贞观十三年（公元639年，己亥年）
春天正月乙巳日，皇帝的车队去拜谒献陵；丁未日，回到宫中。
戊午日，给左仆射房玄龄加封为太子少师。房玄龄觉得自己担任宰相之位已经十五年了，儿子房遗爱娶了皇帝的女儿高阳公主，女儿又成了韩王的王妃，他特别害怕太满招损，就上表请求辞去宰相的职务，皇帝没答应。房玄龄坚持不停地请求，皇帝没办法，下诏不准他再上奏表，他这才继续任职。太子想要拜见房玄龄，还专门安排了仪仗卫队等着他，房玄龄却不敢去见，直接回家了，当时的人都夸赞他懂得谦让。房玄龄觉得度支这个职位关系到国家的利害，之前一度空缺，一直没找到合适的人，于是他就亲自兼任了这个职位。
礼部尚书永宁懿公王珪去世了。王珪这人性格宽厚，对自己的生活待遇要求很低。当时，三品以上的官员都建立了家庙，王珪显贵已经很久了，却还只是在自己的寝室祭祀祖先。这事儿被司法部门弹劾，皇帝没追究，还让有关部门给他立家庙，算是让他惭愧惭愧。
二月庚辰日，任命光禄大夫尉迟敬德为鄜州都督。
皇帝曾经问尉迟敬德：“有人说你要造反，这是咋回事啊？”尉迟敬德回答说：“我造反这事儿还真有！我跟着陛下南征北战，历经了上百场战斗，能活到现在，那可都是从枪林箭雨中死里逃生的。如今天下都安定了，您反倒怀疑我要造反吗！”说完就把衣服脱下来扔在地上，露出身上的伤疤。皇帝看了都感动得流泪，说：“你快把衣服穿上，我不怀疑你，才跟你说这事儿，你咋还不高兴啦！”
皇帝还曾经对尉迟敬德说：“我想把女儿嫁给你，你觉得咋样？”尉迟敬德赶紧磕头感谢说：“我老婆虽然出身普通，长相也一般，但我们一起过了这么多年苦日子。我虽然没什么学问，但也听说过古人富贵了也不换老婆，这不是我想要的。”皇帝听他这么说，就打消了这个念头。
戊戌日，尚书上奏说：“最近这些年，宫廷里选拔宫女和东宫内职人员，有的来自地位低微的家族，根本没学过什么礼仪规矩；有的甚至是犯了罪被处刑的人家，家里积攒了一堆忧愁怨恨。请从现在开始，后宫和东宫内职有空缺的时候，都选拔那些出身清白、有才能品行的良家女子，按照礼仪聘请进来；那些因为犯罪被没收为官奴的，还有向来出身低贱的人，都不能再补用。”皇帝同意了这个建议。
皇帝之前下诏让宗室和大臣们世袭刺史的职位，左庶子于志宁觉得古今情况不同，这种做法恐怕不是长久安定的办法，就上疏劝阻。侍御史马周也上疏说：“尧、舜这样的圣君，他们的儿子丹朱和商均也不成器。要是让小孩子继承职位，万一他又骄纵又愚蠢，老百姓可就遭殃了，国家也会跟着衰败。要是想断绝他的职位吧，可他又像子文那样有治理才能；要是想留着他的职位，可他又像栾黡那样恶行昭彰。与其让活着的老百姓遭殃，还不如对已经去世的大臣割舍恩情，这道理很明显啊。所以说，之前以为是爱护他们，实际上恰恰是害了他们。我觉得应该给他们封土地，给他们食邑，要是他们真有才能品行，再根据能力授予官职，这样既能让他们感受到皇恩浩荡，子孙后代也能一直享受福禄。”
正好司空、赵州刺史长孙无忌等人都不想去自己的封地当刺史，就上表坚决推辞，说：“自从接受了这份恩典，我整天提心吊胆，就像走在春天的薄冰上；宗室亲戚们也都忧心忡忡，就像置身于水火之中。想想夏、商、周三代实行封建制，那是因为当时的势力没办法控制，所以就顺着形势给他们好处，很多礼乐制度，都不是自己制定的。两汉时期废除诸侯，设置郡守，消除了以前的弊端，这才符合实际情况。现在因为我们这些人，又要改变制度，恐怕会扰乱朝廷的纲纪。而且后世那些愚蠢、不成器的子孙，说不定会触犯国家法律，自己招来杀身之祸，再因为世袭的赏赐，导致整个家族灭绝，实在是让人痛心。希望陛下收回成命，给我们留条生路。”长孙无忌又通过儿媳妇长乐公主，在皇帝面前坚决请求，还说：“我跟着陛下出生入死，好不容易天下太平了，为啥要把我赶到外地去，这跟流放有啥区别！”皇帝说：“割地分封功臣，这是从古到今的惯例，我是希望你们的后代能辅佐我的子孙，一起让国家长治久安。可你们却抱怨不满，难道我是在强迫你们接受封地吗！”庚子日，皇帝下诏停止世袭刺史的制度。
高昌王麹文泰老是阻拦西域各国来朝贡，伊吾之前向西突厥称臣，后来又归附了唐朝，麹文泰就和西突厥一起攻打伊吾。皇帝写信严厉责备他，还征召他的大臣阿史那矩，说要和他商量事情，麹文泰不派人来，只派了长史麹雍来谢罪。颉利可汗灭亡的时候，有些在突厥的中原人逃到了高昌，皇帝下诏让麹文泰把这些人送回来，麹文泰却把他们藏起来，不送回去。他还和西突厥一起打败了焉耆，焉耆就来告状。皇帝派虞部郎中李道裕去查问情况，还对高昌的使者说：“高昌这几年，朝贡总是敷衍了事，一点藩臣的礼节都没有，设置的官号，都仿照我们唐朝，还修筑城墙、挖掘壕沟，准备打仗。我们的使者到了那儿，麹文泰还跟他说：‘老鹰在天上飞，野鸡在草丛里趴着，猫在堂上跑，老鼠在洞里啃东西，各有各的活法，难道我就不能自己生存吗！’他还派使者对薛延陀说：‘你既然当了可汗，就和天子平起平坐，干嘛要拜他的使者！’对待别人没有礼节，还挑拨邻国关系，做坏事不受到惩罚，那做好事的人怎么能得到鼓励呢！明年我就发兵攻打你们。”三月，薛延陀可汗派使者上奏说：“我受了陛下的大恩，一直想报答，请求让我率领部下为大军带路，去攻打高昌。”皇帝就派民部尚书唐俭、右领军大将军执失思力带着丝绸布匹赏赐给薛延陀，和他们商量怎么攻打高昌。
夏天四月戊寅日，皇帝到九成宫去。
当初，突厥突利可汗的弟弟结社率跟着突利入朝，担任中郎将。这结社率在家里游手好闲，不干正事，突利斥责了他，他就怀恨在心，诬告突利谋反，皇帝因此就有点看不起他，很久都没给他升官。结社率暗地里联络以前的部落成员，召集了四十多人，打算趁着晋王李治凌晨四更出宫的时候，宫门打开，卫队散开，他们就骑马冲进宫门，直奔皇帝的营帐，想着能立大功。甲申日，他们带着突利的儿子贺逻鹘，夜里埋伏在宫门外，结果赶上刮大风，晋王没出来。结社率怕天亮了事情败露，就直接攻打行宫，冲破了四层营帐，乱箭齐发，卫士死了几十人。折冲都尉孙武开等人带领士兵奋力反击，过了好一会儿，他们才退下去，然后冲进御马厩，抢走二十多匹马，往北逃跑，渡过渭水，想逃回自己的部落，结果被追上抓住，都给杀了，贺逻鹘被赦免，流放到岭南。
庚寅日，朝廷派武候将军上官怀仁去攻打巴、壁、洋、集四个州造反的獠人，把他们平定了，俘虏了六千多男女。
“内核解读”
贞观十三年（公元639年）史事：盛世下的君臣、制度与内外平衡