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16世纪日本战国时期，伊贺地区形成三大上忍家族：百地家，首领百地丹波守在1581年第一次伊贺之乱中运用游击战术击败织田信雄部队，但在同年第二次伊贺之乱时遭遇织田信长大军围剿，最终全军覆没。
服部家，初代服部半藏保长原为室町幕府武士，后投效德川家康家族，其子正成凭借战功位列德川十六神将，开创服部半藏世袭称号。
藤林家，成员藤林保武编纂的《万川集海》系统整合忍术理论与实战技巧，成为江户时代最具影响力的忍者教科书。
成为上忍需满足三重标准：累积重大军功提升家族声望，具备战略决策与资源整合能力，掌握高阶忍术知识体系。
晋升资格仅向特定家族开放，普通忍者无论功绩多高都无法突破阶级限制。这种严格的世袭制度导致多数上忍家族在江户时代后期随着战争减少而逐渐衰落。
中忍是日本忍者阶级中的中层人员，负责实战指挥和战斗小队领导工作，忍术水平较高。日本战国时代是中忍活动的盛行时期，他们效力于各地大名，执行情报收集、刺杀等间谍任务，并负责战斗小队的现场指挥。德川幕府时期，中忍被纳入正式编制，其职能得到官方认可。中忍所属的流派以伊贺和甲贺为主，使用手里剑、苦无等特殊武器，并遵循阴忍和阳忍的忍术规范。
忍者阶级分为上忍、中忍和下忍，其中中忍在战国时代承担战斗指挥职责，服务于大名并执行隐蔽任务。德川幕府时期，中忍被纳入幕府正式编制。
中忍作为战斗小队现场指挥官，需具备高超忍术和敏捷行动能力，以避免任务中被捕。他们遵循忍术规范，主要从事间谍活动，具体分为阴忍和阳忍两类，负责实际对战的指挥工作。
中忍所属流派以伊贺、甲贺最为知名，使用手里剑、苦无、锁镰等特殊武器。深蓝或深紫色服饰便于中忍在夜间隐匿行踪。
下忍是日本江户时代正式使用称谓的忍者阶级，属于忍者组织中的底层执行者。其历史可追溯至飞鸟时代的“志能便”，奈良时代改称“斥候”，战国时期武田信玄将其命名为“乱波”，至江户时代正式采用“忍者”名称。该阶级主要负责执行前线作战任务，经典形象包括黑衣装束、暗器使用。
战国时代忍者多为雇佣兵，德川家康通过“伊贺穿越”事件收编伊贺忍者组成伊贺同心军团，由服部半藏统领。江户时代忍者逐渐转型为“同心”参与治安管理，并在佩里叩关事件中执行末代间谍任务。随着幕府战败，忍者职业逐渐消亡，最终融入普通民众生活。
下忍是日本忍者阶级中的底层等级，负责执行具体的战斗、侦察、暗杀等前线任务。历史上，下忍在奈良时代曾称“斥候”，指负责侦察敌情的士兵。
忍者的意思最初是指执行“秘密任务的人”，这个词最早在日本的江户时代就有了。忍术盛行在日本战国时代，当时争权夺利的诸侯及军阀迫切需要培养专业化的渗透部队执行间谍任务。德川幕府时代，忍者被纳入正式编制，进入最兴盛的年代。
江户幕府统一日本后，长期的和平使忍者逐渐失去了存在价值，加上幕府对忍者集团采取的消灭措施，忍者渐渐式微。随着17世纪中叶德川幕府的消亡，日本忍者失去了雇主，忍者也就难以作为职业存在了。
下忍是忍者等级制度中的底层阶级，通常与中忍、上忍共同构成三级结构。下忍主要负责执行具体的前线任务，如侦察、刺探、暗杀、扰乱及破坏等。
在装备上，下忍的标准服装为深蓝色或深红色的夜行服，常用武器包括手里剑、忍刀、飞镖等小型多功能武器。训练方面，下忍注重精神修炼，并需掌握轻功、夜视能力等特殊技能，以适应秘密行动的需求。
忍者通常在新月或阴天夜晚潜入敌方城楼与宅邸，如果总是全身黑色装束，轮廓反而会更显突出，因此，经常的基本装束颜色是深蓝。碰到月明星稀的夜晚，便换成灰色或是茶色装束。
至于内裤，当然是日本传统的兜裆布。只是，忍者的束法同一般人不同，长度也比较长。他们将兜裆布从脖子缠到胯下，最后绑在腰际。如此，可以随时从脖子后抽出兜裆布，当做绷带或绳子应急。上衣里头有许多口袋，放一些不能淋湿的火药、缝衣针、救急药包括安眠药、毒药等；腰带里头则放一些日用杂物。手套与绑腿，通常藏着一些暗器。
为了蒙混国境关卡守关人员的审问，忍者在旅途中，经常是农夫打扮。因此，有些忍者暗器，经常是改造自农具、日常必需用品、园丁道具等。这些武器，大多是自己发明铸造，只有自己深知其用法，因而在旁人眼里看来，跟一般日用品没什么分别。这也是很多忍者武器失传的主要原因之一。
忍者的武器很多都是来自日常的农具，而且用法和外形都非常古怪。根据历史描述，忍者经常使用尾部栓有铁链的镰刀，平时作战时可以握着镰刀柄近身作战，也可以利用铁链将镰刀甩出刺杀对手，并利用铁链收回。德川家康的卫队就是伊贺忍者。他们假扮园丁，使用大的修枝剪修剪枝条。一旦看见有人来，他们会立即监视，一旦发现对方有不轨企图，就将对方置于死地。
现代人从各种忍术秘本中，所得知的忍术武器有：撒菱、忍刀、吹矢、忍杖、手甲钩、水蜘蛛、弓箭、苦无、闻金、坪锥、问外等。
“撒菱”，又称十字钉，是逃走时撒在身后的一种菱形武器；凡是凹凸不平，能够刺伤双足的东西，例如天然石头、干燥果实、铁器等，都可以拿来代用。
“忍刀”，很钝，附有一条长约三米的绳子，翻越城墙时，可以当踏脚工具，再利用绳子收回；刀鞘，临危时可以当潜在水中的通气管。