飞船在石磊的指引下灵活闪避着风暴漩涡，突然，一道直径数百米的暗能量闪电劈来，护盾光芒瞬间黯淡。凯伦立刻催动海洋之心，蓝色能量注入护盾：“风暴领主发现我们了！他在操控风暴集中攻击！”艾拉看向舷窗外，只见风暴中浮现出一个巨大的黑影，正是手持风暴权杖的风暴领主，他的身影在闪电中若隐若现。
“莉娜，用魂引能量干扰他的意识！”林凡将创世与大地能量注入飞船主炮，炮口泛起金绿双色光芒。莉娜的魂引水晶射出幽蓝能量丝，穿透风暴屏障，直逼风暴领主的意识核心。风暴领主的动作出现短暂迟滞，林凡抓住机会下令开火，能量束精准命中黑影，风暴中传来一声愤怒的咆哮。
趁着风暴出现破绽，逐风者号全速冲向风暴眼。当飞船穿过最后一层风暴屏障时，眼前的景象让众人震撼：风暴眼中央是一片平静的空域，一座由云晶打造的圣殿悬浮在半空，圣殿顶端，天空之心散发着璀璨的蓝光，周围环绕着淡蓝色的能量流。但圣殿周围，无数暗界风暴兽正严阵以待，它们的身体由暗能量风暴凝聚而成，口中能喷射风暴弹。
“石磊，用大地能量加固飞船！凯伦，清理外围风暴兽！”林凡带领艾拉和莉娜乘坐小型登陆艇，朝着圣殿飞去。凯伦催动海洋之心，蓝色能量形成巨大的水幕，将风暴弹尽数挡下，同时发射能量束清理阻碍的风暴兽。登陆艇穿过兽群，稳稳落在圣殿入口前。
圣殿入口处，风暴领主已在此等候，他的风暴权杖顶端镶嵌着暗紫色的风暴晶，周身环绕着迷你风暴：“平衡者，你们踏足了不该进入的领域。天空之心会成为暗界风暴的源头，将整个宇宙卷入混沌！”他挥动权杖，无数风暴刃朝着众人射来。艾拉立刻展开光暗护盾，风暴刃撞在盾上激起层层涟漪。
“你的风暴能量源自天空之心，却被暗能量污染了！”林凡拔出光剑，三颗同源晶体的能量同时涌入剑身，“今天，我们要净化天空之心，终结你的暴政！”他纵身冲向风暴领主，光剑带着三色能量劈向权杖。风暴领主挥动权杖格挡，能量碰撞产生的冲击波将周围的云晶震碎，圣殿开始剧烈震颤。
莉娜趁机绕到圣殿顶端，试图靠近天空之心。但圣殿周围的能量流突然变得狂暴，将她弹开。石磊的声音从通讯器传来：“能量流被暗能量控制了！需要用大地之心的能量中和！”艾拉立刻将大地之心的能量传递给莉娜，莉娜的魂引能量与大地能量交织，形成一道绿色幽光，终于穿透能量流，触碰到了天空之心。
天空之心感受到同源能量，蓝光暴涨，开始挣脱暗能量的束缚。风暴领主察觉到异常，怒吼着想要返回圣殿，却被林凡死死缠住。“你的对手是我！”林凡将混沌之力注入光剑，剑刃劈开风暴屏障，直刺风暴领主的风暴晶。风暴领主惊慌失措，想要催动能量防御，却发现能量已被天空之心吸走大半。
光剑精准刺入风暴晶，暗紫色晶体瞬间破碎。风暴领主的身体在风暴中逐渐消散，只留下一句不甘的怒吼：“暗界不会就此灭亡！”随着他的消散，圣殿周围的暗界风暴兽也纷纷化为能量，融入天空之心。莉娜将三颗晶体的能量注入天空之心，蓝色光芒彻底爆发，一道巨大的光柱从圣殿射出，穿透风暴，直抵云絮星大气层。
光柱所过之处，暗能量风暴开始消散，云絮星的云层恢复成纯净的白色，天空之心悬浮在圣殿顶端，与另外三颗晶体产生强烈共鸣。当四颗晶体的能量交织在一起时，宇宙星图在半空中浮现，星图上所有暗能量残留点都发出红光，而星图中央，一个巨大的暗界漩涡正在形成，正是暗界的最终据点——暗渊。
众人返回联合舰队，四颗晶体悬浮在舰桥中央，投射出诺亚的影像：“恭喜你们集齐四颗同源晶体。暗渊是暗界的本源所在，暗界残余势力正在那里凝聚力量，试图重启暗之纪元。只有将四颗晶体的能量融合，才能彻底摧毁暗渊，终结暗界威胁。”
影像消散后，舰队的探测器传来警报：“检测到暗渊方向出现大规模能量波动，暗界舰队正在集结，数量超过千艘！”屏幕上显示，无数暗舰从暗渊中驶出，组成庞大的舰队，朝着联合舰队的方向驶来。
林凡握紧手中的晶体，眼中闪烁着坚定的光芒。绿晶族、蓝泽星、石心族的舰队纷纷调整阵型，与创世号并肩而立。凯伦走到林凡身旁，举起海洋之心：“同源晶体的持有者并肩作战，没有我们战胜不了的敌人！”
林凡点点头，下令道：“所有舰队组成锥形阵型，创世号为先锋，目标暗渊！这是最后的决战，我们要为宇宙的和平，彻底终结暗界威胁！”联合舰队的灯光在宇宙中连成一片，朝着暗渊的方向驶去。远处，暗界舰队的灯光如同黑暗中的萤火，一场决定宇宙命运的终极决战，即将拉开帷幕。