然而，沙俄的侵略本性早已根深蒂固，难以更改，他们根本毫无信用可言 。清军刚刚撤离不久，托尔布津贼心不死，又开始蠢蠢欲动。他再次集结兵力，四处搜罗残兵败将，于当年 8 月再度厚颜无耻地窜犯雅克萨 。他们来到雅克萨的废墟之上，驱使着抓来的当地百姓，日夜不停地重建新城堡和更为坚固的防御工事。建成之后，他们又四处侵扰周围地区，烧杀抢掠，无恶不作，对当地百姓的生命财产安全造成了极大的威胁 。百姓们纷纷逃离家园，四处躲避战乱，生活苦不堪言。边警迅速传到北京，康熙皇帝得知后，龙颜大怒，拍案而起，立即命令黑龙江将军萨布素再次率兵征讨，一定要彻底击退沙俄侵略者，还边境百姓一个安宁的生活环境。
1686 年 7 月 18 日，阳光炙烤着大地，空气中弥漫着紧张的气息。黑龙江将军萨布素亲率清军 2 千余人，步伐坚定而迅速地逼近雅克萨。这支清军队伍，装备齐整，士气高昂，每一个士兵都眼神坚毅，怀揣着守护国土的决心。萨布素深知此次任务的艰巨，但他毫不畏惧，他致信托尔布津，信中的言辞极为诚恳，既回顾了双方之前达成的诺言，又晓之以理，动之以情，真切地要求俄人能够遵守约定，主动撤军，以和平的方式解决争端。
然而，托尔布津却再次背信弃义，完全无视清军的合理要求。他自恃城内有坚固的工事和相对精良的火器，妄图凭借这些负隅顽抗，继续侵占着这片不属于他们的土地。面对俄军的无理拒绝，萨布素果断下令，清军于是在城外有条不紊地安设炮位。一门门大炮排列整齐，黑洞洞的炮口对准城内，仿佛在向俄军宣告着清军的决心。
随后的连续数日，清军向城内展开了猛烈轰击。一声声巨响震耳欲聋，炮弹如雨点般落入城内，一时间火光冲天，硝烟弥漫。城内的俄军被这强大的攻势打得有些措手不及，但他们仍凭借着工事顽强抵抗。战斗进行到第 5 日，战场上的形势发生了关键转折。清军的一发炮弹像是被赋予了精准的使命，呼啸着飞向城内塔楼，伴随着一声剧烈的爆炸，炮弹精准地击中了目标。而此时正在楼上督战的托尔布津，根本来不及做出任何反应，当场毙命。
俄军瞬间失去了指挥官，整个阵营顿时陷入了一片混乱之中。士兵们你看看我，我看看你，不知所措，有的甚至开始慌乱地逃窜。但他们中的部分人，依旧凭借着坚固的工事和手中精良的火器，做着最后的垂死挣扎，妄图继续坚守下去，不愿意轻易放弃他们非法占据的雅克萨。
萨布素身为清军的重要将领，在面对雅克萨城的战事时，内心极为审慎。他深知清军在攻坚武器方面存在着显着的短板，诸如威力强大的火炮数量有限，且精准度欠佳，难以在短时间内凭借强攻一举拿下雅克萨城。于是，他召集麾下得力谋士与将领，围坐营帐，反复商讨、权衡利弊，经过一番深思熟虑，最终毅然决然地做出决策：停止强攻。他下令在城外挖掘长长的堑壕，士兵们分工明确，一部分人负责挖掘，一部分人负责搬运土石，齐心协力筑起坚固的土垒，意图对俄军展开长期围困，使其陷入孤立无援之境。
与此同时，清军还精心挑选了一批熟悉水战、作战经验丰富的士兵，配备先进的战舰，在周边河流上日夜巡守。这些战舰在波光粼粼的河面上穿梭往来，时刻警惕着任何可能出现的敌军动向，犹如一道坚不可摧的水上防线，成功切断了俄军的外援和补给线。
在清军的严密围困之下，雅克萨城内的俄军日子愈发艰难。随着时间的推移，他们的弹药储备逐渐见底，粮食供应也难以为继，每一次开火都得精打细算，每一口食物都显得弥足珍贵。更为糟糕的是，由于长期被困，城内卫生条件急剧恶化，疾病开始大规模流行。坏血病如恶魔一般在城中肆虐，许多俄军士兵不幸中招，身体变得极度虚弱，牙龈出血、皮肤瘀斑，根本无力拿起武器战斗，俄军的战斗力急剧下降。
到了 1686 年底，城内俄军的人数已由最初的 826 人锐减到 150 人，曾经热闹的营房变得冷冷清清，伤病员的呻吟声此起彼伏。而当第二年春天来临，本应是万物复苏、生机盎然的时节，雅克萨城内却依旧笼罩在死亡的阴影之下，城中幸存者更是只剩 66 人，雅克萨这座危城已然摇摇欲坠，旦夕可下，清军取得胜利似乎只是时间问题。
就在清军一路势如破竹，即将取得全面胜利的时候，西北方向的准噶尔部却毫无征兆地突然发生了叛乱 。准噶尔部首领噶尔丹此人野心勃勃，自恃武力不凡，妄图称霸整个蒙古高原，建立起自己的庞大帝国。他目光短浅，为达目的不择手段，竟与远在北方的沙俄暗中勾结，狼狈为奸，二者秘密商议，妄图共同对抗清朝，瓜分大清的疆土。在这种万分危急的情况下，清朝面临着极为艰难的两线作战困境 。一方面是已经取得一定优势的雅克萨之战，若继续推进，有望彻底解决沙俄侵扰的问题；另一方面是西北准噶尔部的叛乱，若不及时处理，将会让西北局势陷入混乱，威胁国家根基。为了避免陷入腹背受敌的危险境地，康熙皇帝召集朝中重臣，经过多日反复权衡利弊，深思熟虑之后，最终决定暂时停止对雅克萨的进攻，转而派遣使者与沙俄进行谈判 。
1686 年 11 月，在当时的交通条件极为不便的情况下，俄国信使魏牛高和法俄罗瓦历经长途跋涉，穿越了茫茫山川与广袤荒原，终于抵达北京。他们此次前来，是向清政府通报沙皇政府的一项重要决定，即沙皇政府决定接受中国方面此前提出的倡议，派遣使团进行划界谈判，同时急切地请求清政府解除对雅克萨的围困。康熙皇帝，这位深谋远虑且胸怀天下的君主，经过深思熟虑后，接受了俄国的请求。随后，康熙皇帝立即派遣御前侍卫马武等，马武作为皇帝身边的亲信侍卫，能力出众且忠诚可靠，他与俄使一同快马加鞭、日夜兼程，驰赴雅克萨前线。抵达后，马武郑重地宣布停止攻城，命令清军原地待命，等待双方谈判划界。1687 年 5 月，围城清军依照命令有序后撤 20 里 。到了 8 月，中国军队更是全部井然有序地撤离雅克萨，至此，这场持续了一段时间的战事终于画上句号。
1689 年，中俄双方正式开始在尼布楚举行边界谈判。清政府对于此次关乎国家领土主权的重要谈判极为重视，精心任命领侍卫内大臣索额图、国舅佟国纲为谈判代表。索额图长期在朝廷任职，熟悉政务与外交事务，佟国纲同样出身显赫且有着丰富的政治经验，他们二人肩负着国家的重任，带着全体国人的期望，毅然踏上前往中俄边界与俄方进行谈判的征程。临行前，索额图怀着对国家领土完整的坚定信念，言辞坚定地向康熙皇帝请示谈判的立场。他激昂地表示，尼布楚、雅克萨自古以来就是中国的固有领土，这是不容置疑的事实，此次谈判，自己一定会竭尽全力、想尽一切办法争取中俄以尼布楚为边界，务必使尼布楚以内的地区都划为中国领地。康熙皇帝则从大局出发，认为谈判之初仍要理直气壮地坚持以尼布楚为边界，但同时也考虑到谈判过程中可能出现的各种状况，指出要是俄国使者百般恳求要尼布楚为他们的领地，在不损害国家核心利益的前提下也可以适当通融，就以额尔古纳河为界 。
7 月，炽热的阳光无情地炙烤着大地，而中俄双方在这炎炎夏日中，于特定的谈判场所开启了一场漫长且艰难的谈判之旅。起初，贪婪的沙俄毫无顾忌地提出以黑龙江至海为边界的无理要求，其狼子野心昭然若揭，妄图将在之前战争中未能成功侵吞的黑龙江以北那大片广袤富饶的领土据为己有 。面对沙俄的无理行径，索额图挺身而出，他思维敏捷，条理清晰地站在历史和正义的角度，慷慨激昂地申明黑龙江一带从远古时期便隶属中国领土，其历史脉络清晰可寻，不容置疑。不仅如此，他还详细地罗列了沙俄多年来入侵挑衅的种种恶行，一桩桩、一件件，证据确凿，用坚定无比的态度和强有力的证据，如同一把把利刃，狠狠地驳斥了沙俄的无理请求 。在索额图这毫不退缩的强硬态度之下，沙俄方面感受到了巨大的压力，不得不作出了一些让步，提出将边界划到牛满江或精奇里江 。然而，索额图秉持着维护国家领土完整的坚定信念，依旧坚持以尼布楚为界，双方各执一词，互不相让，谈判就此陷入了僵持不下的艰难局面 。
其后，经过多轮激烈的交锋与博弈，沙俄终于同意将雅克萨划为中国领土 。索额图根据康熙皇帝事先的明确指示，在坚守底线的基础上作出了一定的让步，郑重地提出中俄以格尔必齐河和额尔古纳河为界 。在接下来的半个多月里，双方你来我往，不断地讨价还价，每一个条款、每一处细节都经过了反复的斟酌与讨论。终于，在康熙二十八年七月二十四日（1689 年 9 月 7 日），中俄双方在这份凝聚着无数心血与智慧的条约上郑重签字，缔结了《尼布楚条约》 。
《尼布楚条约》明确规定：以格尔必齐河、额尔古纳河以及外兴安岭作为中俄东段边界，其中乌第河地区被划定为待议地区。该条约严格约束两国，严禁任何一方越界入侵，也不得收纳对方的逃人。同时，两国人民只要持有合法护照，便可以自由过界往来，开展通商贸易活动。《尼布楚条约》的成功签订，以清晰的条款明确了中俄两国的东段边界，从法律层面强有力地肯定了黑龙江和乌苏里江流域，其中包括库页岛在内的广袤无垠的广大地区，无一例外都是中国神圣不可侵犯的领土。此条约犹如一道坚固的防线，有效遏制了沙俄不断膨胀的侵略野心，使得中国东北边境在随后长达一个多世纪的漫长时间里，始终保持着相对的和平与稳定状态，让当地百姓得以安居乐业，边境地区的经济和文化交流也能够有序开展。
在这次意义重大的谈判过程中，索额图充分展现出了令人瞩目的卓越外交才能和坚定不移的爱国精神。他自始至终将维护国家的利益和尊严视为最高使命，在谈判桌上据理力争，与狡猾难缠的沙俄代表展开了一场艰苦卓绝的谈判。每一个条款的讨论，每一次利益的博弈，索额图都全力以赴，以深厚的学识和出色的口才为国家争取最大权益。尽管在领土主张的某些细节上，他与康熙皇帝存在一些意见分歧，但出于对国家大局的深刻理解和忠诚，他最终还是毫无怨言地服从了康熙的决策，并且全身心地投入到全力支持并履行《尼布楚条约》的工作中。索额图的不懈努力和巨大付出，犹如一座不朽的丰碑，为中国的领土完整和边境安宁立下了汗马功劳，他的卓越功绩也必将永载史册，成为后世敬仰和学习的典范 。