明廷批准其请求，拨付户部银二千两及帑银二十万两作为募兵经费。
可惜后来因广西巡抚何士晋称征调困难，未能足额调兵，仅酌量拨发泗城、南丹等处将士。
且袁玉佩留用平乐、林翔凤留用山海关，均未能出关效力，此次募兵计划未能完全实现。
袁崇焕赴任后，最初驻守山海关。
当时后金攻陷广宁、义州等地后已东归，辽西一带被蒙古哈剌慎（喀喇沁）等部落占据。
天启二年六月，辽东经略王在晋命他移驻中前所。
彼时广宁前屯卫有大量流离失所的辽民亟待安置，王在晋又命袁崇焕前往处置。
他“夜行荆棘虎豹中，以四鼓入城”，其过人胆略令将士们深感佩服。
此后，袁崇焕计划领兵七千驻守前屯卫，却被王在晋视为轻率鲁莽之举而拒绝。
但王在晋仍十分器重他，称赞其“胆魄称雄，志力并矫，且其澡涤之襟期、光明之心事，迥迥逸群”，还感叹“今如崇焕者有几？”，并题补他为宁前兵备佥事。
在此期间，袁崇焕与王在晋围绕两大关键问题产生激烈争辩：
一是十三山难民救援问题，二是辽东防御战略问题。
王在晋主张“重关战略”，即将山海关作为核心防御支点，在山海关外八里铺另修边墙与关隘以加强防御；
袁崇焕则坚决反对这一战略，主张以关外的宁远为防御支点，同时力请救援十三山难民。
为抵制“重关战略”，袁崇焕于六月向内阁首辅叶向高上书反映情况，叶向高本打算亲自前往山海关查看，后阁臣孙承宗主动请求前往，遂由孙承宗巡视山海关。
孙承宗在十三山难民救援与辽东防御支点选择上均倾向袁崇焕的主张。
八月回朝后向明熹宗夸赞袁崇焕“英发贴实，绰有担当，自愿为大将”，并计划对其加以历练栽培。
明熹宗随即召还王在晋，委任孙承宗为督师主持辽事；
与此同时，山石兵备道阎鸣泰升任辽东巡抚，袁崇焕接任山石兵备道，兼管宁前兵备道事务。
天启二年九月，孙承宗抵达山海关任职，安排袁崇焕负责修建营房与安插辽民于关外诸城堡等事务。
袁崇焕任上“内拊军民，外饬边备，劳绩大着”，但也暴露了用法专断的问题。
同年冬，辽东巡抚阎鸣泰令他检阅新兵、核实虚伍情况。
袁崇焕在守备莫大功营中斩杀两名私雇顶替者，事后却未向上报告。
孙承宗得知后严厉质问，指出其“未杀不以请，既杀不以闻，其有无激变帖服不以告”，袁崇焕最终只能顿首谢罪。
天启三年二月二十七日，孙承宗率领文武官员出巡关外，十九日抵达宁远。
孙承宗虽认可宁远的战略重要性，却未明确表态将其作为防御支点；
接替阎鸣泰出任辽东巡抚的张凤翼主张守山海关，山海关总兵马世龙则主张守中后所。
恰逢茅元仪被孙承宗召至觉华岛负责防守，袁崇焕希望茅元仪能劝说孙承宗确定宁远为防御支点。