病患如果在肠中，就割除肠子病变部分，洗净伤口和易感染部分，然后缝好腹部刀口，用药膏敷上，四五天后，病就好了，不再疼痛。开刀时，病人自己并不感到疼痛，一个月之内，伤口便愈合复原了。
他所使用的“麻沸散”是世界史最早的麻醉剂。华佗采用酒服“麻沸散”施行腹部手术，开创了全身麻醉手术的先例。这种全身麻醉手术，在华夏医学史上是空前的，在世界医学史上也是罕见的创举。
华佗在医疗体育方面也有着重要贡献，华佗创编了一种锻炼方法，叫做“五禽戏”，一叫虎戏，二叫鹿戏，三叫熊戏，四叫猿戏，五叫鸟戏，也可以用来防治疾病，同时可使腿脚轻便利索，用来当作“气功”。身体不舒服时，就起来做其中一戏，流汗浸湿衣服后，接着在上面搽上爽身粉，身体便觉得轻松便捷，腹中想吃东西了。”他的学生吴普施行这种方法锻炼，活到九十多岁时，听力和视力都很好，牙齿也完整牢固。五禽戏是一套使全身肌肉和关节都能得到舒展的医疗体操。华佗认为“人体欲得劳动，但不当使极耳，动摇则俗气得消，血脉流通，病不得生，譬如户枢，终不朽也”。五禽戏的动作是模仿虎的扑动前肢、鹿的伸转头颈、熊的伏倒站起、猿的脚尖纵跳、鸟的展翅飞翔等。相传华佗在许昌时，天天指导许多瘦弱的人在旷地上作这个体操。说：“大家可以经常运动，用以除疾，兼利蹄足，以当导引。体有不快，起作一禽之戏，怡而汗出，因以着粉，身体轻便而欲食”。
华佗是华夏历史上第一位创造手术外科的专家，也是世界上第一位发明麻醉剂“麻沸散”及发明用针灸医病的先驱者、创始人。“麻沸散”为外科医学的开拓和发展开创了新的研究领域。
华佗在当时已能做肿瘤摘除和胃肠缝合一类的外科手术。他的外科手术，得到历代的推崇。明代陈嘉谟的《本草蒙筌》引用《历代名医图赞》中的一诗作了概括：“魏有华佗，设立疮科，剔骨疗疾，神效良多”。可见，后世尊华佗为“外科鼻祖”是名副其实的。
华佗生活的时代，是在东汉末年。那时，军阀混乱，水旱成灾，疫病流行，人民处于水深火热之中。当时一位着名诗人王粲在其《七哀诗》里，写了这样两句：“出门无所见，白骨蔽平原”。目睹这种情况，华佗非常痛恨作恶多端的封建豪强，十分同情受压迫受剥削的劳动人民。为此，他不愿做官，宁愿扞着金箍铃，到处奔跑，为人民解脱疾苦。
华佗看病不受症状表象所惑，他用药精简，深谙身心交互为用。华佗并不滥用药物。华佗重视预防保健，“治人于未病”，观察自然生态，教人调息生命和谐。但对于病入膏肓的患者，则不加针药，坦然相告。
华佗不求名利，不慕富贵，使他得以集中精力于医药的研究上。《后汉书·华佗传》说他“兼通数经，晓养性之术”，尤其“精于方药”。人们称他为“神医”。他曾把自己丰富的医疗经验整理成一部医学着作，名曰《青囊书》，可惜没能流传下来。但不能说，他的医学经验因此就完全湮没了。因为他许多有作为的学生，如以针灸出名的樊阿，着有《吴普本草》的吴普，着有《本草经》的李当之，把他的经验部分地继承了下来。至于现存的华佗《中藏经》，那是宋人的作品，用他的名字出版的。但其中也可能包括一部分当时尚残存的华佗着作的内容。
华佗能批判地继承前人的学术成果，在总结前人经验的基础上，创立新的学说。中国的医学到了春秋时代已经有辉煌的成就，而扁鹊对于生理病理的阐发可谓集其大成。华佗的学问有可能从扁鹊的学说发展而来。同时，华佗对同时代的张仲景学说也有深入的研究。他读到张仲景着的《伤寒论》第十卷时，高兴地说：“此真活人书也”，可见张仲景学说对华佗的影响很大。华佗循着前人开辟的途径，脚踏实地开创新的天地。例如当时他就发现体外挤压心脏法和口对口人工呼吸法。最突出的，应数麻醉术—酒服麻沸散的发明和体育疗法“五禽之戏”的创造。
利用某些具有麻醉性能的药品作为麻醉剂，在华佗之前就有人使用。不过，他们或者用于战争，或者用于暗杀，或者用于执弄，真正用于动手术治病的却没有。华佗总结了这方面的经验，又观察了人醉酒时的沉睡状态，发明了酒服麻沸散的麻醉术，正式用于医学，从而大大提高了外科手术的技术和疗效，并扩大了手术治疗的范围。
《三国志》评曰：“华佗之医诊，杜夔之声乐，朱建平之相术，周宣之相梦，管辂之术筮，诚皆玄妙之殊巧，非常之绝技矣。昔史迁着扁鹊、仓公、日者之传，所以广异闻而表奇事也。故存录云尔。”
《后汉书》记载荀彧曾说：“佗方术实工，人命所悬，宜加全宥。”
华佗是华夏医学史上为数不多的杰出外科医生之一，他善用麻醉、针、灸等方法，并擅长开胸破腹的外科手术。外科手术的方法并非建立在“尊儒”的文化基础上的中医学的主流治法，在儒家的“身体发肤，受之父母”的主张之下，外科手术在中医学当中并没有大规模的发展起来。
中医外科远在汉代，就曾经达到过相当高的水平，但随着时间的推移和中医学在理论和实践方法上的不断进步，大部分的疾病都可以通过针灸、药物等治疗方法达到治愈的效果，而这些痛苦大、损伤重、伤经断络的外科方法就渐渐被更加“文明”和“简便”的内治法取代了。在这种条件下，中医学同样得到了长足的发展，许多其它医学不得不承认它超越的科学性和其理论的精妙深远。