林牧之对自然哲学研究院的坚定支持和对基础科学“无用之大用”的定调，如同给在风雨中飘摇的“基石计划”注入了一剂强心针。旨意下达后，研究院的经费得到了保障，年轻学者们备受鼓舞，重新投入到艰深的理论探索中。然而，皇帝的支持可以暂时压制朝堂上的非议，却无法消除现实世界中长远投资与短期效益之间那根深蒂固的矛盾。这种矛盾，如同潜藏的暗流，在帝国日常运行的各个层面，持续不断地制造着摩擦与张力，考验着决策者的智慧与定力。
矛盾最直接、最尖锐的体现，来自于财政资源的分配。尽管有皇帝的特旨，但当户部尚书王玄策面对着一张张亟待拨款的申请单时，依然感到左右为难，捉襟见肘。
这一日，王玄策的户部值房内，气氛凝重。他的桌案上，一边堆着来自工造总局的加急奏请：为加速“龙吟”级蒸汽铁甲舰首舰“镇海号”的建造，需紧急追加一笔巨款，用于采购特种钢材和支付高级工匠的额外津贴；另一边，则是来自水师的紧急军需申请：东南沿海了望哨所报告，发现不明身份的远洋船只频繁活动，需立即增拨经费，加固海防炮台和增建烽火台。这两项，都是关乎国防安全的“燃眉之急”。
而在这两份紧急奏请之下，压着的正是自然哲学研究院按季度申报的常规经费拨付清单。清单上列着购买精密天文仪器（用于验证林烁的观测）、进口特殊光学玻璃（用于改进显微镜和望远镜）、资助学者远赴西域进行学术交流等项目，数额虽不及前两者庞大，但加起来也颇为可观。
王玄策揉着发胀的太阳穴，对两位前来催款的侍郎叹道：“陛下明鉴万里，深知基础科学之重要。然，巧妇难为无米之炊啊！战舰、炮台，乃是立竿见影的防御，稍有延误，后果不堪设想。而研究院的款项……唉，非是老夫短视，那些玻璃片、星象仪，何时能变成退敌的利器？这‘长远’二字，说起来容易，做起来，每一步都踩着现实的荆棘啊！”
一位侍郎附和道：“大人所虑极是。下官听闻，研究院那帮书生，近日又申请一笔款子，说要建什么‘恒温实验室’，研究物质在不同温度下的特性。这……这与造舰修炮相比，孰轻孰重，一目了然。即便陛下有旨，我等在执行时，是否……也可酌情缓拨？”
王玄策沉吟良久，最终提笔在研究院的拨款单上批了“准拨，然需分季度支付，暂缓恒温实验室之议，优先保障观测设备”。这是一个典型的折中方案，既没有违背圣意，又在一定程度上向短期需求倾斜。
当研究院收到这笔被“打折”和“延期”的经费时，负责财务的陆明远忍不住对林烁抱怨：“林兄，你看！户部还是信不过我们！恒温实验室是研究材料性质的关键，如今一缓，不知拖到何时！我们何时才能做出能让王相、郑将军他们看得见的‘成绩’？”
林烁虽然也感到失望，但比半年前沉稳了许多。他拍了拍陆明远的肩膀：“明远，陛下能顶住压力支持我们，已属不易。户部亦有户部的难处。我们不能只知索取，也要想办法让外界，尤其是军方和工造司，看到我们的价值，哪怕是一点点。”
矛盾的第二个层面，体现在人才与资源的隐性竞争上。“基石计划”需要吸纳最顶尖的年轻人才，但工造司、水师、乃至新兴的海外贸易公司，同样以优厚的待遇和“立竿见影”的事业前景吸引着寒川最优秀的青年。
一日，格致学院一位在算学上极有天赋的应届优等生赵乾，同时收到了两份聘书：一份来自自然哲学研究院，邀请他加入林烁的数学理论组，研究“用于描述连续变化的数学工具”（微积分雏形）；另一份来自工造总局“神机坊”，聘请他担任新式火炮的弹道计算员，薪酬是研究院的两倍，并且明确告知，其工作将直接应用于新一代“火龙炮”的定型。
赵乾内心十分挣扎。他钦佩林烁的学识，对理论探索充满好奇；但另一方面，家庭贫寒的他需要尽快改善生计，而“神机坊”的职位不仅收入高，且社会地位似乎也更“实在”。他的父亲，一位老秀才，也劝他：“儿啊，研究院清苦，前途渺茫。去工造司，是为朝廷造利器，名正言顺，俸禄也厚，更能光耀门楣啊！”
赵乾的犹豫，并非个例。它反映了在资源有限的情况下，代表“长远投资”的基础研究，在与代表“短期效益”的应用领域争夺人才时，往往处于不利地位。