民国十七年，扬州城有个药材商人，名叫黄三郎。此人三十来岁，经营祖上传下的“济生堂”，家底颇厚，却是个出了名的吝啬鬼。他收药材压价极狠，卖药材漫天要价，逢年过节从不肯施舍乞丐一个铜板。街坊私下都说：“黄三郎的钱，是拿铁耙子从地缝里抠出来的。”
这年秋天，黄三郎到江北收药材。一日黄昏，他在江边小镇投宿，刚坐下吃面，就见门口走进来个女子。这女子二十出头模样，穿着身洗得发白的蓝布衫，头发梳得整齐，面若桃花，眼似秋水，虽是荆钗布裙，却掩不住一股子说不出的风情。
她走到黄三郎桌前，轻声说：“先生行行好，我家乡遭了水灾，父母双亡，如今流落至此，求先生收留我做丫鬟，只求温饱。”
黄三郎打量她一番，心中盘算：这女子容貌出众，带回扬州，或可卖给大户人家做妾，能得不少钱。就算自己留着使唤，也不亏。于是故作慈悲道：“我黄某人最是心善，你既如此可怜，便随我回去吧。”
女子自称姓霍，名小玉。黄三郎问她是哪里人，她只说“南边水乡”，便不再多言。
回到扬州，黄三郎原打算将霍小玉安置在后院做些粗活，谁知这女子却主动要求住进临河的小阁楼。那阁楼本是堆放杂物之地，潮湿阴冷，黄三郎自然答应。奇怪的是，自霍小玉住进去，那阁楼竟时常飘出淡淡香气，似兰非兰，似麝非麝。
几日后，黄三郎带霍小玉出门，想探探行情，看哪家愿出高价买她。路过茶楼，说书先生正讲“河神娶亲”的故事，说那运河里的河神每三年要娶一个新娘，否则就要发大水淹了扬州城。霍小玉听得入神，眼中闪过一丝异色。
次日，黄三郎带霍小玉去拜访城东的绸缎庄赵老板。赵老板年过五十，刚死了三姨太，正想再纳一房。见到霍小玉，赵老板眼都直了，当场出价五百大洋。黄三郎心中暗喜，正待答应，霍小玉忽然轻声在他耳边说：“黄老爷，您可知赵老板家中那口井里，泡着三具尸骨？”
黄三郎一惊，再看赵老板满面红光的样子，竟觉得有几分狰狞。他推说要考虑几日，匆匆告辞。回去的路上，黄三郎追问霍小玉如何知道赵家井里有尸骨，霍小玉只是笑：“我闻到了死气。”
又过了几日，扬州商会副会长钱老爷派人来，愿出八百大洋买霍小玉做填房。黄三郎兴冲冲带人过去，霍小玉又在他耳边低语：“钱老爷的第三房姨太是被他活活打死的，就埋在花园牡丹花下。”
黄三郎半信半疑，偷偷打听，果然钱家三姨太三个月前“暴病身亡”，下人都说死得蹊跷。黄三郎吓出一身冷汗，再不敢轻易卖霍小玉。
说来奇怪，自从霍小玉住下，黄三郎的生意忽然红火起来。他去江北收药材，总能遇到急于脱手的药农，低价收到上等货；回到扬州，又总有外地客商高价收购。不到半年，黄三郎的财富翻了一番。
渐渐地，黄三郎对霍小玉起了别样心思。这女子不仅貌美，还通晓文墨，能帮他记账，说话做事滴水不漏。一日酒后，黄三郎借着酒劲摸进小阁楼，却见霍小玉正对着一面铜镜梳头，镜中映出的不是她的脸，而是一汪深不见底的碧水。
黄三郎揉了揉眼，再看时，镜中已是霍小玉平静的面容。她转过身，幽幽地说：“黄老爷，有些东西，看见了便不能回头了。”
黄三郎酒醒大半，讪讪退了出来。那夜他做了个梦，梦见自己沉在河底，四周都是水草，霍小玉穿着大红嫁衣，从远处缓缓走来。
第二日，扬州城里传出怪事：运河边上那间荒废多年的河神庙，夜里忽然亮起了灯。有人远远看见，庙里有个红衣女子在走动。
药铺对面开茶楼的王寡妇找到黄三郎，神神秘秘地说：“黄老板，你家那个霍姑娘，我瞧着不像凡人。”王寡妇年轻时做过巫婆，懂些门道，“我观察她好些日子了，她走路脚不沾尘，雨天鞋不沾泥。还有，她从来不碰荤腥，只吃瓜果蔬菜。”
黄三郎嘴硬：“那又如何？有人天生吃素。”
王寡妇压低声音：“前几日我起夜，看见她从外面回来，那时已过子时。她走到河边，身子一晃就不见了。过了约莫一炷香功夫，又从水里走出来，身上滴水不沾。”
黄三郎心里打鼓，面上却呵斥王寡妇不要胡说。等王寡妇走了，他悄悄观察霍小玉，果然见她每日黄昏必到河边散步，有时一去就是个把时辰。
转眼到了腊月，黄三郎的药材生意越发兴旺，他开始挥霍起来。先是在城西买了座三进大宅，又添了两个丫鬟、三个长工。他不再亲自收药材，整日流连赌场妓院，结交些狐朋狗友，听他们奉承自己是“扬州第一善人”——原来霍小玉建议他拿出少许钱财，在城门口施粥，博了个好名声。
这期间，黄三郎又动过卖掉霍小玉的念头。一次，一个南京来的富商出价一千大洋，黄三郎心动不已。正要签契那日，霍小玉忽然病倒，面色苍白如纸。黄三郎请来郎中，郎中把脉后连连摇头：“这脉象古怪，似有似无，老夫行医四十年从未见过。”
当夜，扬州城下了场罕见的暴雨，运河水位暴涨，险些决堤。更奇的是，那富商住的客栈半夜起火，虽未伤及人命，但富商受惊，第二日匆匆离开扬州，买人之事不了了之。
霍小玉病了三日，第四日清晨竟痊愈了，面色红润如初。黄三郎心中疑虑更深，却不敢再提卖她之事。
第二年开春，黄三郎已成了扬州城有头有脸的人物。他越发骄纵，开始放高利贷，利滚利，逼得不少人家破人亡。城东李秀才借他二十大洋给老母治病，三个月后竟要还一百大洋，还不上，黄三郎便命人拆了李家祖屋抵债。李秀才气不过，一头撞死在黄家大门上。
此事在扬州城闹得沸沸扬扬，黄三郎却毫不在意，只说：“欠债还钱，天经地义。”
那夜，黄三郎梦见李秀才浑身是血地站在他床前，身后还跟着许多模糊的人影，都在哭诉被他逼得走投无路。黄三郎惊醒，冷汗涔涔，忽闻阁楼传来幽幽的歌声，似怨似诉。
次日，霍小玉主动来找黄三郎，神情严肃：“黄老爷，您可记得今日是什么日子？”
黄三郎想了半天，摇头。
“三年前的今日，您在那江边小镇收留了我。”霍小玉顿了顿，“也是那一日，运河里淹死了三个被水盗劫杀的客商。他们的冤魂不散，河神收留了他们，许他们三年后报仇。”
黄三郎脸色大变：“你、你什么意思？”
霍小玉微微一笑：“我就是河神派来的。河神与我有旧，知你贪财好色，命我来引你入彀。这三年来，你所获之财，十之八九都是那些冤魂生前之物；你所享之福，皆是他们未尽的阳寿。如今三年期满，该还债了。”
黄三郎瘫坐在太师椅上，浑身发抖：“你...你骗我！世上哪有什么河神！”