总统府楼顶的旗帜猎猎飘扬，山呼海啸般的欢呼声在广场上持续了足足几分钟，才在军官们的竭力维持下渐渐平息。但那股沸腾的热血和宣泄的激情，依旧在每个士兵通红的眼眶和颤抖的手臂上清晰可见。许多人还沉浸在巨大的喜悦和释然中，相互拍打着肩膀，语无伦次地重复着“打下来了”、“我们赢了”之类的话。
林晓没有沉浸在欢呼中太久。他用力拍了拍手，声音透过简易扩音器传出，虽然沙哑却极具穿透力：“各部队指挥官，立刻收拢人员，清点伤亡，统计战果！战斗还没有完全结束！城里还有零星的鬼子据点，还有溃兵！各营按预定区域，展开清剿！加强警戒，防止敌人反扑或破坏！通信兵，立刻架设电台，恢复与各方向的联络，特别是协调处和南线赵副旅长那边！”
一连串的命令将官兵们从狂喜中拉回现实。是啊，旗子插上了，但南京城并没有完全平静。枪声还在一些街区零星星地响起，硝烟仍在多处升腾。更重要的是，日军在南京的最高指挥机构虽然被摧毁，但其残余部队，尤其是那些分散在城中各坚固据点、仓库、兵营的守军，以及正在溃逃向江边的部队，仍然需要清理。
“旅座，抓到一个鬼子大官！在伪政府大楼地下室发现的，还没死，但伤得很重，像是自杀没成功。”张三带着两个士兵，押着一个浑身是血、军装残破的日军大佐军官走了过来。那军官腹部有一道可怕的刀伤，虽然简单包扎过，但脸色惨白如纸，眼神涣散，嘴里喃喃着什么。
“身份？”林晓问。
旁边一个懂日语的参谋上前询问了几句，回头报告：“他说他叫松井……是南京警备司令部的参谋长。他说……司令官阁下已经……已经尽忠了。”
“司令官？是南京日军的城防司令？”林晓追问。
参谋又问了那伤重的大佐几句，对方断断续续地回答，夹杂着痛苦的呻吟和混乱的呓语。参谋翻译道：“他说，司令官……河边正三中将（注：历史上此时南京日军最高指挥官为第六军司令官十川次郎，但小说可艺术处理），在……在我们炮击最猛烈的时候，在位于鼓楼附近的原日军司令部地下室里，切腹自尽了……一同自杀的还有几名高级参谋……他奉命最后销毁文件，然后……然后自决，但他没死成……”
河边正三切腹自尽。这个消息让周围的军官们都沉默了一下。这意味着，南京日军最高、也是最后的统一指挥中枢，在物理和精神上都已经崩溃。
“立刻派人，去他说的鼓楼附近原日军司令部核实！小心诡雷和残敌！”林晓命令道，同时看了一眼那个奄奄一息的日军大佐，“把他送野战医院，尽量抢救，他还有用。”
松井大佐被抬走。林晓走向刚刚架设好的电台。通讯兵已经恢复了与紫金山张三观测点、南线赵刚、北线三营以及浦东雷诺的联络。
“利刃报告，观测到城内多处日军据点升起白旗或停止射击。但下关码头方向仍有激烈交火和爆炸声，疑似日军在破坏设施或试图登船逃跑。”张三的声音传来。
“南线报告，雨花台、中华门方向残余日军已基本肃清或投降，我正在向城内核心区域推进，与你会合。”赵刚的声音带着疲惫和兴奋。
“北线报告，下关码头区域日军抵抗混乱但顽固，部分船只起火，我部正在进攻，但兵力不足，请求支援！”三营长的声音很急。
“雷参谋长报告，营地及协调处运转正常，已接收大批战俘。第三战区来电询问战况，并有友军部队正向南京方向靠拢。”雷诺的声音平稳。
情况汇总到林晓这里：日军最高指挥官自杀，指挥系统彻底瘫痪；城内多处据点失去统一指挥，或投降，或陷入各自为战的混乱；唯一尚有组织的较大规模抵抗集中在长江边的下关码头，那里是日军逃生的唯一希望，也是破坏和战斗最激烈的地方。
“命令：东路和南路入城部队，以连排为单位，分区划片，迅速清剿城内残余据点，接受投降，镇压零星抵抗。重点保护重要设施、仓库、文化古迹，并留意可能化装潜逃的日军军官。赵副旅长，你部负责城南及城西区域清剿，并向城中与我部会合。”林晓对着话筒快速部署，“利刃，继续观察，重点监控下关码头及可能从城中溃退至江边的敌军动向，随时引导炮火或空中打击。”
他顿了顿，加重语气：“三营，坚持住！我立刻抽调装甲分队和预备队增援你部！务必全力进攻，阻止日军破坏码头设施和登船逃跑！必要时，可以呼叫紫金山观测点引导远程炮火覆盖江面可疑船只！”
命令下达，刚刚攻克总统府的“东方旅”部队，来不及过多休整，立刻如同梳子般向南京城的各个角落撒开。他们分成一个个战斗小组，沿着街巷推进，逐楼逐屋搜索。过程比预想的要顺利。许多据点的日军在得知指挥部被端、司令官自杀的消息后，最后一点抵抗意志也瓦解了。白旗从窗口伸出，成群的日军士兵放下武器，高举双手走出建筑。偶尔遇到少数死硬分子依托坚固建筑顽抗，也在坦克直瞄炮火或步兵的爆破下迅速被解决。
然而，混乱也带来了危险。一些失去指挥的日军小股部队，如同无头苍蝇，在街巷间乱窜，时而顽抗，时而试图逃跑，甚至有的换上便衣或抢夺平民衣物，试图蒙混过关。零星的冷枪和手榴弹袭击不时发生，给清剿部队造成了一些额外的伤亡。
最激烈的战斗依然在下关码头。正如三营长报告的，这里聚集了从城中溃退下来的、建制相对最完整的日军部队，包括部分海军陆战队和宪兵，他们得到了几艘尚未被完全破坏的小型舰艇和大量民船的支持，试图做最后一搏，或逃往江北，或进行破坏。战斗在码头仓库、栈桥、以及江面的船只间展开，异常惨烈。
林晓派出的装甲分队赶到后，局势才开始向有利于“东方旅”的方向倾斜。坦克和装甲车的火力压制了日军的滩头阵地，步兵在火力掩护下逐步清理码头区域。张三从紫金山引导的远程炮火，成功地击沉了一艘试图驶离码头的日军武装拖轮，并迫使其他船只不敢轻易离岸。
当夕阳的余晖将长江染成一片血色时，下关码头的主要抵抗据点终于被攻克。最后一艘试图点燃自爆的日军汽艇，在驶离码头不远后，被查理的P-51用火箭弹击中，化作一团巨大的火球，缓缓沉入江中。
枪炮声，终于在南京城的绝大部分区域停歇下来。取而代之的，是“东方旅”士兵维持秩序的哨音、战俘集中点的喧哗、救护车的鸣笛，以及越来越多走上街头、望着那面高高飘扬的旗帜而掩面哭泣的南京市民压抑的呜咽声。
日军在南京有组织的抵抗，随着城防司令官的切腹和指挥体系的崩溃，彻底终结了。剩余的，只是零星的、绝望的骚扰和混乱的溃散。但收复一座城市，远比攻克它要复杂得多。林晓站在总统府的台阶上，望着暮色中渐渐亮起零星灯火、却依旧满目疮痍的南京城，心中并无太多胜利的轻松，反而感到一副更加沉重的担子压了下来。肃清、安抚、重建、以及应对即将到来的各方势力……真正的考验，或许才刚刚开始。而他的目光，已经越过了长江，投向了更远的东方。东京湾，那个最终的舞台，似乎又近了一步。