各地豪强趁机作乱，山越部落起兵反叛，庐江太守李术更是公开背叛，江东政权面临成立以来最严重的危机。
在这生死存亡的关键时刻，程普以三代元老的身份，挺身而出，与张昭、周瑜等人共同辅佐孙权稳定局势。
他首先联合黄盖、韩当等孙坚旧将，明确表示支持孙权，“普等率诸将流涕奉令，同心辅弼”，稳定了军心；随后主动请缨，率军前往三郡平定叛乱。“遂周旋三郡，平讨不服”，程普率军转战丹阳、吴郡、会稽三郡，先后击败了宣城、泾县、安吴等地的叛乱势力，斩杀其首领，安抚百姓，迅速平定了内部叛乱。
在平定李术的叛乱中，程普与周瑜率军合围庐江，切断其外援与粮草供应，最终攻破皖城，斩杀李术，收复庐江郡，彻底消除了内部的最大隐患。
内部稳定之后，程普又将精力投入到对外征战与边防建设中。建安八年（203年），程普随孙权出征江夏，讨伐黄祖。
此次出征虽未攻克江夏，但程普率军在豫章郡境内“别讨乐安”，平定了当地的叛乱势力，巩固了江东在豫章的统治。建安十一年（206年），名将太史慈病逝，程普奉命接替太史慈驻防海昬（今江西永修县）。
海昬地处江东与荆州的交界处，战略位置重要，程普到任后，“修缮城防，安抚军民，训练士卒”，不仅有效抵御了荆州刘表势力的侵扰，还安抚了当地的山越部落，使海昬成为江东西南边境的坚固屏障。
建安十三年（208年），曹操率领八十万大军（实际约二十万）南下，席卷荆州，刘琮投降，刘备仓皇南逃。曹操随即率领大军顺江而下，直指江东，扬言要“会猎于吴”，江东政权面临生死抉择。
在朝堂之上，以张昭为首的文臣主张投降，而周瑜、鲁肃则坚决主战，孙权犹豫不决。此时程普以其威望支持周瑜主战，他对孙权说：
“曹操虽势大，然北人不习水战，且荆州新附，民心未服。我与公瑾（周瑜字）率军拒之，必能破曹。”
程普的表态坚定了孙权主战的决心，随即任命周瑜为左都督，程普为右都督，率领三万水军，与刘备联军在赤壁迎击曹军。
赤壁之战是中国历史上以少胜多的经典战役，程普作为右都督，与周瑜共同指挥全军，发挥了至关重要的作用。
战前，程普与周瑜深入分析敌我形势，制定了“火攻”的作战方案。程普凭借其丰富的水战经验，亲自勘察长江水文与风向，选定乌林作为主战场，并安排船只伪装成粮船，引诱曹军上当。
交战当日，东南风大作，程普与周瑜各率一部水军，乘坐蒙冲斗舰，冲入曹军水寨，点燃引火物。曹军战船首尾相连，无法散开，顿时火光冲天，“烟炎张天，人马烧溺死者甚众”。
程普率军趁势掩杀，曹军大乱，仓皇北逃。赤壁之战的胜利，彻底粉碎了曹操一统江南的企图，奠定了三国鼎立的基础。程普作为战役的主要指挥官之一，其功绩不可磨灭。
赤壁之战后，程普与周瑜率军乘胜进攻南郡，与曹操麾下大将曹仁展开了长达一年的拉锯战。南郡作为荆州要地，城池坚固，曹仁又骁勇善战，防守极为顽强。
程普与周瑜分工协作，周瑜负责正面攻城，程普则率领水军截断曹仁的粮道与外援。在一次战斗中，周瑜被流矢射中，伤势严重，曹仁趁机率军出城挑战。程普临危受命，代理全军指挥，他“激励将士，整肃军纪”，不仅击退了曹仁的进攻，还乘势率军攻城，杀伤敌军甚众。
建安十四年（209年），曹仁在粮尽援绝的情况下，被迫放弃南郡，率军北撤。南郡之战的胜利，使江东势力成功渗透到荆州地区，进一步扩大了统治范围。
战后，孙权论功行赏，任命程普为裨将军，兼任江夏太守，治所设在沙羡（今湖北武昌金口），食邑四县，成为江东镇守荆州前线的最高军政长官之一。
在辅佐孙权的过程中，程普与周瑜之间的关系变化成为一段佳话。据《江表传》记载，程普因“先出诸将，普最年长”，且资历、战功都在周瑜之上，起初对周瑜担任左都督心存不满，“颇以己年长之故，数次侮辱周瑜”。
但周瑜“折节容下，始终不与程普计较”，以大局为重，始终尊重程普，遇事与他商议。程普逐渐被周瑜的胸襟与才能所折服，最终放下成见，与周瑜同心协力，“更向人说：‘与周公瑾交，若饮醇醪，不觉自醉。’”
这段记载不仅展现了周瑜的大度，更体现了程普知错能改、以大局为重的品格。吕蒙后来评价此事：“昔周瑜、程普为左右部督，共攻江陵，虽事决于瑜，普自恃久将，且俱是督，遂共不睦，几败国事。”
虽指出了两人初期不和的隐患，却也从侧面印证了程普在军中的重要地位。
四、晚年镇戍 功成身退：江表虎臣的历史归宿
建安十五年（210年），周瑜在巴丘病逝，年仅三十六岁。周瑜的去世使江东失去了一位核心将领，南郡地区的防务面临真空。孙权任命程普代理南郡太守，接管周瑜的军队与防务。
此时，孙权为联合刘备共同抵御曹操，决定将南郡借给刘备，“以固联盟”。程普虽对这一决策有所保留，但仍以大局为重，奉命移交南郡防务，返回江夏继续担任太守，并升任荡寇将军。
江夏郡地处长江中游，北接襄阳，西临江陵，是江东防御曹操与刘备的战略要地。程普到任后，采取了一系列措施巩固防务：
一是修缮城池，加固江防，在沙羡、夏口等地修筑要塞，布置弓弩阵地；
二是训练水军，打造战船，提高江东水军的作战能力；
三是安抚百姓，发展生产，鼓励垦荒，积累军粮；四是联络当地豪强与少数民族首领，稳定内部秩序。
在程普的治理下，江夏郡成为江东最坚固的防线之一，多次抵御了曹魏与蜀汉势力的侵扰，保障了江东腹地的安全。
关于程普的卒年，史料存在一定争议。《三国志》本传记载其在升任荡寇将军后“卒”，未明确具体年份。
《程氏宗谱》与瑞昌地方志记载其“建安二十年（215年）冬季病逝，葬于桂林岗”；而《吴书》则记载：“程普曾杀背叛者数百人，投尸于火中，程普即日得病甚重，百余日后病卒”，未明确时间；
另有《三国志·步骘传》记载，孙权称帝（黄龙元年，229年）后，太子孙登镇守武昌时，步骘曾在致孙登的书信中提及“程普”仍在荆州任职。
这一记载与程普早逝的说法相互矛盾，后世学者多认为此处“程普”应为同名同姓之人，或为史料讹误。
结合周瑜去世于建安十五年（210年），程普代领南郡太守后不久便去世的记载，以及孙权在黄龙元年追封其子程咨为亭侯的史实，推断程普的卒年应在建安十五年（210年）至建安二十年（215年）之间，最有可能在建安十五年末或建安十六年初病逝于江夏任上。
程普去世后，孙权对其功绩给予了高度认可。黄龙元年（229年），孙权称帝，建立东吴政权，“追论普功，封子咨为亭侯”，使其后代得以承袭爵位，延续荣光。
程普的墓葬位于今江西省九江市瑞昌市桂林街道桂林岗，当地至今仍有程普墓、程公祠等遗迹，足见其在后世的影响。
作为东吴的开国元勋，程普的一生与孙氏政权的兴衰紧密相连。他历仕三主，见证了孙坚起兵、孙策平江东、孙权建帝业的全过程，在长达数十年的征战生涯中，“攻城野战，身被创夷”，为东吴基业的建立与巩固立下了汗马功劳。
陈寿在《三国志》中盛赞其为“江表之虎臣”，评价其“性好施与，喜士大夫”，既肯定了其军事才能，也赞扬了其品德修养。元朝学者郝经更是评价：
“程普诸将皆江表虎臣，鏖兵卫主，攻坚轧敌，兴王定霸，孙氏兄弟卒立国建号，诸将之力也。”
这一评价准确概括了程普在东吴建国过程中的重要作用。
程普的形象之所以能流传千古，不仅在于其卓越的战功，更在于其身上体现的忠勇、谋略与品格。他对孙氏的忠诚，从孙坚到孙权，始终如一，即便在最艰难的时刻也从未动摇；他的军事才能，不仅体现在冲锋陷阵的勇猛，更在于审时度势的谋略与因地制宜的战术；他的品格，既有北方健儿的豪爽，也有士大夫的儒雅，虽曾因年长位高而心存不满，但最终能以大局为重，与周瑜握手言和，展现了过人的胸襟。
在三国乱世中，程普或许不如诸葛亮、曹操、周瑜等人物那般家喻户晓，但他作为江东集团的核心将领，以其一生的征战与坚守，为东吴政权的存续与发展奠定了坚实基础。
他的事迹被载入正史，成为“江表之虎臣”的代表，其忠勇双全、鞠躬尽瘁的精神，也成为后世武将的楷模。
程普的一生，是三国乱世中无数开国元勋的缩影，他们以血肉之躯铸就基业，以忠诚之心辅佐明主，最终在历史长河中留下了属于自己的光辉印记。