而与此同时，作为第三帝国第一的科学研究单位的威廉皇帝物理研究所，虽然拥有整个第三帝国最先进的实验条件和设备，但在德国陆军军械局强力干涉核物理研究以来，却始终相当于在干零活，根本没有一个统一而又高效的组织来领导全德国的核物理研究工作，分布在德国各地的19个科研机构共计一百余名科学家竟然是在“各自为政”般的蛮干，彼此之间缺乏应有的交流与合作，重复性研究的事情更是屡见不鲜。
最具有代表性的莫过于当时还是德国铀研究事业核心所在的莱比锡大学，他拥有三个隶属于“铀俱乐部”的研究机构，海森伯格和罗伯特德佩尔一直单独进行试验性反应堆开发工作，而生理化学家卡尔弗里德里希在重点研究重水，实验物理学家格哈德霍夫曼又在忙于回旋加速器的建造研究。
毫无疑问，一台成熟使用的回旋加速器具备相当之大的研究意义，因为粒子被加速到具备核物理学意义上可应用的能量，在回旋加速器内通过磁场加力而快速运动，并在每一圈的循环中获得能量增殖，在达到最终的能量值后，粒子便会射向一个测量用觇标板的有效横截面，在与构成觇标板的原材料的碰撞过程中触发核反应的发生，而观测者测量到的反应产物、射线、核碎片等等都很有利于核研究。
然而，同在一所大学的这三个科研机构之间都是一副“老死不相往来”的态势，更别说交流一下彼此的研究进展和所遭遇到的困难，团结与协作无疑会促使研究进展以更快速度前进，但当时的“铀俱乐部”却像是一个自由散漫的菜市场。
而与之成为鲜明对比的是，由瓦尔特多恩贝格尔和韦恩赫尔布劳恩领导的德国火箭专家研究群体，他们虽然同样还暂时未被军队看重并投入重金进行研究，但他们却相当团结一致，彼此乐于交流与协作。
1939年，在德国陆军军械局的铀俱乐部第二次全体会议上，维尔纳海森伯格将关于反应堆建造构想的问题以报告形式呈送给军械局，海森伯格已经对于在与不同种类缓释材料混合状态下使反应堆投入运行所需氧化铀确定数量值问题进行了计算，在报告中他提出对于同位素铀235的浓缩，需要建造铀反应堆的可靠方法。
而在获取能量的问题上，如果即天然铀能够与一种可使快中子慢化而又不会过多吸收这些中子的、即起到这种缓释作用的其他物质混合，那么天然铀也同样是可适用的，这种具有非常小原子量并能起到慢化缓释作用的物质将是必不可少的，水是绝对不可能作为减速剂的，他给出的建议是使用重水或纯净的碳。
海森伯格的研究进展让所有科学家都眼前一亮，因为这就意味着需要生产重水、需要提纯铀235等等，至少在海森伯格看来对试验性反应堆之后更进一步的工作安排中，建造一座使用氧化铀和重水的层式反应堆变得必不可少。
柏林戈托夫，隶属于陆军军械局的核物理研究部门的一个科研单位由舒曼直接领导的试验站，库尔特迪布纳领导的原子物理学研究部和瓦尔特特林克斯负责的爆炸物理学空心装药研究部是核心机构，先后接纳了物理学家弗里德里希贝尔凯、维尔纳楚留斯、瓦尔特赫尔曼、恩斯特雷克塞尔、汉斯韦斯特迈尔等等德国顶尖的科学家。
而德国海军总司令部也有介入核物理研究，他们被核能运用在水面和水下舰艇可使得战舰具备理论上的无限巡航能力所诱惑，因而他们一开始也有支助核物理研究，并且重在支持核反应堆的研究，卡尔威策尔海军上将便是德国海军 “铀项目”研究的支持和管理者，身为海军军械局局长的他，一直梦想着有朝一日，德意志第三帝国海军的战舰都是以核能为驱动力的。
当然，威策尔曾与陆军军械局局长埃米尔莱布上将进行过陆海军共同研究核物理事宜的磋商，当时由穆特哈塞领导的海军核物理研究小组还隶属于海军军械局管理，而且在海军的支持下，实验和爆炸物理学家利用位于宁霍夫的化学物理研究测试站开展研究工作，海军的重视也吸引了一些著名的科学家加入，帕斯考尔约尔丹、弗里德里希格奥尔格豪特曼斯和奥托哈克塞尔等都纷纷加入，名气最大的帕斯考尔约尔丹早在哥廷根大学时期就与他的导师马克斯玻恩推动了海森伯格“矩阵力学”的发展，在罗斯托克大学在量子力学、量子电气力学和宇宙哲学等方面造诣喜人。
陆军和海军都如此重视核物理研究，那么当时作为德国工业翘楚的大型企业，也曾有过在原子物理学一展拳脚的野心。
德国西门子集团第二研究实验室建立了一个“气体放电、电子及原子物理学研究中心”的招牌，卡尔弗里德里希、冯西门子以及诺贝尔奖获得者古斯塔夫赫兹，都曾在该中心工作，只不过后来赫兹因为犹太人的身份，而不得不放弃了科研工作，前往了荷兰飞利浦公司独自展开有关粒子加速器的研究工作，后来荷兰被德军入侵，据说赫兹就跑到了英国，但事实上赫兹一家从荷兰被德军入侵之时，就杳无音讯仿佛从地球上消失了一样。
也有小道消息称赫兹一家移民了，接受了共和国高新技术人才的移民方案，以高科技人才的身份高薪移民共和国，事实上第二次世界大战的战火被德国烧遍欧洲之时，西方国家不乏有大量优秀科学人才纷纷移民海外，共和国和美国是最大的两个移民国家，而共和国又拥有非常宽松自由的科研环境，一向重视对科研项目投入的共和国企业都甘愿大笔大笔的花费重金从事科学研究，因而移民共和国的犹太科学家不占少数。
不管小道消息如何，反正德国西门子公司的核物理研究是效果不大的，而号称德国第二大的工业集团法本工业联合企业集团一开始只是寄希望于能够提供气态铀合成物和重水，可在德国化学工业领域的权威人士卡尔克劳赫的建议下，该企业也雄心勃勃，除此之外德国航空工业中很牛的亨舍尔飞机制造公司，在德国最出色的远程向导式飞行炸弹设计师之一赫伯特瓦格纳教授建议下，亨舍尔公司的工程师也坚定的相信，或许真的会有利用使用原子能驱动潜艇和飞机诞生并广泛运用。
总而言之，在1944年之前，德国的确拥有一大批素质极高并且非常热衷于核物理研究的科学家，但始终却缺乏一个卓有成效的协同研究机制和组织来统一领导，这种散漫而又自由的科学研究虽然一定程度上能够调动科学家们的创新性和自主性，可却同样带来了不必要的浪费，时间、金钱、人力等等方面，这就好比一个地主家本来