在自然公园捕虫大会收获颇丰后，建一意识到自己携带的精灵数量已经超过了六只。作为一名负责任的训练家，他需要做出选择，确保每一只宝可梦都能得到充分的照顾和训练。他来到了附近城市的神奇宝贝中心。
在请乔伊小姐为所有精灵进行例行检查和恢复后，建一拨通了大木研究所的电话。然而，屏幕上出现的却不是大木博士，而是他的助手小建。
“哦，是建一啊！”小建热情地打招呼，“博士他不在研究所，好像是受到了什么紧急的邀请，急匆匆地出门了，只说要去一个遗迹，具体哪里也没细说。”
“这样啊……”建一有些遗憾，他原本还想和博士聊聊乘龙和溜溜糖球的情况。他思来想去，还是将迷你龙送回去，出来了这么久可以休息一下。“小建，那就麻烦你，我把迷你龙传送回去。”
“没问题，交给我吧！”小建爽快地答应。传送完成后，建一手上正好是六只精灵：大奶罐、鬼斯、伊布、乘龙、溜溜糖球和绿毛虫。
离开通讯室时，建一顺口向乔伊小姐打听附近有没有什么值得一去的地方。乔伊小姐微笑着说：“说起来，城市东边的阿露福遗迹很快就要作为遗迹公园正式对外开放了呢。那里可是非常有名的化石发现地，出土过很多古代神奇宝贝的化石哦。”
“化石？”建一的好奇心立刻被勾了起来，“谢谢您，乔伊小姐！”
被好奇心驱使，建一立刻动身前往阿露福遗迹。到达目的地时，他发现这里虽然还在进行最后的整理工作，但已经允许游客在外部区域参观了。
遗迹现场散布着一些挖掘坑和裸露的岩层，不少地方还立着说明牌。建一漫步其中，感受着历史的厚重感。在一个较大的展坑前，他停了下来，里面嵌着一块巨大的化石，能清晰地看到尾椎骨的结构，末端异常尖锐。
“有神奇宝贝的尾巴是那样的吗？”建一盯着那块化石，像是自言自语般嘀咕道。
“那是化石翼龙的化石。”一个沉稳而熟悉的中年男性声音在他身后响起，解答了他的疑惑，“只有它的尾巴是像那样子尖尖的，如同锐利的矛头。”
建一猛地回头，惊喜地叫道：“博士！你怎么在这里？”他万万没想到会在这里遇到大木博士。
大木博士笑着捋了捋胡子：“哈哈，建一，没想到你也到这来了。是我的一个学生在这里工作，他声称有‘惊人的发现’，无论如何都要我抽空过来一趟，神神秘秘的。”
“惊人的发现？是新的化石吗？”建一好奇地问。
“还不清楚，他还没跟我细说。正好，既然遇到了，就跟我一起去见见他吧，他就在里面的临时研究所。”博士发出邀请。
建一欣然同意，能进入不对外开放的研究区域，这机会太难得了。
走进临时搭建的研究所，里面摆放着各种仪器和化石样本。一个穿着研究员白大褂、戴着眼镜、看起来三十岁左右的男子正背对着他们，仔细地观察着一块头骨化石。
“佐竹同学，好久不见了。”大木博士笑着打招呼。
那名男子闻声转过身，看到大木博士，脸上立刻露出尊敬和喜悦的笑容：“博士！您终于来了！”他又看到博士身边的建一，投去询问的目光。
“介绍一下，”博士拍拍建一的肩膀，“这位是建一，也是我的得力研究助手，正在挑战成都联盟，经验很丰富。建一，这位是在彩虹大学选修过我课程的佐竹同学，现在已经是阿露福遗迹研究项目的负责人之一了。”
建一立刻想起来了，他在准备毕业论文时查阅过相关文献，立刻恭敬地说：“您是佐竹教授？我拜读过您关于神奇宝贝古代史的论文，真是幸会！”
“你太客气了。”佐竹被夸得有些不好意思，推了推眼镜，“没想到博士的助手都这么年轻有为。”
寒暄过后，佐竹的表情变得严肃起来，他压低声音对博士说：“博士，请过来一下。这件事情如果公布出去，绝对会引起颠覆学术界的大风波，所以我才秘密找您来商量的……”
建一非常识趣，知道他们有要事相商，便主动说：“博士，佐竹教授，你们先忙。我对这里的展览很感兴趣，我自己先去逛逛。”
佐竹教授点点头，叫来一个年轻的研究员：“带建一先生在我们对外开放的区域参观一下。”
建一跟着那位研究员在研究所的展览区转了一圈，看到了许多珍贵的化石标本和复原图，受益匪浅。但他的心其实更向往外面的自然遗迹。参观完毕后，他提出想自己到遗迹周边走走，研究员欣然同意。
相比起研究所，阿露福遗迹更出名的是其清澈甘甜的阿露福泉水。建一决定去采集一些，用来泡茶和给精灵们饮用肯定不错。
他顺着指示牌走向泉水的上游。然而，他没注意到，在泉眼的另一侧，三个鬼鬼祟祟的身影正在忙碌着。
“快点快点，把这根管子插深一点！”武藏指挥着。
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“为什么我们要来做这种苦力啊……”小次郎一边抱怨一边吃力地搬着水泵。
“少废话喵！阿露福的泉水可是超级有名的喵！”喵喵一边给装满水的瓶子贴上手写的虚假标签，一边解释，“我们把它们装瓶卖掉，可以大赚一笔活动资金喵！”
武藏眼睛放光：“没错！等我们有了钱，我就要买下全世界所有的名牌！成为真正的女王陛下！”
喵喵陶醉地幻想：“我要吃最豪华的猫饭！金枪鱼腹吃到饱喵！”
小次郎也被带动起来：“我要吃特级寿司！连吃三年！”
为了“豪华的明天”，三人暂时忘却了疲惫，干劲十足地抽取着泉水，装瓶贴标，流水线作业……
另一边，建一顺着潺潺的水流声向上游走去，来到了一处静谧而美丽的林间湖泊。湖水清澈见底，显然这就是阿露福泉水的源头之一。
“好地方！”建一心情愉悦，放出了所有的精灵，“大家最近都在赶路，也没好好放松一下。乘龙，溜溜糖球，你们可以好好游游泳。这里的泉水非常有名，大家都尝尝看。”
建一拿出精灵们平时吃饭的碗，分别舀了湖水给他们。乘龙欢快地长鸣一声，滑入湖中，优雅地游动起来。溜溜糖球则在水面上跳起了轻快的舞蹈。大奶罐和伊布在岸边惬意地喝水休息，鬼斯在树荫下好奇地飘荡，绿毛虫则慢慢蠕动着，啃食着特别鲜嫩的草叶。
建一决定在这里休息一下，嘱咐大家别跑太远。
然而，平静很快被打破。
突然，远处湖面炸起一道粗壮的水柱！伴随着乘龙发出的警告性的鸣叫！
“怎么回事？”建一立刻警觉地站起身望去。
只见乘龙正摆出防御姿态，与它对峙的，是几只建一从未见过的、外形极其奇特的宝可梦！它们有着螺旋形的贝壳，身体大部分缩在壳内，只露出触手和眼睛，其中一只的贝壳尤其巨大，上面布满了尖刺！
“那是……什么宝可梦？”建一迅速掏出图鉴扫描。
【菊石兽，螺旋宝可梦。古代海中的宝可梦，据说通过伸出触手捕捉猎物。在很久以前因海水退去而灭绝。】【多刺菊石兽，菊石兽的进化形。用触手捕捉猎物后，会用牙齿咬碎。据说因为壳太重而无法浮起。】
“灭绝的……古代宝可梦？！活生生的？！”建一大吃一惊。图鉴还补充说明它们是肉食性。看样子，它们是把乘龙当成了入侵领地者或者潜在的猎物！
“乘龙，快回来！”建一担心乘龙的安全，立刻将其收回。然后，他迅速从背包里拿出一些自己特制的、能量丰富且气味浓郁的高级精灵食物，小心翼翼地放在岸边，试图吸引那些古代宝可梦的注意力，避免冲突。
同时，他立刻拿出手机，再次联系大木博士：“博士！是我，建一！我在遗迹深处的湖泊这里！发现了惊人的东西！是活着的菊石兽和多刺菊石兽！”
“什么？！活着的？！”电话那头，大木博士的声音充满了难以置信的震惊，“你确定吗，建一？这简直是本世纪最伟大的生物学发现之一！”
“千真万确！它们就在我眼前的湖里！您快过来看！”
“好好好！我们马上过去！”
博士这边，佐竹教授原本正打算向博士透露的“惊人发现”正是这些偶尔被观测到的活体菊石兽，没想到直接被建一“截胡”了。两人也顾不上多说，立刻朝着建一所说的方向赶去。
然而，另一边，火箭队也遇到了“惊喜”。他们的抽水机因为塞入了太多水草和淤泥而堵塞了。小次郎下水修理时，意外地摸到了一个冰冷、坚硬、带着螺旋纹路的东西……