乾元二年，公元759年春季正月初一，史思明在魏州城北筑坛祭天，自称大圣燕王，任命周挚为行军司马。李光弼分析道：“史思明占据魏州却按兵不动，这是想让我军松懈，再用精锐部队趁我们不备发动突袭。我请求与朔方军一同进逼魏州，寻找机会和他决战。他吃过嘉山之战惨败的亏，必定不敢轻易出战。只要拖延时日，邺城就一定能攻克。届时安庆绪一死，他就没有借口驱使部众作乱了。”但鱼朝恩反对这个计策，此事便作罢。
初十，肃宗采纳王玙的建议，祭祀九宫贵神。二十七日，肃宗举行亲耕藉田的仪式。
镇西节度使李嗣业率军攻打邺城，不幸被流箭射中，二十八日去世，兵马使荔非元礼接替他统领军队。当初，李嗣业曾上表举荐段秀实为怀州长史，负责留守事务。当时各路军队长期驻守在外，军费耗尽、粮草短缺，只有段秀实能够转运粮草，还招募士兵、购买战马供应镇西行营，物资运输的队伍在路上络绎不绝。
二月十五日，发生了月全食。此前百官曾请求为皇后加尊号“辅圣”，肃宗就此询问中书舍人李揆，李揆回答：“自古以来皇后都没有尊号，只有韦皇后曾有过，这哪里值得效仿呢！”肃宗大惊道：“平庸之辈差点误了我的大事！”恰逢月食发生，这件事便搁置了。皇后于是与李辅国相互勾结，在宫中横行霸道，干预朝政，为他人谋求官职的请托没完没了。肃宗对此很不高兴，却又无可奈何。
郭子仪等九位节度使率军包围邺城，修筑了两层营垒，挖掘了三重壕沟，还堵住漳河水淹灌城池。城中的井水和泉水都溢出地面，军民只能搭建木棚居住。从冬天到第二年春天，安庆绪一直坚守城池，等待史思明救援。城中粮食耗尽，一只老鼠竟卖到四千钱，士兵们只好挖墙中的麦麸、拌马粪来喂马。官军都认为邺城朝夕之间就能攻克，可各路军队没有统一的统帅，进退行动都没有依据；城中有人想投降，却被深沟大水阻挡，无法出城。邺城久攻不下，官军上下军心涣散。
这时史思明才从魏州率军奔赴邺城，他命令部将们在距离邺城五十里的地方扎营，每个营寨每天擂鼓三百面，从远处威慑官军。又从每个营寨挑选五百名精锐骑兵，每天到城下抢劫骚扰，官军一出动，他们就四散逃回营寨。官军的人马、牛车每天都有损失，连打柴割草都变得十分困难——白天防备，敌军就夜里来；夜里防备，敌军又白天来。当时全国闹饥荒，官军的粮草运输，南边从江淮地区、西边从并州、汾州而来，车船接连不断。史思明派出许多壮士，让他们假冒官军的服装和旗号，去监督催促运粮队伍，斥责押运人员行动迟缓，还胡乱杀人，吓得运粮的人惊慌失措；运粮的车船聚集的地方，他们就偷偷放火焚烧。这些人往来不定、聚散无常，互相之间能认出身份，可官军的巡逻部队却察觉不到。从此各路官军都陷入缺粮的困境，士兵们人心涣散，随时可能溃散。史思明于是率领大军直抵邺城城下，约定日期与官军决战。
三月初六，官军的六十万步兵、骑兵在安阳河北岸列阵，史思明亲自率领五万精锐迎战。官军将士远远望见敌军人数不多，以为只是流动的游击部队，没有放在心上。史思明率军径直冲锋，李光弼、王思礼、许叔冀、鲁炅率军率先迎战，双方伤亡各半，鲁炅还被流箭射中。郭子仪率军紧随其后，还没来得及布阵，突然狂风大作，飞沙走石，拔起树木，天地间一片昏暗，近在咫尺都看不清人影。两军都大惊失色，官军溃散向南奔逃，叛军溃散向北奔逃，铠甲兵器、粮草辎重丢弃得沿路都是。郭子仪率领朔方军切断河阳桥，退守东京洛阳。此战官军损失惨重，上万匹战马最后只剩下三千匹，十万件铠甲兵器几乎全部遗失。东京的百姓惊慌失措，纷纷逃奔到山谷中，留守崔圆、河南尹苏震等官员则向南逃往襄州、邓州，各路节度使也都率领残部逃回自己的镇所。溃兵所到之处大肆抢掠，地方官吏无法制止，过了十天才安定下来。只有李光弼、王思礼的部队军纪严明，整顿队伍后全军撤回。
郭子仪抵达河阳，正打算谋划守城事宜，部队却陷入混乱，士兵们又纷纷逃向缺门。不久各路将领相继赶到，集结的士兵有数万人，大家商议放弃东京，退守蒲州、陕州。都虞候张用济劝谏道：“蒲州、陕州正闹饥荒，不如坚守河阳，等叛军来了，我们合力抵抗。”郭子仪采纳了他的建议，派都游弈使、灵武人韩游瑰率领五百骑兵先赶赴河阳，张用济则率领五千步兵随后跟进。叛军将领周挚率军赶来争夺河阳，因为来晚了一步，没能进城只好撤退。张用济便指挥部下士兵修筑南、北两座城池，派兵驻守。段秀实则率领将士的家属以及公私财物辎重，从野戍渡过黄河，在河清县南岸待命，荔非元礼率军赶到后，也在那里驻扎。各路将领都上表请罪，肃宗一律不予追究，只削夺了崔圆的官阶封爵，将苏震贬为济王府长史，削去他银青光禄大夫的官阶。
史思明确认官军已经溃散后，从沙河收拢整顿残部，率军退回邺城城南驻扎。安庆绪趁机收缴郭子仪等军营中的粮草，得到六七万石，于是和孙孝哲、崔乾佑密谋关闭城门，抗拒史思明。部将们纷纷反对：“现在怎么能再次背叛史王呢！”史思明既不与安庆绪互通消息，也不派兵向南追击官军，只是每天在军营中犒劳士兵。张通儒、高尚等人劝说安庆绪：“史王远道而来救援，我们都应该前去迎接谢恩。”安庆绪无奈道：“任凭你们暂且去一趟吧。”史思明见到张通儒等人，痛哭流涕，以厚礼相待后让他们返回。过了三天，安庆绪还是没有亲自前来。史思明暗中召见安太清，让他去诱骗安庆绪。安庆绪走投无路，无计可施，只好派安太清向史思明上表称臣，请求允许自己卸甲入城，献上皇帝的玉玺和绶带。史思明看完奏表，说：“何至于到这个地步！”于是把奏表拿给全体将士看，将士们都高呼万岁。随后史思明亲手写了一封慰问安庆绪的书信，信中自己并不称臣，还说：“希望与你结为兄弟之国，互为屏障、彼此支援。咱们三足鼎立，或许还有几分希望；至于让我向你行君臣跪拜之礼，我实在不敢接受。”说完把奏表原封不动地退回给安庆绪。安庆绪大喜过望，于是请求与史思明歃血结盟，史思明答应了。安庆绪率领三百名骑兵来到史思明的军营，史思明命令士兵全副武装、手持兵器严阵以待，然后带安庆绪和他的几个弟弟进入营帐。安庆绪快步上前，跪拜叩首道：“臣无能，不能担当重任，丢失了长安、洛阳两京，又长期被重兵围困，没想到大王看在先帝太上皇的情分上，远道赶来救援，让臣得以死里逃生，臣就算粉身碎骨，也无法报答大王的恩德。”史思明却突然勃然大怒，斥责道：“丢失两京，还算不得什么大罪。你身为人子，竟然杀死自己的父亲篡夺皇位，这是天地都不能容忍的大逆不道！我是为太上皇讨伐逆贼，岂能受你这些花言巧语的谄媚！”当即命令身边的人把安庆绪拉出去斩首，连同他的四个弟弟以及高尚、孙孝哲、崔乾佑等人全部处死；张通儒、李庭望等人则被授予官职。史思明率军进入邺城，收编了安庆绪的兵马，打开府库犒赏将士，安庆绪原先占据的州县和军队，全部归史思明所有。他又派安太清率领五千士兵攻取怀州，随后留安太清镇守怀州。史思明本想趁机向西进兵，又担心后方根基不稳，于是留下儿子史朝义镇守相州，自己率军返回范阳。
十八日，回纥的骨啜特勒、帝德等十五人从相州逃回西京长安，肃宗在紫宸殿设宴款待他们，赏赐的财物各有等差。二十四日，骨啜特勒等人辞别肃宗，返回行营。
二十五日，肃宗任命荔非元礼为怀州刺史，暂时代理镇西、北庭行营节度使。荔非元礼上任后，又任命段秀实为节度判官。
二十八日，肃宗任命兵部侍郎吕諲为同平章事；二十九日，将中书侍郎、同平章事苗晋卿改任太子太傅，王玙改任刑部尚书，二人都被免去宰相职务。又任命京兆尹李岘兼任吏部尚书，中书舍人兼礼部侍郎李揆为中书侍郎，与户部侍郎第五琦一同担任同平章事。肃宗对李岘格外恩宠信任，李岘也以治理国家为己任，军政大事大多由他独自决断。当时京城盗贼横行，李辅国请求挑选五百名羽林骑兵负责巡逻。李揆上疏劝谏：“从前西汉设置南北两军相互制衡，所以周勃才能凭借南军进入北军，最终安定刘氏天下。本朝设置南牙禁军和北牙禁军，文官和武将各司其职，相互监督。如今用羽林军代替金吾卫夜间警戒，万一发生突发变故，拿什么来制约他们呢！”肃宗于是打消了这个念头。
三十日，肃宗任命郭子仪为东畿、山东、河东诸道元帅，暂时代理东京留守；任命河西节度使来瑱兼任陕州刺史，担任陕、虢、华州节度使。
夏季四月初四，泽潞节度使王思礼在潞城东面击败史思明的部将杨旻。
太子詹事李辅国，从肃宗在灵武登基时起，就担任元帅行军司马，在宫中侍奉肃宗，负责传达皇帝的诏命，全国各地的奏章、军中的印信兵符、早晚的军中号令，全都交由他掌管。回到长安后，李辅国又专门掌管禁军，常常住在宫中的内宅里，皇帝的制书敕令必须经过他的签署，才能下发施行。宰相和各部门官员如果要在非上朝时间上奏议事，都必须通过李辅国禀报、领取圣旨。李辅国经常在银台门处理国家政务，无论事情大小，都由他口述当作制敕，写好后交付宫外执行，事情办完后再向肃宗奏报。他还设置了数十名察事官，暗中让他们在民间打探细微的事情，一旦发现线索就立即逮捕审问；凡是他下令追查的人，各个部门都不敢违抗。御史台、大理寺关押的重刑犯，有时还没审讯完毕，就被李辅国传唤到银台门，一下子全部释放。御史台、中书省、门下省三司以及府、县审理案件，都要先向李辅国请示禀报，量刑轻重全凭他的心意，他还常常谎称是皇帝的制敕来发号施令，没有人敢违抗。宦官们都不敢直呼他的官职，都称他为“五郎”。李揆出身于山东的名门望族，见到李辅国却要行子弟之礼，称他为“五父”。
李岘担任宰相后，在肃宗面前叩头劝谏，指出皇帝的制书敕令都应该由中书省起草发布，还详细陈述了李辅国专权乱政的种种罪状。肃宗幡然醒悟，赞赏李岘的正直，于是对李辅国此前的所作所为做了很多变更，罢免了他设置的察事官。李辅国因此请求辞去行军司马的职务，甘愿回到原来的本官任职，肃宗没有批准。初六，肃宗颁布制书：“近来因为军务繁忙、国政繁重，有时会口头传达敕令处理事务。从现在起，所有各类索取物资以及用杖刑发配囚徒的行为，一律停止。如果不是正式颁布的敕令，全都不得执行。朝廷内外的各项事务，分别归各个主管部门负责。英武军虞候以及六军的各位将领、各个部门，近来有时因为争执，就擅自派人拘捕审讯，从现在起一切案件都必须经过御史台、京兆府审理。如果主管部门判决不公，允许当事人上奏说明情况。各项法令条文，除了十恶、杀人、奸淫、盗窃、伪造文书之外，其余繁琐多余的条款全部删除，委托中书省、门下省和执法官员详细审定后上奏。”李辅国从此开始忌恨李岘。
初八，朝廷设置陈、郑、亳节度使，任命邓州刺史鲁炅担任此职；任命徐州刺史尚衡为青、密等七州节度使；任命兴平军节度使李奂兼任豫、许、汝三州节度使，各自在辖区的边境驻守防御。
九位节度使在相州溃败后，鲁炅所率领的部队抢掠最为严重。鲁炅听说郭子仪退守黄河岸边、李光弼返回太原后，又羞又怕，服毒自尽。
史思明在范阳自称大燕皇帝，改年号为顺天，册封他的妻子辛氏为皇后，儿子史朝义为怀王，任命周挚为宰相，李归仁为将军，还将范阳改称为燕京，各州改称为郡。
十二日，朝廷任命鸿胪卿康谦为同平章事。康谦是胡人，经商十分富有，安禄山叛乱时，他依附叛军，后来投降朝廷，因此得以被任命为宰相。
回纥的毘伽阙可汗去世，他的长子叶护此前已经被杀，回纥人便拥立他的小儿子为新可汗，这就是登里可汗。回纥人想让宁国公主为毘伽阙可汗殉葬，公主说：“回纥人仰慕中原的风俗，才迎娶中原的女子为妻。如果想要遵从你们本族的习俗，当初又何必远隔万里与大唐联姻呢！”不过公主还是按照回纥的习俗，划破脸颊痛哭致哀。
凤翔马坊的押官犯了抢劫罪，天兴县尉谢夷甫将他逮捕并处死。押官的妻子为丈夫鸣冤告状。李辅国原本出身于飞龙厩，于是下令监察御史孙蓥审理此案，孙蓥核查后认为谢夷甫没有冤枉押官。李辅国又派御史中丞崔伯阳、刑部侍郎李晔、大理卿权献一同复审，结果与孙蓥的结论一致。但押官的妻子仍然不服。李辅国又派侍御史、太平人毛若虚审理此案。毛若虚是个奸邪狡诈的人，为了迎合李辅国的心意，将罪责全部推到谢夷甫身上。崔伯阳气愤不已，召见毛若虚进行责问，还打算上奏弹劾他。毛若虚抢先一步跑到肃宗面前申诉，肃宗把毛若虚藏在帘子后面。不久崔伯阳赶到，上奏说毛若虚依附宦官，审理案件不公正。肃宗勃然大怒，呵斥崔伯阳让他出去。随后崔伯阳被贬为高要县尉，权献被贬为桂阳县尉，李晔和凤翔尹严向都被贬到岭南担任县尉，孙蓥被削除官籍，流放到播州。吏部尚书、同平章事李岘上奏，称崔伯阳等人无罪，对他们的处罚太重了。肃宗却认为李岘和他们结党营私，五月初十，将李岘贬为蜀州刺史。右散骑常侍韩择木入朝奏对，肃宗对他说：“李岘企图独揽大权，现在我把他贬到蜀州，我还觉得自己用刑太宽大了。”韩择木回答：“李岘直言进谏，并不是专权。陛下对他宽大处理，只会增加陛下的圣德啊。”不久，毛若虚被提拔为御史中丞，在朝廷中作威作福，气焰嚣张。
五月十一日，肃宗任命滑、濮节度使许叔冀为汴州刺史，担任滑、汴等七州节度使；任命试汝州刺史刘展为滑州刺史，担任节度副使。
六月十七日，朝廷从朔方节度使的辖区中分设出邠、宁等九州节度使。
观军容使鱼朝恩向来嫉恨郭子仪，便借着郭子仪兵败相州的机会，在肃宗面前诋毁他。秋季七月，肃宗将郭子仪召回长安，任命李光弼接替他担任朔方节度使、兵马元帅。朔方军的士兵们痛哭流涕，拦住传达圣旨的宦官，请求留下郭子仪。郭子仪哄骗他们说：“我只是去饯别宦官，并没有真的要离开。”说完就跃马离去。
李光弼希望能有一位亲王担任自己的副手，十七日，肃宗任命赵王李系为天下兵马元帅，李光弼为副元帅，同时让李光弼总管各路节度使的行营兵马。李光弼率领五百名河东骑兵奔赴东京洛阳，夜里进入朔方军的军营。李光弼治军严明，刚一到任，号令一经下达，士兵的精神面貌、营垒的布置、旌旗的气势就全都焕然一新。当时朔方军的将士们都喜欢郭子仪的宽厚，而畏惧李光弼的严厉。
左厢兵马使张用济率军驻守河阳，李光弼发檄文召他前来。张用济抱怨道：“朔方军又不是叛军，李元帅夜里进入军营，怎么如此不信任我们！”他便和其他将领商议，打算率领精锐部队突袭东京，赶走李光弼，重新请回郭子仪。张用济命令士兵们都穿上铠甲、骑上战马，口中衔枚，等待起兵的号令。都知兵马使仆固怀恩劝阻道：“邺城溃败时，郭元帅率先领兵撤退，朝廷追究主帅的责任，才罢免了他的兵权。现在我们赶走李元帅，强行请回郭元帅，这是违抗朝廷的命令，和谋反有什么区别呢！”右武锋使康元宝也说：“您率领军队请回郭元帅，朝廷一定会怀疑这是郭元帅指使您干的，这会害得他家破人亡啊。郭元帅全家上下，哪里有对不起您的地方呢！”张用济这才放弃了计划。李光弼率领数千名骑兵向东来到汜水，张用济单人独骑前来拜见。李光弼斥责他接到檄文后没有按时赶到，下令将他斩首，任命部将辛京杲接替他统领部队。
不久仆固怀恩也赶到了，李光弼请他入座，和他谈话。没过多久，守门的士兵报告：“有五百名吐蕃、回纥骑兵到了。”李光弼脸色大变。仆固怀恩连忙起身走出去，召见自己的部将，假意责备他们说：“我明明告诉你们不要来，为什么要执意违抗我的命令！”李光弼见状说道：“士兵们跟随主将，又有什么罪过呢！”下令赏赐他们牛和酒。
二十三日，肃宗任命潞沁节度使王思礼兼任太原尹，担任北京留守、河东节度使。