双方各执一词，引经据典，争论渐趋激烈。朝堂之上，唾沫横飞，面红耳赤。清流言官指责对方“姑息养奸”、“因私废公”；实务官员则反驳对方“不谙形势”、“空谈误国”。甚至有人隐隐将话题引向“闽党”、“海商利益”，使得争论带上了党争的色彩。
龙椅之上，永历帝始终沉默，冷眼旁观着这场朝堂博弈。他需要听到这些声音，需要看清各方势力的立场与盘算。争论持续了近半个时辰，双方谁也说服不了谁，局面有些僵持。
这时，首辅瞿式耜终于出列。这位三朝元老，帝师首辅，甫一开口，便让喧哗的朝堂为之一静。
“陛下，诸位同僚。” 瞿式耜声音平稳，却带着不容置疑的份量，“靖海侯府之罪，罄竹难书，依律严惩，毋庸置疑。郑成功有无失察之过？有。御下不严，治家无方，确有其责。”
他先定下调子，肯定了郑成功有责任，让清流一方稍感顺气。随即话锋一转：“然，论罪当论其迹，亦当观其心，察其行。郑成功接旨后，未有一言申辩，未有一刻拖延，即刻上疏请罪，自请处分，并已对涉事亲族、部属及‘福泰昌’等关联势力着手清理。此乃戴罪图功，亡羊补牢之举。其奏疏在此，字字泣血，句句含悲，忠君体国之心，拳拳可见。”
他顿了顿，目光扫过方才主张严惩的官员：“东南海疆，万里波涛，非水师不能镇。水师将士，非郑成功不能安。若因其族人获罪，便锁拿主帅，东南水师顷刻瓦解，海疆门户洞开，西夷、倭寇、海盗必将蜂拥而至。届时，漕运断绝，商路阻隔，东南糜烂，诸公谁可当此重任？谁可保海疆无恙？”
这一问，掷地有声，让不少主张严惩的官员一时语塞。东南水师的特殊性和郑成功的不可替代性，是赤裸裸的现实。
“然，国有国法，朝有朝纲。郑成功有过，不能不罚。东南重地，亦不能因一人之故，再生隐患。” 瞿式耜转向御座，躬身道，“老臣愚见，当务之急，非在惩处一人，而在稳定东南大局，肃清余孽，以绝后患。可准郑成功所请，暂缓其进京，责成其戴罪立功，限期彻底肃清与侯府、‘福泰昌’勾结之将吏、豪商，整饬水师，确保海疆靖平。同时，陛下可遣一威望素着、心思缜密之重臣为钦差，持节赴东南，名为‘宣慰’，实为‘监军’、‘协理’，一则彰显朝廷威仪，二则督查郑成功整肃之事，三则安抚东南军民，四则可相机处理与西夷交涉等事宜。如此，既全了国法，又安了东南，更可查清余孽，稳固海疆。待东南事毕，海疆初定，再论郑成功功过，召其进京，陛下届时或奖或罚，天下咸服。”
瞿式耜这番话，可谓老成谋国，既考虑了法理，又兼顾了现实，既给了清流台阶（郑成功有过，要罚，要监控），又给了实务派空间（不立刻锁拿，让其戴罪立功，稳定大局），更提出了切实可行的操作方案（派钦差监军协理）。殿中不少官员暗暗点头，便是先前激烈反对者，也觉此议较为稳妥。
永历帝微微颔首，终于开口，声音透过冕旒，平静而威严：“首辅老成谋国，所言甚善。靖海侯府之罪，在于郑彩、郑斌及其党羽，朕已下旨严惩。郑成功有无过错，天下自有公论。然，东南海疆，关乎国本，不可轻动。”
他目光缓缓扫过群臣：“郑成功自请整肃，是其本分。然，朝廷不可不察。着拟旨：郑成功御下不严，有失察之过，罚俸三年，仍以延平郡王、水师提督总督东南海防诸军事，戴罪图功。限其两月之内，将境内与靖海侯府、‘福泰昌’等勾结之官、商、将、吏，一体擒拿彻查，肃清海疆，并将首恶施文豹等押解进京。其所辖水师，需加紧整训，严防西夷、海寇异动。另，着兵部左侍郎、右佥都御史陈子龙，为钦差大臣，即日赴东南宣慰，协理海防，督查郑成功整肃事宜，并酌情处理与西夷交涉事务。东南一应文武，皆需听其节制调遣。钦此。”
旨意一下，朝堂为之一静。这道旨意，可谓恩威并施，分寸拿捏得极准。革去虚衔、罚俸是惩戒；保留实职、令其戴罪立功是给机会；限期肃清是压力也是信任；派陈子龙为钦差，既是监督协调，也是代表朝廷坐镇，防止郑家势力反弹，同时陈子龙素有清望，熟悉东南，可稳定人心，处理与西夷的复杂关系。
“陛下圣明！” 瞿式耜率先躬身。侯峒曾、蒋德璟等也松了口气，齐齐拜倒。便是刘宗周等清流，见皇帝并未姑息，既有惩戒，又有监管，也觉维护了朝廷法度威严，虽对不立刻锁拿郑成功仍有些微词，但也知此已是最稳妥方案，遂不再多言。
“此外，” 永历帝语气转冷，“靖海侯府一案，牵连甚广。着三法司、肃纪卫，并东南、沿海各省，继续深挖严查，凡有涉案者，无论官阶高低，背景如何，一概依律严惩，绝不姑息！凡有借机诬告、构陷良善、扰乱地方者，亦严惩不贷！漕运、边军之中，凡有与侯府、‘福泰昌’等勾结者，一体清查！”
“臣等遵旨！” 众臣凛然应诺。
一场可能引发朝局剧烈动荡、甚至东南兵变的风波，在永历帝的乾纲独断与瞿式耜的调和下，暂时被控制在了相对稳定的轨道上。然而，所有人都明白，这只是开始。郑成功能否在限期内彻底肃清内部？陈子龙南下能否顺利掌控局面？那些隐藏更深的“亥”之余党，又是否会狗急跳墙？东南的海面上，风暴并未平息，只是暂时被压制。而帝国的决策，已如离弦之箭，射向了波涛汹涌的东南。