大中十二年，公元858年春季，正月，朝廷任命康王傅、分司东都的王式为安南都护、经略使。王式有才干谋略，抵达交趾后，用芀木建造营寨栅栏，坚固得可以支撑数十年；在栅栏外挖掘深沟，排泄城中积水，沟外栽种竹子，敌军难以进犯；他还挑选士兵加以训练，部队作战十分勇猛。不久，南蛮大举来犯，屯兵于锦田步，距离交趾只有半天的路程。王式神色安闲，派遣翻译前去劝谕，言语切中敌军要害，南蛮军队连夜撤退，还派人前来道歉说：“我们只是来捉拿叛乱的獠人，并非要侵犯唐朝边境。”安南都校罗行恭长期独揽府中政务，麾下有两千精兵，而都护府的中军只有几百名老弱士兵。王式到任后，下令杖打罗行恭的脊背，将他贬黜到边境戍守。
当初，户部侍郎、判度支刘瑑担任翰林学士时，就深受宣宗器重。此时他正担任河东节度使，宣宗亲手写下诏书征召他入朝。刘瑑接到诏书后，立即上奏请求从河东出发，朝廷外的人这才知道这件事。正月二十五日，朝廷任命刘瑑为同平章事。刘瑑是刘仁轨的五世孙。刘瑑与崔慎由在宣宗面前商议政事，崔慎由说：“治理国家，应当甄别官员的门第品级，以此略微报答陛下的知遇之恩。”刘瑑反驳道：“从前王衍崇尚浮华虚无，随意划分士族品级，最终导致中原地区沦为废墟。如今正值政治清明的盛世，应当依据官员的实际才能授予相应职务，使其各司其职；如果把甄别门第品级放在首位，臣无法预见天下大治的那一天。”崔慎由无言以对。轩辕集抵达长安后，宣宗召他入宫，问道：“长生不老之术可以学到吗？”轩辕集回答说：“君王只要摒弃欲望，崇尚德行，自然会蒙受上天赐予的长久福分，哪里还需要再去寻求长生不老呢？”轩辕集在宫中逗留了几个月，坚决请求返回罗浮山，宣宗最终同意放他回去。
二月初一，朝廷下令取消公卿大臣朝拜光陵的礼仪，以及在唐穆宗忌日到寺庙烧香的活动，将所有守陵宫人全部迁往其他皇陵。
二月初五，朝廷任命中书侍郎、同平章事崔慎由为东川节度使。
宣宗想要登上城楼颁布大赦令，令狐綯进言说：“登楼大赦耗费巨大，必须要有正当理由，而且大赦诏令不能频繁颁布。”宣宗听后很不高兴，说：“你让朕找什么理由才合适！”崔慎由说：“陛下至今尚未册立太子，天下百姓都在期盼。如果举行册立太子的大典，就算是举行郊祀大典都可以，更何况是登楼大赦呢！”当时宣宗正在服用方士炼制的丹药，已经出现烦躁口渴的症状，但朝廷外的人并不知道这件事，宣宗的疑心和猜忌正日渐深重，听到崔慎由的话后，低下头不再言语。十天后，崔慎由就被罢免了宰相职务。
勃海王李彝震去世。二月二十日，朝廷立他的弟弟李虔晃为勃海王。
夏季，四月，朝廷任命右街使、驸马都尉刘异为邠宁节度使。刘异娶了安平公主为妻，安平公主是宣宗的妹妹。
四月初八，岭南都将王令寰发动叛乱，囚禁了节度使杨发。
四月十六日，朝廷任命兵部侍郎、盐铁转运使夏侯孜为同平章事。
五月初四，工部尚书、同平章事刘瑑去世。刘瑑病重期间，还亲手撰写奏疏议论朝政，宣宗对他的离世深感惋惜。
朝廷任命右金吾大将军李燧为岭南节度使，已经派宦官使者向他赐授节度使符节，给事中萧放却将任命诏书封还。当时宣宗正在欣赏奏乐，来不及另外召见宦官使者，就派伶人去追回符节，使者的符节刚送到李燧家门口就被追回了。萧放是萧俛的堂弟。五月十九日，朝廷任命泾原节度使李承勋为岭南节度使，调发相邻各道的军队讨伐叛军，最终将叛乱平定。
同一天，湖南发生军乱，都将石载顺等人驱逐了观察使韩悰，杀死都押牙王桂直。韩悰因为对待将士们不讲礼节，所以招致杀身之祸。
六月初五，江西发生军乱，都将毛鹤驱逐了观察使郑宪。
起初，安南都护李涿治理地方贪婪残暴，强行购买蛮族的牛马，一头牛或一匹马只给一斗盐作为报酬，还杀害了蛮族酋长杜存诚。蛮族各部心怀怨恨，于是引导南诏军队侵犯唐朝边境。峰州有个林西原，原本驻扎着六千名防御冬季敌军进犯的士兵，林西原附近有个七绾洞蛮，酋长名叫李由独，一直协助唐朝戍守边境，按时缴纳租税。掌管峰州事务的官员向李涿进言，请求撤销戍守士兵，将防御事务全权委托给李由独。从此李由独势单力薄，难以维持自身统治，南诏拓东节度使写信引诱他，把自己的外甥女嫁给李由独的儿子为妻，任命李由独为拓东押牙，李由独于是率领部众向南诏臣服。从这以后，安南地区开始频繁遭到蛮族侵扰。当月，蛮族军队进犯安南。
秋季，七月初五，宣州都将康全泰发动叛乱，驱逐了观察使郑薰。郑薰逃往扬州。
七月初六，右补阙内供奉张潜上疏说：“藩镇节度使在调任交接的时候，都会上奏仓库中积蓄的财物数量，把盈余的财物多当作自己的政绩，朝廷也因此对他们加以表彰奖赏。臣私下认为，藩镇的财赋收入有固定的来源，如果不是加重赋税、克扣将士的衣粮俸禄，盈余的财物从哪里来呢！近来南方各镇多次发生动乱，都是这个原因。一旦发生兵变，积蓄的财物就会被洗劫一空；朝廷还要调兵遣将前去讨伐，耗费的军费是平时的百倍，这样一来朝廷最终能得到什么好处呢！恳请陛下从今以后，要求藩镇长官不得增加赋税，不得削减士兵的粮饷赏赐，只需要节省游玩宴饮的开支，裁减不必要的费用，能做到这些还能有财物盈余的人，再对他们进行奖赏。”宣宗对他的建议表示赞许并予以采纳。容管经略使上奏，称都虞候来正图谋叛乱，经略使宋涯将他逮捕处死。起初，忠武军的精锐士兵都头戴黄色头盔，号称黄头军。李承勋率领一百名黄头军平定了岭南叛乱，宋涯于是让麾下士兵效仿黄头军的装束，也平定了容州的动乱。安南有一批刁民，屡次发动叛乱，听说黄头军的威名后，惊慌失措地说：“黄头军渡海来攻打我们了！”于是他们连夜包围了交趾城，擂鼓呐喊道：“我们愿意送都护返回北方，这座城池我们要用来抵御黄头军。”当时王式正在吃饭，有人劝他出城躲避，王式说：“我只要一动，交趾城就会立刻陷落。”他慢慢吃完饭，身披铠甲，率领身边侍从登上城楼，竖起大将旗帜，端坐城楼斥责叛军，叛军见状纷纷掉头逃跑。第二天，王式将叛军全部逮捕处死。有个叫杜守澄的人，从南朝齐、梁时期就率领部众占据溪洞，朝廷一直无法制服他。王式用离间计挑拨他和亲信党羽的关系，杜守澄最终兵败逃亡，死在外地。安南地区接连遭遇饥荒和动乱，连续六年没有向朝廷缴纳赋税贡品，军中也没有钱物犒赏士兵。王式到任后，才开始重新向朝廷缴纳赋税贡品，犒赏将士。占城、真腊等国也重新派遣使者与唐朝通好。
淮南节度使崔铉上奏，称已经出兵讨伐宣州叛军。八月初四，朝廷任命崔铉兼任宣歙观察使。八月初九，朝廷任命宋州刺史温璋为宣州团练使。温璋是温造的儿子。
黄河南北、淮南地区发生严重水灾，徐州、泗州一带的洪水深达五丈，淹没了数万户人家。
冬季，十月，建州刺史于延陵入朝辞行，宣宗问他：“建州距离京城有多远？”于延陵回答说：“八千里。”宣宗说：“你到任之后，治理地方的好坏，朕都了如指掌，不要以为建州地方偏远。这里的台阶之前，就如同万里之遥，你明白吗？”于延陵吓得惊慌失措，语无伦次。宣宗安抚了他一番，然后打发他赴任。于延陵到任后，最终因政绩不佳被贬为复州司马。
令狐綯打算任命李远为杭州刺史，宣宗说：“朕听说李远写过这样一句诗：‘长日惟消一局棋’，这样的人怎么能治理好百姓呢！”令狐綯说：“诗人只是借这句话抒发闲适的心情罢了，未必真的如此。”宣宗说：“那就暂且让他去试试吧。”宣宗下诏规定，刺史职位出现空缺，不得由本地官员就地升任，必须让候选人前往京城，宣宗当面考察他们的才能，然后再正式任命。令狐綯曾经将自己的旧友调任为相邻州郡的刺史，让他直接从便道赴任，不必来京城朝见。宣宗看到这位官员的谢恩奏表后，就这件事询问令狐綯，令狐綯回答说：“因为他赴任的路途比较近，这样可以省去迎接送往的麻烦。”宣宗说：“朕因为刺史大多不称职，成为百姓的祸患，所以想要亲自召见每一位刺史，询问他们的施政方略，了解他们的优劣，以便进行升降任免。然而诏令已经颁布，你却直接搁置不用，宰相的权力真是让人畏惧啊！”当时天气正寒冷，令狐綯却吓得汗水浸透了厚厚的皮袍。
宣宗临朝听政时，接待应对群臣如同招待宾客一般礼遇有加，即使是身边的侍从近臣，也从未见过他有懈怠的神情。每当宰相上奏政事时，旁边没有一个人站立，宣宗的威严让人不敢抬头仰视。奏事结束后，宣宗会忽然神色怡然地说：“现在可以说些闲话了。”然后就询问民间的琐事，有时谈论宫中的游乐宴饮，无话不谈。大约过了一刻钟，宣宗又会神色严肃地说：“你们这些人要好好处理政务，朕常常担心你们辜负朕的期望，以后就再也没有机会相见了。”说完就起身回宫。令狐綯对人说：“我执掌朝政十年，最受皇上的恩宠礼遇；然而每次在延英殿奏事，没有一次不是汗流浃背的！”
起初，山南东道节度使徐商因为管辖的疆域地势险要、面积广阔，向来盗贼横行，于是挑选了几百名精兵，另外设置军营加以训练，号称捕盗将。等到湖南发生驱逐主帅的军乱，宣宗下诏命令徐商前去讨伐。徐商派遣两百名捕盗将前往湖南，平定了叛乱。
崔铉上奏，称攻克宣州，斩杀康全泰及其党羽四百多人。
宣宗因为光禄卿韦宙的父亲韦丹在江西担任地方官时留下仁惠的政绩，于是任命韦宙为江西观察使，调发相邻各道的军队讨伐毛鹤。
崔铉因为宣州已经平定，请求辞去宣歙观察使的职务。十一月十八日，朝廷任命温璋为宣歙观察使。
兵部侍郎、判户部蒋伸从容地对宣宗说：“近来官职似乎很容易得到，很多人都心存侥幸。”宣宗惊讶地说：“如果真是这样，天下就要大乱了！”蒋伸回答说：“大乱倒还没有发生，但是心存侥幸的人越来越多，发生动乱也并非难事。”宣宗听后连连赞叹。蒋伸起身三次想要告辞，宣宗三次挽留他，说：“以后恐怕再也不能单独和你谈论政事了。”蒋伸没有明白宣宗的言外之意。十二月二十五日，朝廷任命蒋伸为同平章事。
韦宙上奏，称攻克洪州，斩杀毛鹤及其党羽五百多人。韦宙路过襄州时，徐商派遣都将韩季友率领捕盗将跟随他一同前往江西。韦宙抵达江州后，韩季友请求率领部众连夜从陆路秘密行军，等到天亮时，已经抵达洪州，洪州人毫无察觉，当天就平定了叛乱。韦宙上奏朝廷，请求将两百名捕盗将留在江西，任命韩季友为都虞候。
大中十三年，公元859年春季，正月初一，宣宗大赦天下。
三月，朝廷将河东道的云州、蔚州、朔州三州划归大同军管辖。
夏季，四月初五，朝廷任命校书郎于琮为左拾遗内供奉。起初，宣宗想要让于琮娶永福公主为妻，不久之后又中止了这个打算。宰相询问其中的缘故，宣宗说：“朕最近和这个女儿一起吃饭，她竟然当着朕的面折断了筷子。她的性情如此暴躁，怎么能做士大夫的妻子呢！”于是改命于琮娶广德公主为妻。永福公主和广德公主都是宣宗的女儿。
武宁节度使康季荣不体恤士兵，士兵们聚众喧哗，将他驱逐。宣宗因为左金吾大将军田牟曾经镇守过徐州，有才能出众的名声，于是再次任命他为武宁节度使，徐州一带很快就恢复了安定。康季荣被贬到岭南。