新的矛盾摆在所有人面前：修复月球矩阵需要大量未被污染的能量晶体，而地球现存的晶体大多已被暗影族渗透污染；如果不修复矩阵，就无法获得净化污染晶体的频率，火星的陈铭小队无法使用能量晶体，也无法启动净化程序；而远古舰队的超级武器，只剩下不到40小时的充能时间。
“启动公约最高优先级任务！”龙国代表在地球联盟的紧急会议上宣布，“全球所有未被污染的能量晶体，优先输送给月球基地；地球支援舰队改变航线，先护送晶体抵达月球，再前往火星；月球科考队全力修复矩阵，必须在30小时内产出净化频率！”
月球基地的忙碌骤然升级。12小时后，地球支援舰队的三艘运输舰抵达月球轨道，未被污染的能量晶体通过货运舱送抵基地。技术组全员上阵，将晶体熔化后注入矩阵节点的远古纹路，随着晶体的注入，原本断裂的纹路逐渐亮起青色光芒，月球基地的能量读数开始稳步上升。“矩阵功率恢复至58%！”伊娃兴奋地汇报，“净化频率已经产生，正在通过万倍通信技术传输给火星！”
火星的峡谷中，陈铭收到净化频率后，立刻让老王调整便携式干扰器。干扰器发出与频率一致的蓝光，照射在污染的能量晶体上，晶体内部的红色纹路如同遇到克星，迅速消退，恢复成纯净的蓝色。“成功了！”小李从昏迷中醒来，虚弱地笑了，“我们有能量了！”
就在人类文明似乎看到转机时，月球基地的控制舱内，警报声突然尖锐响起。屏幕上的月球表面三维图中，原本沉寂的远古舰队裂缝，此刻正以惊人的速度扩张，红色的能量流从裂缝中喷涌而出，一艘巨大的暗影族战舰缓缓驶出，战舰的外壳上，刻着与火星暗影族基地相同的诡异纹路。“不好！月球矩阵的修复，激活了暗影族隐藏在月球的后备舰队！”周锐的脸色惨白，“战舰的目标是基地的核心控制舱，他们想摧毁矩阵，彻底打开月球裂缝！”
基地的防御武器立刻启动，激光炮和电磁脉冲弹朝着暗影族战舰发射出去，但战舰的护盾强度远超预期，攻击如同隔靴搔痒。“通信组！联系地球支援舰队，让他们立刻返回支援！”周锐大喊，“技术组停止修复矩阵，将所有能量导入防御护盾！勘探组撤回基地，准备近战防御！”
暗影族战舰的主炮开始充能，一道巨大的红色能量束直指月球基地的穹顶。基地的防御护盾瞬间展开，青色的光芒与红色能量束碰撞在一起，整个基地剧烈摇晃，控制舱内的设备纷纷坠落，屏幕上的能量读数急剧下降。“护盾撑不了10分钟！”伊娃大喊，“矩阵功率被强行抽取，净化频率传输中断，火星那边失去支援了！”
火星上，陈铭小队刚刚用净化后的能量晶体启动了月球基地送来的导航设备，突然收到净化频率中断的警报。屏幕上弹出月球基地的紧急画面：暗影族战舰正在疯狂攻击基地，护盾已经出现裂痕，而基地周围的环形山内，更多的暗影族士兵正在集结。“月球基地有危险！”小赵的声音带着惊慌，“如果基地被摧毁，我们就失去了地火通信中继，也得不到净化频率，更找不到最后一枚徽章的剩余碎片！”
陈铭看着屏幕上摇摇欲坠的月球基地，又看了看远处北极冰盖方向越来越亮的红光，心中清楚，他们陷入了两难境地：继续前往北极，月球基地可能被摧毁，人类失去最后一个地外中转站；返回支援月球，火星超级武器的倒计时已所剩无几，第五块核心碎片和本源之水将彻底无望获取。
就在这时，陈铭手中的四块核心碎片和两块破碎徽章突然同时爆发强光，一道三维投影出现在众人面前投影中，月球基地的环形山深处，隐藏着一个通往地下的入口，入口的纹路与联盟徽章完全吻合，而入口下方，隐约能看到最后一枚徽章的完整轮廓，以及一行远古文字：“月为引，火为芯，双封印共振，方可逆转乾坤；暗影族后备舰队的核心，藏于月球地下遗迹，摧毁核心，裂缝自封。”
陈铭的心中豁然开朗：月球基地的危机，正是找到最后一枚徽章的关键。但此时，月球基地的护盾已经破裂，暗影族战舰的第二道能量束即将发射，而他们距离月球有38万公里，根本无法及时支援。“月球基地的科考队员们，”陈铭对着通信器大喊，声音通过仅存的微弱信号传向月球，“环形山深处有地下遗迹，里面有最后一枚徽章和暗影族舰队核心，摧毁核心就能关闭裂缝！相信你们，守住基地，我们在火星等你们的支援！”
月球基地的控制舱内，周锐听到陈铭的话，眼中燃起一丝希望。他看着屏幕上环形山的位置，又看了看正在逼近的暗影族士兵，突然做出决定：“伊娃，带领技术组继续修复矩阵，尽量维持护盾；卡玛尔，带上勘探组和所有能战斗的队员，跟我前往环形山地下遗迹，找到徽章和舰队核心！我们必须守住基地，为火星争取时间！”
科考队员们拿起武器，跟着周锐冲出基地。月球表面的低重力让他们的冲锋显得格外悲壮，暗影族士兵的能量束在他们身边炸开，灰白色的尘埃漫天飞舞。周锐举着能量步枪，精准地击倒一名冲在最前面的暗影族士兵，大喊道：“为了人类文明！冲！”
与此同时，火星北极冰盖的暗影族基地内，能量塔的红光已经达到顶峰，远古舰队旗舰的超级武器充能进入最后阶段。陈铭小队站在基地外围的冰崖上，看着下方密密麻麻的暗影族士兵，手中的能量步枪已经装满了净化后的能量晶体。“还有30小时，”陈铭握紧了手中的核心碎片，“月球基地的战斗正在进行，我们必须在超级武器发射前，潜入基地，找到第五块碎片和本源之水。”
而月球的环形山深处，周锐带领科考队员们终于找到了地下遗迹的入口。入口的石门上，刻着与投影中一致的纹路，卡玛尔将那半截徽章嵌入石门的凹槽，石门缓缓打开，露出一条通往地下的阶梯。阶梯下方，传来阵阵低沉的嗡鸣，那是暗影族舰队核心的能量波动，而阶梯尽头的平台上，一枚完整的联盟徽章正静静地悬浮在半空，散发着耀眼的蓝光。
但就在周锐伸手去拿徽章的瞬间，阶梯下方突然涌出大量的暗影族士兵，他们的首领一名穿着黑色战甲、手持巨斧的暗影族将军，缓缓走了出来，红色的眼睛死死盯着科考队员们：“人类，你们以为能阻止伟大的暗影计划？这枚徽章，是你们的坟墓！”
月球基地的护盾彻底破裂，暗影族战舰的主炮发出震天巨响；火星超级武器的红光刺破天际，倒计时进入最后24小时；月球地下遗迹中，周锐与暗影族将军的对决一触即发；火星冰盖下，陈铭小队正准备潜入暗影族基地。人类文明的命运，被两条战线紧紧捆绑，而最后一枚联盟徽章的归属，将决定这场星际战争的最终走向。
远处的宇宙中，远古舰队的旗舰缓缓转向，主炮的红光同时锁定了火星和月球，一场针对两个星球的毁灭性打击，即将拉开序幕。