“能否用‘牛痘’代替‘人痘’？”徐文亮在一次医官会议上提出。他从海外商旅口中得知，西域有人用牛痘（牛感染的轻微天花）给人接种，安全性更高。
凌云立刻意识到这是突破方向。他派弟子赴广州，从葡萄牙商人处换来一头患轻微牛痘的奶牛，取其痘浆，在应天府孤儿院挑选20名健康孩童试验。经过三个月观察，20名孩童均未感染天花，且体内产生了抗体。
“成功了！”当试验结果传来，凌云激动得彻夜未眠。他将这一方法命名为“牛痘接种术”，写入医典“防疫卷”，并附详细步骤：“取牛痘浆少许，以银针蘸取，点入孩童两臂外侧皮内，三日结痂，七日脱落，终身免疫。”
此外，医典还收录了针对“肺痨”（肺结核）的“月华丸”（用天冬、麦冬、生地等滋阴润肺）、针对“消渴”（糖尿病）的“玉泉散”（用葛根、天花粉生津止渴）、针对“破伤风”的“玉真散”（用天南星、防风祛风镇痉）等新药方。这些药方皆经过至少50例临床验证，有效率在80%以上，远超古方。
“防疫卷”的编纂，源于凌云对“疫病传播规律”的总结。
三年试点期间，他目睹了七次疫情：应天的水痘、苏杭的霍乱、北疆的寒疫……每次疫情爆发，官医局都是“头痛医头，脚痛医脚”，被动救治。直到在登州平定霍乱时，他发现“隔离病患、消杀环境、检疫往来”三管齐下，能迅速控制疫情蔓延。
“防疫如防火，重在‘防’而非‘救’。”凌云在防疫卷序言中写道，“若等疫病爆发再治，犹如杯水车薪；唯有平日做好隔离、消杀、检疫，方能防患于未然。”
为此，他详细规定了“隔离三法”：轻症患者居家隔离，由医官定期送药；重症患者送“隔离医馆”，家属不得探视；密切接触者集中“检疫所”，观察14日无恙方可离开。消杀法则包括“艾草熏屋”“石灰洒道”“沸水煮衣”等，针对不同疫病选用不同方法。检疫法则要求“凡入城者，必查体温、观气色、问行程，有可疑者暂留观察”。
这些防疫法并非凌云凭空创造。他参考了《礼记·月令》中“孟春之月，命祀山林川泽，牺牲毋用牝。禁止伐木，毋覆巢，毋杀孩虫、胎夭飞鸟”的生态防疫思想，结合现代医学的“传染源—传播途径—易感人群”理论，形成了系统的防疫体系。
书稿完成后，凌云将其呈送朱元璋。朱元璋在奉天殿召见三人，亲自翻阅书稿，时而点头，时而蹙眉。当他看到解剖图时，沉默良久，问道：“凌爱卿，绘制这些图，可曾遭非议？”
凌云如实回答：“臣等曾遭儒士反对，谓‘有违人伦’。然臣以为，医道以救人为本，若因循守旧而不敢直面人体，何谈治病救人？”
朱元璋闻言，突然大笑：“好一个‘医道以救人为本’！朕准了！此书不仅要藏于太医院、国子监，更要刻成简装本，发往各省官医局，供民间医者借阅！”他提笔在书稿上写下“凌氏医典”四字，笔锋如刀，力透纸背：“朕要天下医者皆知，医道非秘术，乃活人之学！”
工部接到圣旨后，立即行动。选用浙江开化产的“澄心堂纸”，以松烟墨手工印刷，每部医典分“解剖卷”“药理卷”“防疫卷”“临证卷”四册，用锦缎函套装订100部，藏于太医院秘阁、国子监藏书楼、各省官医局正堂；另制简装抄本500部，用竹纸印刷，供民间医馆购买或借阅。
付梓当日，太医院内外张灯结彩。凌云望着堆积如山的书册，想起两年来的艰辛：无数个不眠之夜，反复推敲的药方，与保守派的争论，还有李二牛遗体捐赠时的震撼……这一切，都凝聚在这部医典中。
“大人，您在序言中写的‘愿天下无庸医，人间少病痛’，何时能实现？”林砚问道。
凌云望着窗外，目光深邃如海：“今日付梓，只是开始。若后世医者皆能以医典为鉴，精益求精，则‘无疫之国’可期矣。”
夕阳西下，秘阁内的烛火次第亮起。凌云、林砚、徐文亮三人围坐案前，校对着即将发行的医典副本。他们的身影被烛光拉得很长，投射在墙上，与墙上悬挂的“医道仁心”匾额融为一体。这部承载着无数心血的《凌氏医典》，即将如星火般燎原，照亮大周王朝的医疗未来。