奥伦快速分析拾荒者文明的资料，调出了星骸文明的相关记录：“拾荒者文明擅长拆解和改造远古技术，他们的磁场干扰炮很可能是用星骸文明的废弃设备改造的。这种武器对能量线路的破坏是永久性的，我们需要携带星骸文明的‘能量线路修复模块’才能修复中继站。”林凡立刻让创生号的工匠团队赶制修复模块，同时与卡伦长老约定，在磁暴星域外围的“中继站三号”汇合。
六日后，寻迹号舰队抵达磁暴星域外围，远远就看到星空中激烈的战斗景象。五十艘造型怪异的拾荒者战舰围绕着中继站三号，不断发射磁场干扰炮，星航文明的十艘时空战舰组成防御圈，奋力抵抗。中继站三号的金属结构已出现多处破损，能量传输线路暴露在外，散发着微弱的火花。周围的星空中，无数带有磁场的黑色影子在盘旋，正是噬星族的磁变异体。
“磁变异体能吸收磁场能量，然后通过身体释放磁场脉冲，干扰战舰的电子设备！”卡伦长老的通讯传来，“我们的三艘战舰已失去动力，被困在磁暴区中央！”林凡立刻下令舰队发起攻击，寻迹号和创生号的主炮同时发射，金紫与七彩能量光束穿透拾荒者战舰的护盾，将三艘战舰瞬间摧毁。拾荒者舰队见状，立刻分出二十艘战舰，朝着寻迹号舰队驶来。
“艾拉，带领突击队修复中继站！”林凡操控寻迹号冲向拾荒者舰队，“源初之主，用创生能量屏蔽磁场干扰；我来牵制敌方舰队！”艾拉带领突击队驾驶穿梭器，趁着舰队战斗的间隙，快速抵达中继站三号。穿梭器释放出折纸机械臂，将修复模块安装在破损的能量线路上，模块激活后，散发着暗金色的光芒，受损的线路开始快速修复。
拾荒者舰队的首领看到突击队在修复中继站，立刻下令集中火力攻击穿梭器。二十艘战舰同时发射磁场干扰炮，干扰炮的能量束朝着穿梭器袭来。源初之主立刻释放创生能量场，形成一道七彩屏障，将干扰炮的能量束拦截。屏障接触到干扰能量后，竟将其转化为稳定的能量，为屏障补充动力。“创生能量能吸收磁场干扰能量！”源初之主惊喜地喊道。
林凡抓住机会，操控寻迹号冲进拾荒者舰队的阵型中，太极能主炮连续发射，每一发都能精准击中战舰的磁场干扰炮核心。拾荒者战舰的防御护盾对太极能没有丝毫抵抗力，舰体被逐一摧毁。拾荒者首领见状，驾驶旗舰朝着中继站三号冲去，试图撞毁中继站。“拦住它！”林凡调动宇宙核心的能量，将太极能注入舰首的撞角，寻迹号如同利剑般冲向拾荒者旗舰。
两舰相撞的瞬间，太极能撞角穿透了旗舰的舰体，旗舰的能量核心发生爆炸，产生的冲击波将周围的拾荒者战舰震退。林凡操控寻迹号快速撤离，避免被爆炸波及。拾荒者舰队失去旗舰后，瞬间陷入混乱，剩余的战舰开始四散逃窜。“不要追！先加固封印！”林凡下令，舰队立刻转向，朝着磁暴星域的主封印飞去。
此时，中继站三号已修复完成，跨星域能量网络恢复运行，主封印的能量读数开始回升。但封印阵周围已聚集了大量的磁变异体，它们的身体散发着强烈的磁场，封印阵的能量波动被严重干扰。“磁变异体的磁场能干扰封印能量的传输！”奥伦喊道，“需要先清除它们！”
海澜带领的生命星域舰队恰好此时抵达，星澜族的净化能量战舰立刻释放绿色的净化能量，形成一道能量网，将磁变异体笼罩。净化能量能中和磁变异体的磁场能量，变异体的身体开始逐渐瓦解，化作黑色的能量粒子被封印阵吸收。林凡和源初之主则联手将极寒主封印的蓝色晶体注入封印阵，封印阵爆发出强烈的金色光芒，与另外两大主封印形成完美共鸣。
磁暴星域的危机解除后，众人在中继站三号的控制室中汇合。卡伦长老调出拾荒者旗舰的黑匣子数据，发现了一段惊人的信息：“拾荒者文明是‘暗影文明’的附庸！暗影文明一直在收集远古文明的技术，试图掌控跨星域能量网络，唤醒所有噬星族，然后利用噬星族摧毁宇宙集群的文明！”
“暗影文明？”林凡皱起眉头，这个名字他从未在任何文明的资料中见过。源初之主的金色晶体微微发亮，陷入沉思：“源初文明的古籍中曾有一段禁忌记载，宇宙诞生之初，除了源初之核和时空之心，还诞生了‘暗影核心’，暗影文明就是由暗影核心孕育的文明，他们主张‘黑暗平衡’，认为只有毁灭才能带来新生。百万年前星骸文明与噬星族的战争，背后就有暗影文明的影子！”
这一发现让所有人都陷入了沉重的沉默。如果暗影文明真的在背后操控一切，那么他们唤醒噬星族只是第一步，后续可能还有更庞大的阴谋。奥伦继续分析黑匣子数据，发现了暗影文明的一个秘密基地坐标，位于宇宙集群最边缘的“暗影星域”——那里是一片被黑暗能量笼罩的区域，任何探测设备都无法穿透。
“暗影星域的中心，很可能就是暗影核心的所在地。”源初之主的声音带着凝重，“暗影核心能操控噬星族的意志，只要摧毁暗影核心，就能彻底解决噬星族的威胁。但暗影星域的黑暗能量能吞噬所有已知能量，我们的战舰根本无法进入。”
林凡拿出星骸文明的暗金色晶体，晶体与宇宙核心产生共鸣，浮现出一段新的资料：“星骸文明曾制造过‘光明核心’，能驱散黑暗能量，是暗影核心的克星。光明核心被封印在‘太阳星域’的主恒星内部，太阳星域的主封印也是三大主封印之一，只是之前的图谱中没有标注，应该是被星骸文明特意隐藏了。”
众人立刻决定前往太阳星域，寻找光明核心。太阳星域位于宇宙集群的中心区域，距离磁暴星域有五十万光年，舰队全速航行三日即可抵达。航行途中，各文明舰队陆续传来消息，三十七个封印中已有二十五个完成加固，剩余的十二个封印能量读数稳定，暂时没有苏醒的风险。
抵达太阳星域后，眼前的景象与极寒星域截然不同。太阳星域的主恒星是一颗巨大的黄色恒星，表面布满了强烈的太阳风暴，恒星周围环绕着八颗行星，行星表面覆盖着茂密的能量植被，显然是受到了主恒星能量的滋养。主封印位于主恒星的核心区域，一座由恒星能量构成的透明建筑悬浮在核心中，光明核心就在建筑的最深处。
“太阳星域的噬星族是‘炎变异体’，能吸收恒星能量，释放高温火焰。”奥伦的探测仪显示，恒星表面的太阳风暴中，有无数红色的影子在蠕动，“但奇怪的是，它们没有攻击我们，反而在守护封印建筑。”林凡仔细观察影像，发现炎变异体的身体周围环绕着淡淡的光明能量，与封印建筑的能量同源。
“是光明核心的影响。”源初之主感应后说道，“光明能量能净化噬星族的黑暗本质，这些炎变异体已经被光明能量驯化，成为了封印的守护者。”众人乘坐特制的耐热登陆舱，穿过太阳风暴，进入恒星核心的封印建筑。建筑内部充满了温暖的光明能量，通道两侧的墙壁上刻满了星骸文明与炎变异体共处的图案——原来百万年前星骸文明曾成功驯化过一部分噬星族，让它们成为封印的守护者。
光明核心位于建筑的最深处，是一颗篮球大小的金色晶体，散发着强烈的光明能量。当林凡靠近光明核心时，核心突然爆发出光芒，与宇宙核心产生共鸣，一段星骸文明守护者的影像浮现出来：“平衡的守护者，当你找到光明核心时，说明暗影文明已开始行动。光明核心与暗影核心同源，能感应到暗影核心的位置。要击败暗影文明，不仅需要光明核心的力量，还需要驯化的噬星族军队——炎变异体就是你们的第一道防线。”
影像消散后，光明核心自动融入宇宙核心，宇宙核心的表面浮现出金色的光明纹路，同时感应到了暗影核心的位置——暗影星域的中心。炎变异体纷纷围拢过来，朝着林凡低下头颅，显然是承认了他的领导地位。“我们有军队了！”艾拉兴奋地喊道，“炎变异体能吸收恒星能量，战斗力远超普通战舰！”
就在众人准备离开太阳星域时，平衡枢纽突然传来紧急信号，暗影文明的舰队已开始攻击剩余的十二个封印，其中六个封印已被摧毁，噬星族的各种变异体开始在宇宙中扩散，多个文明的母星遭到攻击，伤亡惨重。“暗影文明的舰队有一百艘战舰，搭载了‘暗影能量炮’，能直接吞噬能量护盾！”平衡枢纽的通讯官声音带着哭腔，“光翼文明的母星已被噬星族包围，请求支援！”
林凡立刻下令组建“光明舰队”，将驯化的炎变异体编入舰队，同时调动所有文明的舰队在太阳星域集结。三天后，一支由三百艘战舰和上万只炎变异体组成的庞大舰队正式成立，林凡担任舰队统帅，源初之主和卡伦长老担任副统帅。舰队朝着暗影星域驶去，沿途解救被噬星族攻击的文明星球，炎变异体在战斗中发挥了巨大的作用，它们能轻松吞噬噬星族的能量，将其转化为自身的战斗力。