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安德森机器人概述：安德森机器人以太平洋西北地区为根据地，在2007年捕获SCP-1360时它首次引起了基金会的注意。安德森机器人由Vi Anderson领导，专营销售异常仿生人、机器人、人工智能和神经电子技术，并很快在异常技术领域获得了相当关注。组织的小型性、优秀的间谍能力和惊人的丰厚资源使得对安德森员工的抓捕变得非常困难，当前基金会仅掌握少数安德森的产品。
阿卡迪亚概述：在至高之高与最低之低之间，阿卡迪亚靠着毒品驱动一度横扫电子游戏产业。他们的超自然依恋会使自家顾客被剥削且遭天谴。在1983年的电子游戏崩溃后，阿卡迪亚走入了终末衰退中，至今未能恢复过来。
而今虽已不复当初的强盛，但阿卡迪亚的前成员依旧生活在普罗大众之中。帝国的残余可能在全美各地的廉价商铺和旧物销售中出现。他们还是在那，把可卡因五芒星抽到了今天。
Are We Cool Yet概述：Are We Cool Yet?的成员是一群异常艺术家（或称异术家），他们有能力获得或生产异常物品和实体，并用这些物品创造艺术装置。这些装置会被放置在最大程度面向公众的地方，对旁观者具有生命威胁，而短语“Are We Cool Yet?”则经常会以某种方式出现。
黑皇后概述：对于这名被称作黑皇后的关注人士并无太多确定情报。她自称“Alison Chao”，这是研究员██████ Gears博士在被招入基金会前与██████ ███ Chao所生之女的名字。
黑皇后对基金会的结构、活动和所收容异常都具有不寻常的了解。该知识的来由目前尚未明确，但显示有部分是通过异常手段获得的（包括来自多元宇宙信息源的可能性）。除已解密的异常手段之外，她还曾多次使用该信息成功地突破基金会安保。
关于黑皇后的活动与动机存在着内容相互矛盾的报告（可能是由于存在多个个体或是蓄意的反间谍活动）。最初的报告将她描述为恶毒、嗜杀、具有破坏倾向。其它报告则描述她中立或仁慈。所有的情报都表明她对基金会具有敌意。
许多报告显示黑皇后与大部分基金会已知的相关组织，还有一些世界性政府组织都有所牵连。未证实的来源声称她其实就是蛇之手的L.S.，这个L.S.代表“Little Sister”。这不寻常的亲密关系或许是由于黑皇后对被放逐者之图书馆的利用。
情报表明存在多个同样自称“黑皇后”的其他个体。这些个体的性质与起源不明。
芝加哥鬼灵概述：在20世纪早期，芝加哥鬼灵曾是西半球规模最大的异常犯罪组织。该组织总部位于伊利诺斯州芝加哥，而其势力扩大到了美国大部分主要城市，尤其是纽约、波士顿、新奥尔良以及超维度城邦三波特兰。鬼灵以招募具有异常能力的个体，以及创造异常人造物并利用于犯罪活动中而闻名。
鬼灵于1895年由芝加哥居民，同时也是酒吧老板的Richard D. Chappell所创立，他本人即为一个异常个体。尽管努力多年，基金会一直未能成功压制Chappell的崛起，部分原因为当时持续的内部危机导致资源受限。1919年1月，基金会正式中止所有敌对芝加哥鬼灵的行为以确保共同合作来防止SCP-2680的蔓延。在允许不受阻碍地运营后，鬼灵便蓬勃发展成全国性的辛迪加，最终成为一支在禁酒时期非法分销酒类的推动力量。
多亏了非法贩酒的成功，芝加哥鬼灵在整个1920年代持续积累北美市场与政治上的力量，基金会最终被迫终止与它的休战协定以防止科学常态的完全崩溃。1933年7月11日，Richard Chappell终于在一次突袭鬼灵基地的行动中被基金会特工逮捕。在没有领导者的情况下，该集团逐渐失稳，其大多数成员和资产都被其它组织获得。截至1938年，基金会正式认为芝加哥鬼灵不复存在。
然而，其后几十年持续有着鬼灵仍然幸存的传言。已发现多个人造物暗示该集团参与其中，不过尚未证明其中具有毋庸置疑的联系。此外，最近有证据显示出现了自称“芝加哥幽灵”的新辛迪加，它似乎主要在地下异常社区中活动。正在调查该集团以及它与原先鬼灵之间的关系（若有）。
第二海托世教会概述：第二海托世教会是一个由人类和外星实体组成的超自然组织，他们信奉地外奥托世（Ortothan）宗教，旨在帮助一个宇宙守护神（“Rakou-lean”）对抗宇宙外的威胁（被称为“Voruteut”）。该宗教的核心信仰是：当前的宇宙，即“第二海托世”，继承自一个不同的宇宙，后者曾经存在，直到其被一超宇宙实体吞噬。一群幸存者逃到新创造的第二海托世，即我们所在的现实，其中七位选择荣升为神以确保宇宙的安全。随着时间的推移，这些神中有六位已经死亡，唯有Rakou-lean是最后的幸存者。
教会采取的行动都会在帷幕之下进行，目的可能是为避免常态组织的严格审查。这个组织的主要语言是奥托世地外语言（OEL），尽管奥托世教派之间距离遥远，但这种语言仍异常性保持不变——组织成员把这归因于神的干预。虽然现代分支只在上个世纪才发展起来，但人类的奥托世信仰体系已知存在于公元前年左右，对应着古代奥托世王国文明的形成。与教会分离的奥托世组织确实存在，但相比之下规模都要小得多，且往往具有不同的道德信仰。