。村里的老人都说，这名字有来头：天上的星星们太喜欢月牙河清凌凌的河水了，每晚都忍不住偷偷溜下来，在河里洗澡、嬉戏，把河面点缀得星光点点。所以，这河看上去，既是月牙，又流淌着星河。而到了夏天，另一种“星星”会出现在河边的草丛、竹林和稻田里，它们就是萤火虫。
村里的孩子们相信，这些地上的小星星，就是那些在天河里洗过澡的星星们留下的孩子，它们贪恋人间的草木清香，便留了下来，每晚提着小小的灯笼，为晚归的农夫照路，为迷路的小虫引航。
那一年，七岁的城里男孩小勇，第一次被爸爸妈妈送到星溪村，跟爷爷过夏天。小勇习惯了城市的霓虹灯和车水马龙，初到星溪村，觉得这里夜晚黑得吓人，静得出奇。没有动画片，没有游乐场，只有蛙声、虫鸣和无边无际的黑暗。
爷爷看出了小勇的寂寞，一天晚上，他拉着小勇的手，神秘地说：“走，爷爷带你去看咱们星溪村最宝贝的东西。”
爷爷提着一盏小小的煤油灯，领着小勇深一脚浅一脚地走在田埂上。泥土的芬芳和稻花的香气混合在一起，钻进小勇的鼻子。越往月牙河边走，蛙声越响。忽然，小勇看到前方的黑暗中，升起一点、两点幽绿的光点，像不小心溅出来的火星。
“看，是萤火虫！”爷爷轻声说。
紧接着，三点、十点、一百点……成千上万的光点从草丛中、竹林里袅袅升起。它们不像城里的路灯那样刺眼、呆板，而是柔和的、流动的，像一场无声的、绿色的雪，又像一条在地上流淌的、温暖的星河。它们翩翩起舞，光点明明暗暗，仿佛在呼吸，在低语。一些小光点调皮地飞到小勇面前，几乎要触到他的鼻尖，他甚至可以看清它们小小的、精致的身躯。
小勇惊呆了，张大了嘴巴，一句话也说不出来。他从未见过如此梦幻、如此灵动的景象。城市动物园玻璃箱里那几只无精打采的萤火虫，根本无法与这自然的奇迹相比。
“爷爷，它们……它们在说话吗？”小勇仰起头问。
爷爷呵呵地笑了，皱纹舒展开来，像秋天的菊花：“老人们都说，它们是在唱歌呢。唱的是夏天的歌，是星星的歌。只有心静的孩子，才能听见。”
从那晚起，小勇爱上了星溪村，爱上了这些黑夜里的精灵。他白天帮着爷爷给菜地浇水、喂鸡，心里却盼着夜晚的降临。他结识了村里的孩子王，一个梳着羊角辫、皮肤晒得黝黑的女孩，叫丫丫。丫丫像个小小的博物学家，知道所有关于萤火虫的秘密。
“你看，”丫丫指着一片湿润的苔藓地，“那些亮晶晶的是萤火虫的宝宝，我们叫它‘夜光砂’。它们要喝足足一百天的露水，才能长出翅膀飞起来。”
“那只飞得最高的，”她又指着一只在竹林顶端闪烁的萤火虫，“肯定是‘灯笼队长’，它在指挥大家跳舞呢！”
小勇和丫丫成了最好的朋友。他们最大的乐趣，就是在晴朗的夏夜，躺在月牙河边的草坡上，看着满天繁星和满地流萤交织在一起，分不清哪是天，哪是地。小勇觉得，自己仿佛睡在宇宙的中央。
丫丫还告诉他一个古老的传说：“我奶奶说，每一只萤火虫，都是一个善良的梦。人死了，如果他一辈子都做好事，他的一个美好的梦就会变成萤火虫，永远在夜里发光，给活着的人带来安慰和希望。所以，我们不能伤害它们，要对它们好。”
小勇郑重地点了点头。他小心翼翼地用手捧住一只飞累了的萤火虫，感觉它微弱的光在手心里跳动，像一颗温暖的心脏。他轻轻吹一口气，将它送回空中。
美好的日子总是过得飞快。夏天快要结束的时候，村里传来一个消息：为了发展经济，镇上决定在星溪村附近修建一个大型的度假村。消息传来，大人们议论纷纷，有的高兴，觉得能赚钱；有的担忧，怕破坏了村子原来的宁静。
最初，小勇和丫丫并不太懂这意味着什么。直到有一天，几辆轰鸣的推土机和卡车开进了村口，开始清理月牙河对岸的一片小山坡，那里是萤火虫最多的地方。
机器轰鸣声取代了蛙鸣，晚上工地上亮如白昼的探照灯，让星星和萤火虫都黯然失色。更可怕的是，河水开始变得浑浊，岸边堆满了建筑垃圾。
萤火虫们明显变少了。它们的光变得微弱、稀疏，不再成群结队地飞舞，只是零落落地在残存的草丛间闪烁，像在无声地哭泣。
丫丫急得直掉眼泪：“怎么办？再这样下去，萤火虫会消失的！它们的宝宝需要干净的水和潮湿的泥土，现在河水脏了，草地被铲平了，它们会活不下去的！”
小勇也又难过又气愤。他想起丫丫说的那个传说，这些闪烁的光点，都是一个个善良的梦啊！难道要眼睁睁看着它们消失吗？
一天夜里，小勇梦见自己变得很小很小，站在一片巨大的草叶下。周围一片漆黑，只有远处工地的灯光像怪兽的眼睛。他听到细微的、悲伤的哭泣声。他循着声音找去，发现是一只翅膀受伤、光芒极其微弱的萤火虫。它趴在一片沾满灰尘的叶子上，气息奄奄。
“你怎么了？”小勇用指尖轻轻碰了碰它。
萤火虫抬起头，发出微弱如丝的声音：“你是……那个城里来的孩子？我看得出，你心里有光……我们在消失。我们的歌，快要唱不出声了。土地被压得喘不过气，河水被弄得又脏又苦……我们需要帮助……”
“我该怎么帮你们？”小勇急切地问。
“找到……萤火虫之心……”萤火虫的声音越来越弱，“那是我们所有光芒的源泉……在月牙河最清澈的源头……需要一颗纯净勇敢的心……才能看见……”
说完，萤火虫的光芒彻底熄灭了，像一盏油尽灯枯的小灯。小勇猛地从梦中惊醒，窗外，月光如水。
他立刻跳下床，跑去敲丫丫家的窗户。丫丫睡眼惺忪地出来，小勇激动地把梦里的情形告诉了她。
丫丫睁大了眼睛：“萤火虫之心？我奶奶好像讲过这个故事！她说在很久很久以前，月神被星溪村的美景打动，流下了一滴喜悦的眼泪，这滴眼泪落在了月牙河的源头，化成了一颗永不熄灭的‘月泪珠’，它守护着这片土地的洁净与安宁，也给了萤火虫发光的力量。难道那就是‘萤火虫之心’？”