入夏以来，长安连降暴雨，渭水水位暴涨，城郊不少低洼处被洪水淹没。暴雨过后，天气闷热潮湿，没过几日，善益堂便接诊了数位腹痛腹泻的患者，症状皆是上吐下泻、高热不退，排泄物呈水样，腥臭难闻。
张云霄为患者诊脉后，发现其脉象濡数，舌苔黄腻，结合近期的天气与症状，判断是痢疾，且具有极强的传染性。更令人忧心的是，这些患者多来自城南的贫民窟，那里水源混杂，卫生条件极差，若不及时控制，恐会引发大规模疫情。
“立刻将患者隔离！”张云霄当机立断，“善益堂后院的隔离病房全部启用，派专人看管，所有接触患者的医护人员必须用煮沸的盐水洗手，衣物单独清洗晾晒。另外，让人立刻前往城南贫民窟，查看是否有更多病例，同时封锁该区域，禁止人员随意进出。”
善益堂的伙计们不敢耽搁，立刻行动起来。张云霄则迅速调配药方，以黄连、黄芩、白头翁为主药，配伍秦皮、木香、甘草，制成清热解毒、涩肠止泻的汤药，让患者按时服用。同时，他还让人烧制大量生石灰，前往贫民窟喷洒消毒，尤其是水源附近，务必切断传播途径。
然而，疫情的扩散速度远超预期。仅仅三日，城南贫民窟便出现了上百例病例，甚至有几位年老体弱者因脱水身亡。消息传开，长安城内人心惶惶，不少百姓囤积粮食，闭门不出，生怕被感染。
太医院内，李宗儒的残余势力趁机发难。一位名叫王仲礼的御医联合几位保守派，向李世民上奏，称张云霄推广的“卫生防疫”不过是哗众取宠，如今引发大规模痢疾，正是因为他破坏了古法“顺应天时”的医理，请求陛下罢免张云霄的院判之职，恢复传统防疫之法。
李世民看着奏折，心中有些犹豫。他信任张云霄的医术，但此次疫情规模不小，若处置不当，恐危及社稷。于是，他再次召张云霄入宫问话。
“张大夫，如今城南痢疾横行，百姓恐慌，王仲礼等人上奏，称是你推广新术所致，你可有话说？”李世民的语气带着几分凝重。
张云霄从容不迫地回应：“回陛下，痢疾的爆发并非因新术所致，而是暴雨过后，水源被污染，加上贫民窟卫生条件恶劣，导致疫毒传播。古法防疫多以焚烧艾草、祈祷祭祀为主，无法从根源上切断传播途径，这才让疫情蔓延。”
他顿了顿，呈上一份详细的疫情报告：“陛下请看，这是臣统计的病例分布，所有患者皆饮用了城南被污染的井水。臣已派人封锁污染水源，改用煮沸的河水，并在全城推广饮用沸水、勤洗手、粪便集中处理的防疫措施，同时研制了解毒汤药，目前新增病例已明显减少。”
李世民翻阅着报告，见数据详实，逻辑清晰，心中的疑虑渐渐消散。这时，程知节也站出来进言：“陛下，张大夫做事向来稳妥，此次疫情爆发突然，他反应迅速，已经控制住了局势。那些保守派御医不过是嫉妒张大夫的本事，故意混淆视听！”
崔仁师也附和道：“陛下，臣已派人前往城南核查，张大夫的防疫措施确实有效，不少患者服用汤药后已痊愈。如今当务之急是全力支持张大夫，而非追究责任。”
李世民点了点头，沉声道：“朕相信张大夫！王仲礼等人妄议朝政，扰乱民心，各降两级，罚俸三月！张大夫，朕命你全权负责此次痢疾防疫，所需人力物力，朝廷全力支持！”
“臣遵旨！”张云霄拱手道谢，心中却清楚，这只是暂时的平息，太医院内的保守势力仍在暗中窥伺，稍有不慎便会再次发难。
回到善益堂，张云霄立刻召集所有医护人员与太医院派来的协助御医，召开防疫会议。“如今疫情虽有缓解，但仍不能掉以轻心。”他指着地图上的标记，“城南贫民窟的污染水源已封锁，但周边还有几处水井可能存在隐患，需立刻检测水质；另外，城内的酒楼、茶馆等人流密集场所，必须严格执行餐具煮沸消毒，否则一律停业整顿。”
一位名叫苏瑾的年轻御医站出来：“张院判，臣愿带人前往周边村镇检测水质，排查隐患。”苏瑾是张云霄一手提拔的，天资聪颖，对新医术充满热情，此次疫情中一直冲在前线。
“好！”张云霄点头，“务必小心，检测时需用银器试探，若银器变黑，便是水源有毒，立刻封锁，并引导百姓前往指定取水点。”
另一位老御医却面露难色：“张院判，银器试探虽有道理，但古法中并无此说，且城中银器有限，恐难以普及。”
“此事不难。”张云霄早已思虑周全，“可用草木灰泡水，倒入水中，若产生沉淀，便说明水质不洁，虽不如银器精准，却简单易行，百姓皆可操作。”
众人闻言，纷纷点头称是。张云霄又吩咐道：“解药汤药需批量熬制，善益堂与太医院分工合作，免费分发给百姓；另外，组织人手编写简易防疫口诀，张贴在全城各处，让百姓牢记‘喝沸水、勤洗手、避脏食’。”
部署完毕，众人各司其职，长安城内的防疫工作有条不紊地展开。苏瑾带领团队日夜奔波，排查了周边二十余处水源，封锁了三处疑似污染的水井，及时避免了疫情扩散；善益堂的伙计们熬制汤药至深夜，每日分发数千碗，不少患者服用后迅速痊愈。
然而，就在疫情逐渐得到控制之时，却发生了意外。城西的一家药铺突然爆出，有患者服用了善益堂分发的汤药后，病情加重，昏迷不醒。消息一出，立刻引发轩然大波，王仲礼等人趁机煽风点火，称张云霄的汤药有毒，再次向李世民施压。