地球轨道上，3艘“神舟”级支援舰立刻启动，朝着月球方向驰援。但暗影族舰队的目标明确，不惜一切代价阻止“星梭-1”抵达月球，他们的战舰疯狂冲撞，试图用自杀式攻击拦住飞船的去路。“星梭-1”的尾部武器系统启动，激光炮连续开火，击毁了两艘暗影族战舰，但自身的护盾也出现了破损。
月球基地内，伊娃看着雷达屏幕上的激战，心急如焚。基地的穹顶已经彻底塌陷，技术组的队员们只能躲在核心控制舱内，用矩阵残余能量维持着最后的防御：“周队！‘星梭-1’遭遇拦截，需要你们在地下遗迹制造混乱，吸引暗影族的注意力！”
地下遗迹中，周锐已经耗尽了能量步枪的弹药，他捡起地上的一块岩石，朝着暗影族将军砸去：“兄弟们，跟他们拼了！为‘星梭’争取时间！”科考队员们纷纷效仿，用岩石、断裂的武器残骸作为武器，朝着暗影族士兵冲去。周锐趁将军分神之际，猛地扑向悬浮的联盟徽章，手指刚触碰到徽章的瞬间，徽章突然爆发出强烈的蓝光，将他包裹其中，暗影族将军的巨斧砍在蓝光上，被弹开数米远。
“这是……远古文明的守护之力！”周锐惊讶地发现，自己的伤口正在快速愈合，体内涌起一股强大的能量，他抓起徽章，朝着暗影族将军冲去，蓝光所过之处，暗影族士兵的战甲纷纷破裂，“受死吧！”
徽章化作一道蓝色利剑，刺穿了暗影族将军的胸膛。将军发出一声凄厉的惨叫，身体化为灰烬，周围的暗影族士兵见状，四散奔逃。“我们赢了！”幸存的科考队员们欢呼起来，周锐立刻联系伊娃，“快启动矩阵，给‘星梭-1’提供能量支援！”
月球能量矩阵的功率瞬间提升，一道青色的能量束从基地射出，击中了“星梭-1”的护盾，护盾瞬间满血复活。“多谢月球基地支援！”江涛大喊，驾驶着飞船冲破暗影族的包围，朝着月球表面降落，“预计10分钟后抵达！”
就在“星梭-1”即将降落的同时，火星暗影族基地内，陈铭小队终于潜入了能量塔的底层。这里是超级武器的核心控制室，第五块星舰核心碎片就嵌在控制台中央，而本源之水则储存在旁边的水晶容器中。“终于找到了！”小李兴奋地伸手去拿碎片，却被陈铭一把拉住。
控制台的屏幕上，正显示着暗影族的终极计划：“超级武器充能完毕倒计时18小时，启动需要地月双矩阵共鸣，已启动‘地球污染计划’，暗影族渗透者已在地球各大能量矿脉部署污染源，待地月通道被切断，便引爆污染源，彻底摧毁地球的能量供应。”
陈铭的脸色瞬间惨白，他们不仅要阻止超级武器，还要通知地球摧毁污染源。就在这时，控制室的大门突然打开，暗影族的首领一名穿着金色战甲、红色眼睛泛着寒光的暗影王，缓缓走了进来：“人类，你们还是太慢了。”
月球表面，“星梭-1”成功降落，战斗人员快速卸载物资，能量晶体被紧急输送到矩阵节点，基地的防御立刻得到强化。周锐带着联盟徽章回到控制舱，将徽章嵌入矩阵核心，矩阵功率瞬间恢复至80%，净化频率再次启动，朝着火星传输而去。“地球！立刻排查所有能量矿脉，暗影族部署了污染源！”周锐对着通信器大喊。
地球联盟立刻启动全球排查，但时间紧迫，18小时内根本无法完成所有矿脉的排查。火星上，陈铭小队与暗影王展开激战，暗影王的力量远超之前的所有敌人，能量束随手一挥，就将控制室内的设备炸成废墟。“核心碎片！必须拿到碎片启动净化程序！”陈铭朝着第五块碎片冲去，暗影王的能量束击中了他的肩膀，航天服瞬间破损，鲜血直流。
地月物流通道的第一艘飞船成功抵达，但危机并未解除：地球的污染源排查陷入困境，随时可能爆发；火星上，陈铭小队被暗影王包围，能否拿到碎片和本源之水未知；远古舰队旗舰的双重打击倒计时仅剩18小时，超级武器一旦启动，地月火三颗星球都将化为焦土；而“星梭”系列的后续飞船还在研发中，地月物流通道尚未完全成型，后续支援能否及时抵达还是未知数。
周锐站在月球基地的废墟上，握着完整的联盟徽章，看着火星方向传来的微弱信号，心中清楚，这只是阶段性的胜利。“星梭-2”“星梭-3”正在地球紧急总装，地月物流通道的构建还在继续，但人类真正的考验，才刚刚开始。暗影王的出现，意味着暗影族的终极力量已经登场，而超级武器背后的地月双矩阵共鸣计划，更是将三个星球的命运紧紧捆绑在一起。
远处的宇宙中，远古舰队旗舰的红光再次亮起，这一次，红光分成两道，一道锁定火星，一道锁定地球。而月球基地的矩阵核心，在联盟徽章的激活下，也泛起了淡淡的红光暗影王竟然通过超级武器的控制程序，反向入侵了月球矩阵，地月双矩阵的共鸣，即将被强制启动。
“不好！矩阵被入侵了！”伊娃的大喊声在控制舱内响起，屏幕上的矩阵参数开始疯狂紊乱，“超级武器的充能速度加快了，还有12小时就会启动！”
人类文明刚刚搭建起的希望通道，瞬间又被推向了毁灭的边缘。“星梭”飞船能否快速构建起稳定的地月物流，支撑起跨星球的反击？陈铭小队能否在12小时内击败暗影王，阻止超级武器？地球的污染源能否被及时清除？月球矩阵的入侵能否被逆转？所有的悬念，都浓缩在这倒计时的12小时里，而暗影王的嘴角，正勾起一抹冰冷的笑意。