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第213章 计算生物学研究 四(1 / 2)

接下来的两周,徐辰和刘伟成了实验室里的“黄金搭档”。

徐辰负责设计实验方案,计算加样量和时间点;刘伟则负责具体的湿实验操作。

刘伟不愧是博五的“资深科研狗”,操作手法嫻熟无比。

“质粒构建,gibson组装体系,50度反应15分钟。”刘伟一边念叨著,一边用移液枪精准地吸取微量的dna片段。他的手很稳,枪头悬停在离液面0.1毫米的地方,轻轻一压,液体便如丝般滑入。

“转化感受態细胞,冰浴30分钟,42度热激90秒,復甦1小时。”

……

然而,实验並不总是一帆风顺的。

第三天,第一批转化结果出来了。

“徐神,情况不对。”刘伟拿著培养皿,眉头紧锁,“这批菌落长得太慢了。按照你的设计,我们用的是弱启动子来压低pfk的表达量。但是现在看来,压得太狠了,菌体好像……快饿死了。”

徐辰接过培养皿,对著光看了看。確实,上面的菌落细小如针尖,几乎看不见。

“不应该啊。”徐辰调出模型数据,“根据奇异摄动理论的计算,35%的活性是临界点。只要高於这个值,糖酵解通量应该能维持基本的生存需求。”

“除非……”徐辰的目光突然变得锐利,“除非我们忽略了什么。”

他迅速打开电脑,重新检查了一遍那个庞大的微分方程组。

几分钟后,他猛地一拍大腿。

“大意了!我忽略了『渗漏表达』!”

徐辰指著屏幕上的一行参数,有些懊恼地说道:“我用的这个启动子,虽然理论强度是弱的,但在大肠桿菌的实际环境中,它会有一定的基础渗漏。也就是说,即使我不加诱导剂,它也会偷偷地表达一点点酶。”

“而在我的模型里,我假设它是完美的开关。这就导致实际的酶活性比我计算的要高,反而触发了细胞的负反馈调节,把整个通路给锁死了。”

徐辰在心里狠狠地吐槽了自己一句:这就是数学家的傲慢啊。总以为世界是完美的球体,结果现实却是个坑坑洼洼的土豆。生物系统里的噪音,有时候比信號还大。

“那怎么办重做换个更严谨的启动子”刘伟问道,手里已经准备去拿废液缸了。

“不,不用重做。”徐辰抬手拦住了他,眼神中闪过一丝疯狂的数据流,“既然它喜欢渗漏,那我们就把渗漏也算进去。给我十分钟,我修正一下边界条件。”

徐辰的手指在键盘上飞舞,屏幕上的代码如瀑布般流下。他並没有推翻模型,而是引入了一个“噪音项”,將那个不可控的渗漏表达量,强行纳入了微分方程的解空间。

“既然关不紧水龙头,那就计算水滴漏下的频率,然后……利用它。”

十分钟后,回车键敲响。一个新的数值跳了出来。

“老刘,把诱导剂iptg的浓度,从0.1降到0.005。我们做一点『微调』,一点一点地把它的活性逼到那个临界点上。”

“0.005”刘伟瞪大了眼睛,差点以为自己听错了,“这也太低了吧这跟没加有什么区別这完全是顺势疗法的浓度啊!这能行吗”

“如果不信数学,我们还有別的选择吗”徐辰反问道,目光灼灼,“如果不靠计算,让你凭经验去试,你会试0.005这个浓度吗”