机构改革的浪潮如期而至。最高检反贪总局改组扩容，整合相关力量，组建了新的、更具权威性和独立性的国家反贪总局（虚构，符合情节需要），直接对中央负责，肩负起统筹领导全国反腐败犯罪侦查工作的重任。
在这场变革中，凭借“粮仓案”的卓越功勋（虽有风波但已澄清）、扎实的业务能力、以及在体改委积累的宏观视野，更得益于秦处长等人的大力举荐，祁同伟成功入选新成立的国家反贪总局，并被任命为侦查一处副处长（主持工作）。
侦查一处，负责承办中央交办的省部级及以上领导干部重大贪污贿赂等职务犯罪案件，是总局绝对的核心业务部门，也是压力最大、挑战最大的岗位之一。
祁同伟的任命，在系统内引起了不小的震动。如此年轻便执掌如此要害部门，可谓破格提拔，羡煞旁人，也引来了更多审视和嫉妒的目光。但他用实力和成绩一步步走来，大多数人虽感惊讶，却也勉强认可。
新的办公室，新的同事，更高的平台，更重的责任。祁同伟感受到了前所未有的压力，但也激发了他更强的斗志。
他很快投入到新的工作中。侦查一处的案子，每一个都牵涉到高级领导干部，案情复杂，背景深厚，侦查难度极大，每一步都需要如履薄冰，精准拿捏。
他接手的第一个案子，是某能源大省一名退下来的副省级领导涉嫌在煤矿审批、新能源项目补贴中巨额受贿案。案子线索模糊，举报人语焉不详，且时过境迁，取证困难。
祁同伟没有急于求成，他带领处里同事，采取了“由外及内、由商及官”的策略。先从外围那些获得审批和补贴的企业入手，仔细核查它们的股权结构、资金来源、项目真实性。通过海量的数据分析和资金追踪，他们发现这些企业的背后，隐约都指向几个特定的“白手套”公司和神秘的“顾问费”、“咨询费”流向。
过程同样是阻力重重。说情电话、模糊的警告、甚至对办案人员家属的间接骚扰时有发生。但站在国家反贪总局这个更高的平台上，祁同伟手中的武器和可调动的资源也更多，底气更足。他顶住压力，指挥若定，一步步收紧包围圈。
与此同时，他也没有忘记自身的“基础设施建设”。他利用副处长的职权（虽然只是主持工作，但权力不小），开始着手打造侦查一处的“信息中枢”和“数据分析平台”。他向上级打报告，申请经费，采购先进的数据分析软件和服务器，并从各地方院抽调了几名精通计算机和数据分析的年轻干部，组建了一个内部的技术支持小组。
这个举措在当时显得有些“超前”和“不务正业”，很多人不理解，破案子靠的是审讯和外调，搞这些电脑有什么用？但祁同伟力排众议，坚持推进。他深知，面对越来越隐蔽化、智能化的经济犯罪，传统侦查手段已力不从心，必须向科技要战斗力。
他甚至私下联系了孙鹏，让他以伟业公司的名义，投资入股了一家国内领先的大数据挖掘和分析创业公司，名义上是商业投资，实则也为未来的特殊情报分析需求埋下伏笔。
就在他全力推进办案和内部建设时，汉东那边传来了消息。
在陈岩石教授的暗中关注和陈阳进入省纪委后提供的某些间接信息支持下，汉东省纪委对梁家残余势力的清算取得了进展。梁副省长虽已调闲职，但其妻弟（原省交通厅厅长）因涉嫌在高速公路工程中受贿被正式立案调查。
这个消息，如同最后一声丧钟，宣告了梁家在汉东政治舞台上彻底失势。虽然梁璐本人凭借家庭余荫和婚姻（她匆忙嫁给了一个家世相当的纨绔子弟），或许还能维持表面风光，但已再也无法对祁同伟构成任何实质性的威胁。