将左右布政使及其下属的参政、参议等，明确划归巡抚直接管理和领导。
巡抚成为地方名副其实的最高行政长官，布政使司则转型为其领导下的首席行政执行机构，专司钱粮、赋税、户籍、田土等日常民政，从决策者转变为高效的执行者。
二、司法系统：独立与垂直管理
与此相对，按察使被独立出来，构建起一个相对垂直的司法体系。其被明确为地方最高司法审判机关，专管刑名诉讼。
明确审级：
县级诉讼，由按察佥事负责审理。
州级诉讼及更重要的案件，由按察副使负责审理。
按察使则作为一省司法的最高长官，负责监督与复核。
设定诉讼门槛与复核机制：
明确以一百两银子作为案件分级的标准。涉及钱粮、财产纠纷在一百两以内的，由县级（佥事）审理；超过一百两的，或涉及徒刑以上的刑事案件，则由州级（副使）审理。
同时引入“一案一复核” 的上诉制度。百姓若对县级（佥事）的判决不服，可上诉至州级（副使）请求复核；若对州级（副使）的判决不服，则可继续上诉至省级（按察使）进行最终复核。
对于刑事案件，朱由检同样确立了清晰的分级审理与复核制度：
分级审理标准：
命案致一人死亡，由案发地的按察佥事负责初审。
命案致二人及以上死亡，或案情复杂、影响恶劣者，由按察副使亲自审理。
特大命案（致十人及以上死亡）、涉及谋逆、或引发全境震动的重案，必须由按察使亲自坐堂，主持审讯。
复核与上诉机制：
与此配套的是贯穿始终的复核权。任何被指控的案犯，若对判决不服，皆有权在收到判决后规定期限内提请上一级复审。
这意味着，一个由县级佥事审理的案子，被告不服，可依次上诉至州级副使 -＞ 省级按察使 -＞ 中央刑部\/大理寺。
对于涉及重大律法解释或可能判处极刑的重案，最终复核权直达天听，由皇帝朱笔勾决，确保了皇权对司法终审的绝对掌控。
至于那些原本在府、州、县衙门中负责案件审理的推官，其职能亦被重新定义。在全新的司法体系下，他们不再直接审理诉讼，而是转任 “风俗纠察” 之职，专司监管地方道德风尚，尤其重点监察那些世家大族、豪绅富户子弟的言行举止，若有违礼败德、仗势欺人之举，皆可记录在案，呈报上官。
如此一来，按察使司系统的人手是否充足？不仅足够，甚至可谓充裕。原本分散于各级衙门的司法权责，如今被集中整合至按察使司这一垂直体系内，职责专一，权责分明。过去因权责交叉而产生的冗员，如今在清晰的层级分工下，反而显得各得其所，各司其职。
朱由检此番看似未动根本的职能调整，实则是在不触动祖制官位的前提下，完成了一次高效的 “职责再分配” 。他巧妙地将行政与司法分离，让专业的官员专注于其核心事务，同时为那些失去原有职能的官员找到了新的、符合儒家治国理念的定位——教化地方，整肃风俗。这套体系，在不声不响中，提升了治理效能，也维系了官场的稳定。
在完成地方行政与司法体系的重构后，朱由检将目光投向了另一个重要的监察群体——巡按御史。这个原本代天子巡狩、监察百官的临时性职位，随着时间推移，其权力不断膨胀，时常与地方行政系统产生职权冲突。
既然是临时官职，朱由检对此轻描淡写地说道，那不巡按地方，不就行了？