返回灵木岛后，林越第一时间在核心控制室展开灵木岛首次进化的详细推演。系统界面清晰呈现进化所需核心资源：至少3枚不同属性的中级灵核（冰、雷、土优先）、50单位中级能量晶体，以及100单位高阶灵木。当前已掌握的远古冰系灵核可覆盖一项灵核需求，雷电灵核需从羽族活动区域获取，土系灵核则指向近海层的岩山资源岛，中级能量晶体主要分布在墨礁岛、赤砂岛等中级资源岛，高阶灵木可依托灵木岛“灵木共生”天赋加速培育。结合推演结果，林越迅速制定筹备计划，将团队分为三大行动组，同步推进资源收集。
第一组由雷灵带队，主攻雷电灵核获取。目标锁定近海层羽族频繁活动的风鸣岛周边附属岛屿——雷泽岛。雷泽岛因常年被雷电环绕得名，岛上栖息着大量雷系变异生物，其中雷翼狮的核心正是所需的中级雷电灵核。雷灵带领5名擅长远程输出的灵木战师，携带雷电灵能探测器与灵能干扰装置出发。抵达雷泽岛外围时，雷灵激活雷电灵能探测器，很快锁定了一处雷翼狮巢穴。巢穴位于岛屿中央的雷暴山谷，谷内雷电交织，形成天然屏障。雷灵利用自身雷系异能与环境共鸣，牵引部分雷电能量形成通道，带领小队悄然潜入。巢穴内，三头成年雷翼狮正守护着幼崽，体表萦绕着淡紫色的雷电灵能。雷灵示意队员布下灵能干扰阵，待阵法启动，雷翼狮的雷电异能被大幅压制。她率先出手，雷电灵能汇聚成矛，精准刺向一头雷翼狮的弱点，灵木战师同步发射风雷藤蔓束缚其余两头。经过半个时辰激战，小队成功击杀三头雷翼狮，获取3枚中级雷电灵核，远超预期目标。
第二组由石坚与铁盾协同，负责土系灵核与部分中级能量晶体的收集，目标直指岩山资源岛。岩山资源岛由岩族分支守护，岛上遍布坚硬的岩石矿脉，中级能量晶体嵌于矿脉深处，土系灵核则来自守护矿脉的岩甲兽。石坚带领工程小队携带矿石精炼设备，铁盾率领10名灵木战师负责防御与清剿。登岛后，铁盾先指挥灵木战师在矿脉外围构建临时防御工事，防止岩族突袭。石坚的工程小队则启动矿石探测器，锁定能量晶体富集区域，同步标记出岩甲兽活动轨迹。岩甲兽体型庞大，体表覆盖厚重的岩石铠甲，擅长土系范围攻击。铁盾采用“诱敌分割”战术，让灵木战师用风雷藤蔓引出单独活动的岩甲兽，再集中火力攻击其腹部薄弱部位。石坚则在战斗间隙指挥队员开采矿脉，将嵌有中级能量晶体的矿石整体剥离。经过一天一夜的奋战，小队成功击杀6头岩甲兽，获取4枚中级土系灵核，开采出32单位中级能量晶体，顺带收集了大量可用于强化装备的岩钢矿石。
第三组由林越亲自带队，兼顾中级能量晶体补充与高阶灵木培育。林越带领风驰及8名灵木战师，前往墨礁岛收集中级能量晶体，同时安排留守灵木岛的工匠小队启动高阶灵木培育计划。墨礁岛是近海层知名的能量晶体产出地，岛上虽无强大守护生物，但布满暗礁与潮汐陷阱，且有少量鳞族巡逻队活动。风驰凭借舰队的隐形航行技能，将小队悄悄送达墨礁岛北岸。林越激活灵木感知，精准规避潮汐陷阱，带领小队直奔岛中央的能量晶矿洞。矿洞内，中级能量晶体在岩壁上散发着淡蓝色的光芒，几名鳞族矿工正在开采。林越示意风驰带领队员迂回包抄，自己则启动灵木藤蔓，瞬间束缚住两名鳞族矿工。其余鳞族见状四散逃窜，被风驰的队员逐一拦截。清理完矿洞后，林越让队员使用特制工具小心翼翼地开采能量晶体，避免破坏晶体结构。此次行动共收获28单位中级能量晶体，与石坚团队的收获汇总后，刚好满足50单位的进化需求。而留守灵木岛的工匠小队，借助灵木共生天赋，在灵木种植园施加灵能催生剂，让高阶灵木的生长周期从原本的15天缩短至7天，100单位高阶灵木的培育任务稳步推进。
筹备期间，各小队也遭遇了零星意外。雷灵小队在撤离雷泽岛时，遭遇羽族巡逻队的追击，凭借灵能干扰装置与雷系异能的配合，成功摆脱追击；石坚团队在岩山资源岛遭遇小规模岩族援军，铁盾指挥灵木战师依托防御工事顽强抵抗，最终将其击退；林越小队在墨礁岛周边海域，发现了鳞族输送物资的小型舰队，风驰果断出手截获了5单位中级能量晶体，算是意外之喜。七天后，所有行动小队顺利返回灵木岛，核心资源全部集齐，灵木岛首次进化的筹备工作正式完成。