战场的局势再次陷入胶着。虽然四座能量炼厂被摧毁，但深渊之主的献祭让深渊之门重新获得能量，更多的深渊生物从裂缝中涌出。李林看着屏幕上不断增加的伤亡数据，眉头紧锁：“这样下去不是办法，我们的舰队支撑不了多久。铁卫，分析深渊之门的能量核心，有没有其他弱点？”
铁卫的运算速度达到极限，无数数据在屏幕上滚动：“深渊之门的能量核心位于拱门的顶端，那里有一块‘深渊之心’，是整个装置的能量源头。但深渊之心被最强大的深渊能量屏障保护着，普通攻击无法靠近。唯一的办法是利用‘晶体-暗影-生命’三种能量的共振，才能击穿屏障。”
“我有办法！”莉娜的声音传来，“水晶文明的共振水晶能同时引导三种能量，只要星灵族提供晶体能量，暗影主文明提供暗影能量，绿星文明提供生命能量，我们就能制造出共振能量弹，摧毁深渊之心！”李林立刻下令：“各文明立刻抽调能量核心，在‘晨曦号’上组装共振能量弹，墨的奇袭队负责将能量弹送入深渊之心！”
各文明的舰队迅速向“晨曦号”靠拢，星灵族的晶体能量核心、暗影主文明的暗影能量结晶、绿星文明的生命能量种子被陆续运送到“晨曦号”的武器舱。莉娜带领水晶学者和机械工程师，开始紧急组装共振能量弹。墨则带领奇袭队成员，检查着潜行舰的武器系统，准备执行这九死一生的任务。
战场的另一边，凯伦正带领星灵舰队与深渊舰队展开殊死搏斗，为能量弹的组装争取时间。一艘深渊战舰朝着“晨曦号”冲来，凯伦立刻驾驶“晨曦号”迎上去，晶体主炮与深渊战舰的腐蚀炮碰撞在一起，能量冲击波将“晨曦号”的舰体震得摇晃不已。“坚持住！能量弹还有五分钟就能组装完成！”莉娜的声音传来，凯伦咬紧牙关，操控着“晨曦号”不断躲避敌人的攻击。
五分钟后，一枚长达十米的共振能量弹终于组装完成。能量弹的表面不断闪烁着蓝、黑、绿三种颜色的光芒，三种能量在弹体内相互交织，形成稳定的共振场。“奇袭队准备！能量弹已就绪！”李林下令，墨的四艘潜行舰立刻启动，朝着深渊之门的顶端飞去。
深渊之主察觉到了他们的意图，无数深渊守卫和暗晶战舰朝着潜行舰围拢过来。“为奇袭队开辟通道！”凯伦下令，星灵舰队、火灵舰队、虫群舰队同时发起猛攻，晶体能量光束、火焰能量炮、生物毒素弹交织成一道火力网，将拦路的敌人逐一摧毁。卡莎的暗影小队则驾驶着小型穿梭机，在敌人的阵型中穿梭，用暗影能量干扰敌人的通讯系统。
墨的“猎手一号”率先突破防线，抵达深渊之门的顶端。深渊之心散发着浓郁的深渊能量，周围的空间都被扭曲。“启动能量弹发射装置！”墨下令，潜行舰的主炮口打开，共振能量弹被缓缓推入炮膛。就在此时，一只体型巨大的深渊守卫突然从拱门后方冲出，朝着潜行舰撞来。
“雷克斯，拦住它！”墨大喊，雷克斯立刻带领虫群战士跳出潜行舰，晶体甲虫在守卫的身上快速繁殖，形成一层晶体外壳，限制了它的行动。火焰抗虚空虫则释放出净化火焰，灼烧着守卫的身体。墨抓住机会，下令发射能量弹——共振能量弹如同流星般射向深渊之心，精准地击中了能量屏障。
三种能量的共振瞬间击穿了屏障，能量弹击中深渊之心的瞬间，发出一声震耳欲聋的巨响。深渊之心炸裂开来，无数能量碎片四散飞溅，深渊之门的环形拱门开始剧烈摇晃，空间裂缝的扩大速度逐渐减缓，最终停止在原地。深渊之主的虚影发出一声不甘的咆哮，身体开始崩溃：“跨域联盟，你们给我等着！深渊的复仇很快就会到来！”
随着深渊之门的能量耗尽，剩余的深渊舰队失去了支援，开始纷纷撤退。联盟舰队抓住机会发起总攻，将大部分深渊舰船摧毁在暗影虚空中。墨带领奇袭队返回“晨曦号”，李林亲自在舰桥迎接他们。“你们立了大功。”李林拍着墨的肩膀，眼中充满了赞许，“深渊之门虽然没有被彻底摧毁，但空间裂缝已经稳定下来，短时间内深渊文明无法再发起大规模入侵。”
战场清理工作持续了三天。联盟舰队共摧毁深渊战舰三百二十艘，击杀深渊生物上万只，但自身也付出了惨重的代价——五十艘星灵战舰、三十艘机械战舰、二十艘火灵战舰被击沉，数千名战士牺牲。在清理战场的过程中，机械文明的智能机器人发现了一块从深渊之心上脱落的碎片，碎片上刻着一些奇怪的符文。
铁卫对碎片进行分析后，脸色凝重地向李林和墨汇报：“这些符文是深渊文明的空间坐标，通过破解发现，深渊之主的本体位于‘深渊核心域’，那里距离跨域联盟的疆域有十万光年。更可怕的是，符文记录显示，深渊文明正在联合‘虚空恶魔族’，准备发动一场跨域空间的全面战争。”
李林和墨的脸色都变得严肃起来。虚空恶魔族是比深渊文明更古老、更强大的种族，传说它们能吞噬整个星系的能量。“看来这场战争还远远没有结束。”墨的目光望向暗影虚空的深处，“我们必须加快联盟的发展，提升各文明的军事力量，同时寻找虚空恶魔族的情报，做好应对全面战争的准备。”
一周后，跨域联盟在圣辉城召开了战后总结大会。各文明代表一致同意，将晶体行星作为联盟的军事基地，加快晶体能量武器的研发；同时成立“跨域情报总局”，由卡莎担任局长，负责收集深渊文明和虚空恶魔族的情报；虫群则负责在暗影虚空的边缘建立防御工事，防止深渊文明的突然袭击。大会结束后，联盟的所有成员都投入到紧张的备战中，一场更大的风暴正在悄然酝酿。