这期间，并非没有干扰。
一日，一位昔日太医院的同僚，如今在京城开着医馆，颇有名望的老先生前来拜访。寒暄过后，老先生看着书桌上摊开的稿纸和西医学籍，眉头紧锁。
“怀仁兄，”老先生捻着胡须，语气带着规劝，“我听闻你在大学堂里，与那些洋学生讲什么‘科学审视’？你我之辈，承袭先人衣钵，精研《内》、《难》，辨证施治，活人无算，这便是最大的实在。何必去迎合那些标新立异之说，自贬身价呢？这《衷中参西录》……听来便觉别扭，莫非要将我岐黄之术，纳入彼之框架？”
林怀仁为他斟上一杯茶，平静地回应：“李兄，非是迎合，乃是求证，是发展。我辈治病，靠的是疗效。然则，为何此方有效？为何此人宜用附子，彼人却忌用？古人以阴阳五行概之，固然精妙，然于今世，若无更清晰之阐释，何以服人？何以传承？参西非为弃中，恰是为了更好地‘衷中’，使其理更明，其效更彰，能行于更广之天地。”
老先生摇头：“理越辩越明？只怕是道越说越黑！那些洋学问，肢解人体，视人如器物，岂知我‘天人相应’、‘整体调和’之妙？你如此作为，恐为我医道之罪人啊！”
送走忧心忡忡的老友，林怀仁独立院中，望着疏星淡月，心中亦不免泛起一丝波澜。他知道，李兄代表了相当一部分传统中医的想法，他们沉浸在固有的体系里，对外界的冲击感到不安与排斥。这份坚守令人尊敬，但若一味固守，恐终将被时代洪流所淹没。
也有来自另一面的声音。北大一位深受科学主义影响的年轻助教，在一次聚会中，公开质疑林怀仁的研究是“披着科学外衣的玄学”，认为中医理论根本无法用科学方法验证，所谓的“融合”不过是“抱残守缺的遮羞布”。
面对这些尖锐的批评，林怀仁在书稿中，反而更加坚定了自己的方向。他在稿纸边页写下：“欲求融合，必先自信。若无对中医精髓之深刻把握与坚定信仰，则参西必沦为附庸，失其根本。然，自信非自大，需有勇气直面自身之不足，以他山之石，攻玉琢器。”
他将这些质疑和挑战，都化为了写作的动力。他的笔触愈发沉稳，论证愈发严谨。
在后续的篇章中，他深入探讨了“脏腑与官能”—— 明确指出中医的“心、肝、脾、肺、肾”并非完全等同于解剖学上的实体器官，更是以其为核心的一系列功能系统的集合（如“心主血脉、藏神”）。他尝试用西医的“系统生理学”概念来辅助理解，同时强调中医脏腑理论中相生相克的动态关联，是更为复杂的系统论模型。
他专章论述“辨证与辨病”—— 结合自己在柏林的临床案例，详细分析了如何将西医的“病”的诊断（如肺炎、肝炎），与中医的“证”的辨别（如风寒犯肺、肝胆湿热）结合起来。他提出：“西医之‘病’，着眼于局部之病理改变；中医之‘证’，着眼于全身之反应状态。二者犹如经纬，交错方能定位生命之舟在疾病海洋中的确切坐标。治疗时，或可西医消炎以祛邪，中医扶正以强基，相辅相成。”
当他写到“本草与药理”时，更是投入了巨大精力。他一方面恪守中药的性味归经、升降浮沉理论，另一方面，则开始搜集整理西方植物药学、化学分析对中药有效成分的研究成果。例如，他记录下麻黄中含麻黄碱，有拟肾上腺素作用，可平喘发汗，这与中医认为麻黄“发汗解表、宣肺平喘”的功效不谋而合。但他也强调，中药往往复方使用，君臣佐使，配伍讲究，其整体效应远非单一成分所能完全解释，这正是中药奥妙所在，亦是未来研究之方向。
夜深了，烛火摇曳，映照着他清癯而专注的面容。笔尖在纸上游走的沙沙声，成了这静夜里最动人的乐章。他写下的，已不仅仅是一部医书，更是一个身处大变局中的知识分子，对传统文化命运的深沉思考与勇敢探索。他知道，这部《衷中参西录》前路漫漫，或许会引来更多的争议，甚至可能失败。但他坚信，这条“衷中参西”的路，是中医在二十世纪的惊涛骇浪中，能够存活下来，并走向新生的希望之路。
窗外的北京城，已陷入沉睡。而这一灯如豆的书房里，思想的星火，正试图点燃一个古老的学问，照亮其通往未来的漫长旅程。这四千字的开端，仅仅是一个序章，更波澜壮阔的实践、争鸣与发现的篇章，还在后面，等待着他，也等待着这个时代，去共同书写。