为了使袁崇焕成为东北地区最高军事长官，崇祯帝还通过收回前任督师王之臣、满桂的尚方宝剑，将象征皇权的尚方剑赐予袁崇焕，确立了袁崇焕对辽东军事的绝对控制权。
袁崇焕又提出提出“五年之中，事变不一，必须吏、兵二部俱应臣手”，要求直接掌控人事任免权。崇祯帝不仅同意其罢免辽东巡抚毕自肃、更换总兵官等请求，还默许其“便宜诛赏”的权力。
最具代表性的是崇祯二年袁崇焕以“十二大罪”斩杀东江总兵毛文龙事件。尽管毛文龙同为一品武官并持有尚方宝剑，但崇祯帝在事后仍表态“卿能周虑猝图声罪正法”，认可其专断行为。这种对高级将领生杀予夺的默许，在明代历史上极为罕见。
针对袁崇焕提出的“户部转军饷，工部给器械”的要求，崇祯帝打破常规，从内帑（皇帝私库）拨银百万两充作辽饷，并允许其“专敕行事，粮草兵马悉从所调”。在明末财政极度匮乏的背景下，这一举措体现了崇祯帝对“五年平辽”计划的孤注一掷。
面对诸多弹劾，崇祯也力保袁崇焕，据《崇祯长编》记载，当言官弹劾袁崇焕“市米资敌”时，崇祯帝直接批示“袁崇焕谈款一节，所误非小，但其去逆效顺，朕所洞鉴”，暂时压制了争议。
袁崇焕大权在握的时间里，只是在埋头重修宁远、锦州等城，加固“关宁锦防线”，让后金短期难以突破这道核心屏障。然后就是在统一辽东军事指挥，杀毛文龙，严明军纪、裁汰冗兵，提升了明军的作战协同性。
算是在做实事，但却都是很普通且防御性质的事，许多人奏报其绝不可能五年平辽，但崇祯就是很坚持。
这种信任直到崇祯二年十月，袁崇焕五年平辽都平到了京师脚下，面对群臣群起弹劾其“擅杀毛文龙”“与后金议和”等多项罪名，崇祯帝仍未完全动摇对其信任，只是开始暗中调查。
甚至在这之后又过了接近一年，崇祯三年八月，袁崇焕才真正落罪革职。
……
封赏已定，京师之事暂告一段。
杨凡返回了通州大营。
营中一派忙碌景象，麾下川东营正在收拾行装，检查军械，为即将到来的长途返回重庆驻地做准备。
忙碌的间隙，营外传来一阵马蹄声，旋即一个洪亮的笑声自远方响起：“杨总兵！好大的威风！如今手握尚方宝剑，我这个新扎的山西总兵，怕是惹你看不顺眼，说革职就革职喽！”
只见虎大威带着几名亲兵，风尘仆仆地策马而来，他近日因随卢象升勤王有功，也被擢升为山西总兵，正是意气风发之时。
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注释①：
明朝崇祯年间（1628-1644）的军事体系中，所有稍具规模的军队均设有监军，这一制度贯穿崇祯朝始终，且随着局势恶化逐步强化。
《明史·职官志》载：“崇祯中，流寇蔓延，边事日棘，遂命太监监军，权出督抚上。”
《崇祯长编》记录，崇祯七年（1634年）兵部奏称：“各镇监军已遍设，今宜令其专责训练，不得干预民政。”这表明监军制度已成为常态，兵部讨论的重点是如何规范其职权而非存废。