但他在奏请前未事先与刚上任的王之臣商议。
王之臣本就反对这一安排，二人由此产生不和，袁崇焕甚至一度请求辞职。
后来在明廷的调解下，袁崇焕上疏自责，同意让满桂镇守山海关，赵率教移镇宁远，此事才暂时平息。
但二人之间的分歧并未彻底消除。
此后，袁崇焕与王之臣在辽东治理与军事策略上的分歧愈发明显。
例如，袁崇焕主张贯彻“以辽人守辽土，以辽土养辽人”的构想，计划在关外大力推行军屯，却遭到王之臣的反对，明廷也未批准这一方案。
此外，努尔哈赤死后，袁崇焕欲在后金汗位更迭之际“趁机进剿”。
先利用自己便宜行事的权力，派遣李喇嘛前往沈阳，以吊祭努尔哈赤为名窥探后金虚实。
后金新汗皇太极趁机提出议和请求，袁崇焕有意答应，打算“因而间之”（趁机离间后金内部关系）。
王之臣却坚决反对派遣吊祭使者与后金议和，认为此举会令明朝的藩属蒙古与朝鲜心寒。
当时当权的大太监魏忠贤支持袁崇焕的主张，于是明朝与后金从十二月起开始议和交涉。
在此期间，袁崇焕先主持修建松山、杏山二城，后又修建锦州、大凌河、小凌河三城。
为获得更多支持，袁崇焕的立场逐渐向“阉党”倾斜，自十月下旬起，他几乎每次上疏都会称颂魏忠贤一番，甚至表示“臣今春宁远之战，则厂臣（魏忠贤）之所谋也”。
天启七年（1627年）二月，王之臣因与袁崇焕分歧过大，称病请求辞职，明廷批准其请求，并空缺督师之位，由辽东巡抚袁崇焕一人主持辽东事务。
袁崇焕上疏推辞，并提出“守为正着、战为奇着、款为旁着”的战略方针，明廷未同意其辞职请求，仍命他主持辽事。
就在此时，后金入侵朝鲜（即“丁卯之役”）的消息传来。
事实上，袁崇焕此前已从明朝潜伏在后金的内应刘兴祚那里得知这一消息，但并无证据表明他按照刘兴祚的建议提醒朝鲜做好防备。
等到后金入侵朝鲜的消息正式传开后，袁崇焕命令水营都司徐勇曾、张斌良、汪翥各率领二十艘战船、五百名兵士作为先锋，东援朝鲜，然而朝鲜方面在三月初便与后金达成和议，明军援兵未及发挥作用。
三月十一日，天启帝听从兵部尚书冯嘉会的建议，命袁崇焕趁后金“远掠巢虚之时，挑选关宁精锐，择智勇之将，轻骑入捣，大兵陈河，相机续济，以牵奴后而纾属国之急”。
袁崇焕随即派遣总兵赵率教及副总兵左辅、朱梅等率领九千人精锐前往三岔河一带执行“捣剿”任务，随后又派参将徐琏率领一千名水兵东援朝鲜。
但这些行动仅为虚张声势，并未对后金形成有效牵制。
四月，袁崇焕上疏为自己辩解，称后金“十万掠鲜、十万居守”，并非兵力空虚。
直接“捣剿”风险过大，只能在确保山海关与宁远安全的前提下，让赵率教等人伺机行动，这一说法未能消除朝廷内外的质疑。
与此同时，明朝与后金的议和交涉彻底破裂。
皇太极指责袁崇焕“诈称和好，乘间葺城”。
认为明朝借议和之名暗中修建锦州等城，实为备战，遂于五月亲率大军进攻新筑的锦州等城。
袁崇焕迅速调整部署，命赵率教及左辅、朱梅移驻锦州，加强防守。