在沈万三的带动下，苏州的不少商人也纷纷打消疑虑，恢复了经营。绸缎庄、茶叶铺、瓷器店纷纷开门迎客，商业街又恢复了往日的繁华。
与此同时，苏州商税司也在紧锣密鼓地筹备中。户部选派的商税司郎中王彦，是个清正廉洁、办事干练的官员。他到任后，第一时间整顿队伍，选拔了一批品行端正、熟悉商业的吏员，组织他们学习《商税征收细则》，明确职责纪律；随后，他又在苏州城的繁华地段设立了商税征收点，张贴税率标准和征收流程，让商人一目了然；还推出了 “简化流程、便民缴税” 的举措，商人可以通过现金、票据等多种方式缴税，缴税时间也灵活调整，避免商人跑空。
万历二十九年四月初八，苏州商税司正式开始征税。征收点前，商人排起了长队，却没有以往的抱怨和拥挤，一切都井然有序。沈万三带着账册和银两，第一个来到征收点缴税。
“沈掌柜，您本月绸缎销售额共计五千两白银，按百分之三的税率，应缴商税一百五十两白银。” 征税吏员核对完账册，语气平和地说。
沈万三递上一百五十两白银，吏员当场开具了正规的缴税票据，上面详细写明了缴税金额、税率、商品种类等信息。整个过程，不到一刻钟就完成了，没有任何额外索要，也没有任何刁难。
“以前缴这点税，不仅要跑好几个部门，还得给吏员送孝敬，花的钱比税还多，现在真是太方便了！” 沈万三拿着缴税票据，心里感慨万千。
杭州、广州的商税司，也陆续正式运作。杭州商税司郎中刘谦，同样推行了一系列便民举措，还组织吏员深入茶产地，为茶农、茶商提供上门缴税服务，深受好评；广州商税司郎中陈斌，则重点规范了海外贸易的关税征收，简化通关流程，降低税率，吸引了大批西洋商人重返广州贸易。
随着商税司的顺利运作，“税率百分之三”“无额外加征” 的消息得到了证实，商人的疑虑彻底打消，江南的商业迎来了爆发式增长。苏州的绸缎庄，从三十余家增至六十余家，销售额比去年增长了两倍；杭州的茶叶贸易，不仅恢复了往日的规模，还开辟了新的海外市场；广州的海外贸易额更是大幅增长，西洋商人纷纷组团前来采购瓷器、丝绸、茶叶，市舶司的关税收入比去年翻了一番。
那些曾经暂时歇业的商人，也纷纷重新开张，甚至扩大了经营规模。广州的瓷器出口商，不仅恢复了以往的订单，还新增了好几家海外代理商；杭州的茶老板，在商税司的支持下，组建了茶叶合作社，统一采购、加工、销售，降低了成本，提高了利润。
商税司的设立，不仅让商人受益，也让朝廷的税收大幅增长。万历二十九年下半年，苏州、杭州、广州三地的商税收入，比去年同期增长了三成，而且还在持续增长。户部尚书王国光在给朝廷的奏报中写道：“商税司设立半载，三地商税增收百万两白银，商业繁荣，百姓安居乐业，实乃陛下之大功！”
朱翊钧看着奏报，脸上露出了满意的笑容。他对身边的小李子说：“你看，朕就说，只要给商人一个公平的经营环境，让他们有利可图，他们就会用心经营，商业就会繁荣，朝廷的税收自然也会增长。这就是‘放水养鱼’的道理，商人富了，国家才能富。”
小李子笑着点头：“陛下圣明！现在江南的商人都说，陛下是千古明君，为他们带来了好日子。”
朱翊钧却没有骄傲自满。他知道，商税司的设立只是规范商税的第一步，要想让商业持续繁荣，还需要进一步完善制度，加强监督，打击贪腐。他下旨，让户部总结苏州、杭州、广州三地的试点经验，准备在全国范围内推广商税司制度，让更多的商人受益，让朝廷的税收更加稳定。
此时的江南，商业繁荣，百姓安居乐业，一派欣欣向荣的景象。沈万三站在自家新开的绸缎分号前，看着街上熙熙攘攘的人群，脸上满是欣慰的笑容。他知道，这一切的改变，都源于皇帝的英明决策，源于商税司的设立。而这，只是万历中兴的一个缩影，在朱翊钧的带领下，大明的商业必将越来越繁荣，国家必将越来越富强。