离别的日子一天天临近。小云变得比以往更加沉默。她抱着灰朵，坐在门槛上，看着远处的群山，一看就是很久。灰朵似乎也感受到了小云的低落情绪，变得格外黏人，总是寸步不离地跟着她，那双蓝眼睛里也充满了不解和忧虑。
一天夜里，小云做了一个梦。她梦见自己到了城里，到处是灰蒙蒙的高楼，看不见天空。她找不到家，也找不到爸爸妈妈。她拼命地跑，拼命地喊，却发不出声音。忽然，她听到了灰朵细弱的叫声，她循着声音找去，看见灰朵瘦小的身影被困在一个冰冷的铁笼子里，可怜巴巴地望着她……小云惊醒了，满脸是泪。她摸到身边灰朵温暖的小身体，把它紧紧抱在怀里，下了一个决心。
临走前的晚上，小云做了一件大事。她找来了一个自己最漂亮的、带花朵的铁糖盒，仔细地擦干净。然后，她开始往里面放东西：几片她和灰朵一起在阳光下晒干的、形状完美的枫叶；几颗在溪边捡到的、特别圆润光滑的鹅卵石；一撮带着阳光味道的干草；一小包奶奶炒的、香喷喷的南瓜子；还有一张她偷偷用铅笔画的画，画上是她和灰朵在开满野花的草坡上奔跑。
她把铁盒盖好，用塑料布严严实实地包了好几层。然后，她抱着铁盒，带着灰朵，又一次来到了村后那个废弃的石头屋子——她们的“秘密基地”。
月光很好，像水银一样泻满了大地，石头屋子在月光下显得宁静而神秘。小云在石屋最里面、一个干燥的角落，用手挖了一个小坑。她小心翼翼地把铁盒放进去，就像埋下一件最珍贵的宝藏。
她抱着灰朵，坐在埋藏铁盒的地方，对着它，也对着灰朵，轻轻地说：
“灰朵，你看，这是我们的‘宝盒’。里面装着云朵坳的阳光、溪水、青草的味道，还有我的画。明天……我就要走了，去一个很远的地方。我不能带你去……但是你别怕，这里永远是我们的家。我把这个宝盒埋在这里，就像把我的影子，我的笑声，都留在这里了。你想我的时候，就来这里坐坐，闻闻味道，就像我还在你身边一样。你等着我，等我放假了，我一定回来看你！这是我们的秘密，谁也不告诉……”
灰朵安静地趴在她怀里，仰着头，蓝色的眼睛在月光下像两潭深不见底的湖水，静静地望着小云。它似乎听懂了，用脸颊深深地、依赖地蹭了蹭小云的下巴。
第二天，小云还是跟着来接她的人走了。她哭得很厉害，把灰朵紧紧搂在怀里，最后是奶奶红着眼圈，硬是把灰朵抱开了。灰朵似乎预感到了什么，在小云身后发出凄厉的、从未有过的叫声，挣扎着想追上去，却被奶奶牢牢抱住。
小云到了城里。城里的确很大，很热闹，有她从来没见过的游乐场和琳琅满目的商店。学校也很大很漂亮。可是，她总觉得不自在。空气里有股奇怪的味道，天空总是灰蒙蒙的，看不到星星。邻居们关门闭户，谁也不认识谁。她很想念大山上那片辽阔的、星星点点的夜空，想念带着草木清香的空气，想念可以肆意奔跑的山坡。
她尤其想念灰朵。她常常在梦里回到云朵坳，回到那个月光下的石头屋子。
而云朵坳里，灰朵在小云走后的头几天，不吃不喝，只是蹲在门口，望着小云离开的方向，日夜凄楚地叫着。奶奶看了心疼，把好吃的放在它面前，它也只是闻闻，便又走开。它变得消瘦，毛色也失去了光泽。
但几天后，它似乎明白了小云不会马上回来。它不再整天蹲在门口，而是开始往村后的山上跑。它熟门熟路地来到那个废弃的石头屋子，在小云埋下铁盒的地方，一圈圈地嗅着，然后安静地趴下来，一趴就是很久。
它似乎能从那里，感受到小云留下的气息，感受到那个“宝盒”里封存的阳光和记忆。这里，成了灰朵的“第二个家”，成了它等待和思念的寄托。它靠着这个信念，慢慢地开始吃东西，重新变得精神起来。它知道，小云让它等着，她就一定会回来。
冬天过去了，春天又来了。山上的杜鹃花又一次开得如火如荼。
一个周六的早晨，灰朵像往常一样，在石头屋子里趴着晒太阳。忽然，它的耳朵警觉地竖了起来。它听到了一阵熟悉的、让它心跳加速的脚步声，正沿着山路上来！还有一个它思念已久的声音在呼喊：
“灰朵！灰朵！我回来啦！”
是做梦吗？灰朵猛地站起来，箭一般冲了出去！
山路上，那个它朝思暮想的身影正向着它跑来，长高了一点，但笑容还是那么熟悉，那么温暖！
“灰朵！”
小云蹲下身，张开双臂。灰朵像一道灰色的闪电，冲进她的怀里，用脑袋、用脸颊、用整个身体，疯狂地蹭着她，喉咙里发出巨大而响亮的、像打雷一样的“咕噜”声，还夹杂着委屈又喜悦的“喵呜”声，仿佛在控诉她的离开，又像是在诉说着无尽的思念。
小云紧紧抱着失而复得的伙伴，眼泪大颗大颗地掉下来，落在灰朵温暖柔软的毛发里。她回来了，她的小云朵，还在等着她。
她带着灰朵，跑进石头屋子，挖出了那个铁盒。塑料布完好无损，打开盒子，里面的树叶、石头、干草、南瓜子，还有那张画，都保持着当初的模样，仿佛时间在这里停止了流动。阳光、青草、溪水、还有她和小云共同度过的快乐时光，瞬间包围了她。
小云知道，无论山外的世界多么精彩，在云朵坳，在这月光曾照耀的石头屋子里，永远有她最温暖的归处，和一个永远等待她、理解她的小小生命。这个秘密基地，是只属于她和灰朵的，月光下的第二个家。