在经历皮卡丘与黑暗戴鲁比那场惊天地泣鬼神的世纪之战后，这支被后世称为传奇三剑客的小队终于踏入了传说中的圆珠市！这座被七彩极光笼罩的城市，连空气中都飘荡着神秘的能量粒子，每一块砖石都镌刻着远古的符文。
此刻，小智正独自蜷缩在旅馆房间内，手中的钢笔在纸上划出狂乱的轨迹。突然，他全身如遭雷击般剧烈颤抖——凤王的神圣感应如潮水般涌来！窗外的云层中隐约浮现出七彩羽翼的虚影，整个房间的温度瞬间飙升到令人窒息的程度。难道说...这里就是...小智的瞳孔收缩成针尖大小，手中的钢笔一声被捏得粉碎，墨汁如鲜血般在报告上晕染开来。
凤王在召唤我？他疯狂地抓挠着头发，金色的刘海如燃烧的火焰般舞动。这个念头让他胃部绞痛！一旦成真，他那被封印了十六年的神之血脉将彻底觉醒！伟大的凤王啊！小智单膝跪地，胸口的神纹开始发光，您是要我在这座城市揭开那场千年前的诸神黄昏真相吗？
与此同时，在旅馆那铺着猩红地毯的走廊上——
小霞！小刚突然一个箭步将同伴拽进阴影，声音压得比蚊子振翅还低，你难道没发现最近小智的反常已经突破天际了吗？昨天我亲眼看见他的影子...在月光下长出了翅膀！
何止是翅膀！小霞激动得头发都炸成了刺猬状，前天深夜我路过他房门，听见里面传出凤鸣般的啼叫！还有那些诡异的金色光芒从门缝里渗出来！她突然掏出一个微型探测器，看！这上面的神圣能量读数已经爆表了！
小刚的镜片地裂开一道缝，声音都在发抖：难、难道说那个传说...虹之勇者的转世...
但是...小霞突然收起探测器，眼中的怒火化作温柔的星光，记得在常磐森林吗？他为了救我的角金鱼，差点被暴鲤龙吞掉。她望向窗外突然出现的彩虹，这样的他，值得我们永远信任。
说得好！小刚的眼镜奇迹般自动修复，两人击掌的瞬间迸发出耀眼的火花。
然而在城市最阴暗的下水道深处——
他来了。黑袍人枯瘦的手指划过水晶球，球体内浮现出小智痛苦挣扎的身影。十二名戴着面具的教徒跪倒在地，他们脚下的法阵正渗出黑色的血液。
大、大人...一个教徒颤抖着指向突然沸腾的血池，真的要启动诸神黄昏计划吗？一旦小智的使者身份曝光，整个关都地区都会...
闭嘴！黑袍人掀开兜帽，露出布满神纹的脸，十六年前那场大火没能烧死这个神之子，今天我要让全世界看着——他猛地捏碎水晶球，看着凤王选中的使者，是如何在圆珠市的圣火中重生的！
老大，我有些不解，为什么当年那位神之子不是已经消失了吗？他就是那位神之子的后代。它继承了神之子的位置。
你们不知道这位神之子，他很不凡。他也许是命定之人，而我们这么做，也许可以让他。为我们大业献上一份助力。
就在这一刻，整座城市的灯光同时熄灭。天空中的乌云旋转成巨大的漩涡，七道彩虹从地底冲天而起，在夜空中交织成凤凰的图腾。圆珠市最高的钟楼上，那口沉寂百年的青铜古钟无人自鸣，钟声震碎了所有玻璃窗！