《士绅一体纳粮当差诏》如同投入滚油的冷水，在江南士绅集团中激起的反应，远比朝廷预料的更为剧烈、复杂，且迅速从腹诽抱怨转向了实质性的对抗。
尽管有冯全礼覆灭的前车之鉴和杨涟钦差的赫赫威名，但触及核心特权的痛楚，仍让一部分最顽固、最贪婪，或自身在“清算”中岌岌可危的土豪劣绅，决心铤而走险。
启明三年八月至十月，短短两月间，在南直隶苏州府、松江府，浙江嘉兴府、湖州府，江西吉安府等地，先后爆发了七起规模不等的骚乱或叛乱。
这些叛乱并非有统一指挥的大规模起义，而是各自为战，带有鲜明的地域性和复杂性：
苏州府常熟县，以致仕御史钱谦益族侄钱曾（历史上为藏书家，此处虚构为反派）为首的一批士绅，煽动、裹挟部分不明真相的佃户和市井无赖，以“朝廷夺我祖产，绝我生路”为名，聚众千余人，围攻县衙，驱逐新任的强力推行新政的知县，打开官仓，抢夺新近运抵准备分发贫农的“士绅一体纳粮”清册。
浙江湖州府南浔镇，几家靠垄断桑蚕丝织发家、拥有大量“投献田”（庶民将田产挂靠于其名下以避税）的巨贾，如温氏、邱氏，勾结当地漕帮残余势力，并重金招募亡命之徒，武装抗税，袭击下乡丈田的户部官员及护卫兵丁，造成十余人死伤，并扬言“罢市三月，饿死苏杭”，试图以经济手段胁迫朝廷。
江西吉安府，一些被“清算”风暴波及、即将被杨涟查办的地方胥吏头目与被剥夺优免的破落卫所军官后代勾结，趁府兵被调往他处平乱之机，煽动对“一体纳粮”同样不满的部分生员和卫所余丁，突袭府库，夺取兵器，占据县城，打出“反均平，复旧制”的旗号，形势一度颇为紧张。
消息以六百里加急接连传入北京。
武英殿内，气氛凝重，但并未慌乱。
陈远与赵胜、秦玉凤、李邦华、柳如是等重臣紧急商议。
“陛下，果不出所料，蠹虫不甘就死，跳梁矣。”
赵胜杀气腾腾，“请陛下再予臣调兵之权，臣愿亲提一师，南下荡平这些不知死活的腐儒、奸商、胥蠹！速战速决，以血立威！”
秦玉凤较为冷静：“朔国公所言自是正理。
然此数处叛乱，情形各异。
常熟为士绅煽动愚民，南浔是奸商勾结黑道，吉安乃胥吏军官作乱。
若一概以大军剿之，玉石俱焚，恐伤及太多被裹挟之无辜，亦坐实了朝廷‘暴虐’之污名，反中彼等下怀。
且大军南下，耗费甚巨，易使北疆空虚。”
李邦华赞同秦玉凤：“镇北侯所言极是。
当剿抚并用，分而治之。
对首恶元凶，必须以雷霆手段剿灭，悬首示众；对被裹挟之徒，可晓以利害，准其自新；对观望之士绅商贾，则宣示朝廷决心与政策，瓦解其抵抗意志。”
柳如是补充道：“《京报》需立即跟进，详细披露钱曾、温氏、吉安胥吏等人之罪行——平日如何盘剥乡里、对抗新政、此次又如何煽动暴乱、残害官民。
将其与‘士绅一体纳粮’之大政切割开来，向天下昭示：朝廷打击的是对抗国法、残民以逞的叛逆，而非所有士绅。
同时，报道朝廷对被裹挟者的宽大政策，攻心为上。”
陈远综合众人意见，迅速决断：
“赵胜，命你节制南京、杭州、南昌三处驻军，总督平叛事宜。
但不必亲往，坐镇南京即可。
具体用兵，委于当地得力将领。”
“对各处叛乱，处置如下：”
“一，对常熟钱曾等士绅首乱：此为对抗国策之标杆，必须狠打！
命苏州总兵，率精兵三千，即刻进剿。
破城后，首恶钱曾及核心党羽，无论功名，就地正法，传首苏松各县！
其家产悉数抄没，土地分与当地佃户贫农。
被裹挟之徒，弃械者免死，编入修河工役。
常熟知县力战殉国，追赠厚恤，其职由杨涟举荐干员接任。”
“二，对南浔温氏等奸商黑帮：此辈倚仗财势，勾结江湖，更为可恶。
命浙江巡抚，调集官兵，会同赵勇水师一部（封锁太湖），南北夹击。