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而早期这些诸侯军阀们所培养出的“专业化渗透部队”在初期事实上并非就有雇用到“忍者”，只不过算是任何政权都必然会设置的一种官方所属的情报作战单位。也就是说仅是单纯的“间谍”罢了。那后来产生所谓的“忍者”与“间谍”的差别在哪呢？我们都知道，“忍术”是从华夏经两国相互往来在文化上的交流而流传到日本的一种特殊修道术。“忍术”在日本逐渐演变成许多门派分布在日本各地自成独树一格的修道派流。
忍者，原本只是一种对于“忍术修炼者”的称呼，而某些自成派系的“忍术修炼者”本身就拥有众多门下弟子。这些“忍术修炼者”自己本身或门下弟子私底下就利用自己所习得的“忍术”培养了属于个人所拥有的“专属私人部队”，开始以企业化及军事化的经营理念方式管理，时而得受予金钱成为职业杀手雇佣兵，也时而受雇于政府单位部门执行敌后任务。
到后来因为政府单位以投资报酬率及投资风险的角度眼光去分析及评估，发现忍者的战略价值、任务效率以及忠诚度高于一般的间谍及杀手，所以“忍者”到后期就逐渐受到政府单位的重视，也因此开始有了属于政府官方的专属忍者部队。
“忍者”与“间谍”一样，都是属“特种作战层级”的组织。但忍者不一样的地方就是除了本质学能上要受一般的间谍基本训练外，其最为不同之处在于多了一项就是“忍术”的训练。忍者就是拥有忍术技法之特战层级的单位所培养出来的终极战士。任务形态更为复杂，更加不单纯，比一般间谍层次更高。这就是所谓的“忍者”。
成功的忍者要善于将自己和外界环境合二为一，动静结合地完成任务。所以他们讲究通过食、香、药、气、体这忍者五道来完成日常的修行和锻炼。
先说说食。忍者要经常轻巧地出没于树枝屋顶，因此据说一名合格的忍者体重不可超过60公斤。其一日三餐以黑米、燕麦、豆腐、魔芋等为主。与此同时，忍者又需要保持充沛的体力，因此芝麻、松子、红糖、鹌鹑蛋等富含蛋白质、铁和维生素的食品也经常使用。这一饮食结构与现代生活倡导的“低热量、高营养”不谋而合。
再说香。据说成功的忍者可以通过衣服上的味道判断对方的经济情况和社会地位。但同时为了不被对方摸清自己的底细，忍者经常要使用商人、修练者、和尚、游历僧侣等七种变身掩盖身份。丁香、檀香、桂皮等基础香料就是他们用来制造不同体味、增强变身真实性时用的。
至于药，也不简单。忍者在执行任务时，难免磕磕碰碰或被对方打伤，而其在执行长时间的潜伏任务时，如何避免蚊虫叮咬也是一个重要课题。因此合格的忍者必须同时是一名合格的医生和药物专家，善于运用山林中的各种植物和草药来治病驱虫。
所谓气，是说忍者在平常要注重修身养性，以便实战时可以集中精力，果断勇猛且处变不惊。
体，则是讲忍者注重锻炼肌肉和关节，同时配合着静坐、呼吸、按摩、针灸等恢复方法来锻炼自己。除以上五道外，如果你完全相信“传承馆”中展出的忍者遗物，那么你会发现，高明的忍者还是天文学家和化学家，他们可以通过观看星空预测天气，并能调制出各种火药。
“忍者九字箴言”是指“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”。这九字咒语是道士在山中驱逐妖魔时所念的咒语，忍者也用这“九字箴言”作为咒语来使用，忍者用这个，可能是因为他们生存在一个随时都会死的环境里，念这种咒语可以给自己一种自我催眠，以消除恐惧，增加精神力量的作用。
真正的忍术源自华夏。忍术，又名隐术当时华夏叫五行遁术，后来传到了日本。同空手道、柔道、少林寺拳法等武技一样。
五行遁术——金木水火土。
金遁术：就是用亮金属发出声音及光线来欺骗敌人逃跑的术。
木遁术：利用树木及草丛逃跑的一种忍术。木遁的来源是在练习时一般是在树木上练习，以前房子地势低矮，能上树者基本能潜入任何宅院。
水遁术：培养水性，利用管子做水下呼吸，用特制木头鞋子水蜘蛛过河等。
火遁术：利用化学方式做成烟雾弹，或一些放火的道具，以前并没有炸弹出现，所以火遁的火器停留在原始的烟火上。
土遁术：不是像电影里钻到地里逃跑的那种，其实是利用地上凹处及石垣、土壁等逃跑的术。以前大部分为土地，地质较软容易实行。学此术的人会根据土的性质来挖地道或地洞进行隐藏。
在汉朝后期由于战争不断，遁术就此而生，主要用于躲避兵马之乱。
忍术在日本战国时代盛行一时是因为其极强的实用性。忍术是古代日本忍者所掌握的整套完善的间谍情报技术体系，包括有：追踪、侦察、谍报、保镖、暗杀等多方面的内容。忍者技艺超人，擅长使用剑、钩等各种兵器与飞镖等暗器；他们能飞檐走壁，在沙地上飞跑不发出一点声响；在水中屏息可长达五分钟，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他们善于在水面和水底搏斗，甚至能潜到船底，偷听船上人的对话……这种种的超人技能是通过非人的磨练才能习得的。
忍术的训练要求必须从小开始，凡忍者家族成员，不拘男女老幼，均须无条件的继承这一家庭职业传统忍术训练，就忍术训练内容来看，其基本训练主要包括平衡、灵敏、力量、持久以及特殊技巧五个方面。
平衡训练：首先从走竹竿开始，至能立于滚圆竹竿上而不滑倒；将竹竿升离地面三尺左右，继续走竹竿，练到行动自如；继续增高竹竿高度，直至三四十尺高度为止，至此身不畏高，翻腾跳扎，如履平地。