当西域的烽烟暂熄，帝国的视线转向另一个同样复杂、充满瘴疠与叛服的边疆——西南。
云贵高原及川、湘、桂等省交界地区，历来是土司制度的天下。
这些世袭的少数民族首领，拥兵自重，割据一方，对朝廷时叛时服，形同独立王国。
明朝中后期虽有“改土归流”之议，然阻力巨大，成效不彰。
明末清初的战乱，更使得许多土司坐大，中央权威几乎荡然无存。
大陈立国后，虽陆续有土司上表归顺，接受朝廷的宣慰使、宣抚使等虚衔，然其内部治理、兵权、税收、司法依旧自成体系，甚至不时劫掠汉民州县，阻隔商路，成为西南大患。
其中，以云南的黔国公沐氏余部（已与当地土司结合）、贵州的水西 安氏、四川的永宁 奢氏、湖广的容美 田氏等势力最为强大难制。
启明四年夏，朝廷正忙于消化西北战果、推行内部新政之际，西南边陲接连传来急报：
云南 车里宣慰司（西双版纳）土司刀氏，因不满朝廷新设的“茶马司”监管茶叶贸易、限制其私下与缅甸交易，勾结境内孟艮等土目，起兵叛乱，攻陷普洱府，杀害流官，劫掠汉村，并煽动周边土司响应。
贵州 水西 宣慰使 安坤，借口朝廷清丈田亩、推行“士绅一体纳粮”触及其在汉民地区的“庄田”利益，聚集苗、彝兵马数万，封锁道路，袭击官军哨所，并暗中联络四川 永宁 宣抚使 奢崇明（历史上于天启年间叛乱，此处延后），图谋不轨。
湖广 容美 宣慰使 田舜年，则对朝廷在其辖地附近开矿、移民屯垦深感不安，虽未公然造反，但厉兵秣马，对过往商旅课以重税，屡次驱逐朝廷派去的宣慰使，态度极为桀骜。
消息传至北京，朝野震动。
一些官员主张“怀柔”，认为西南瘴疠之地，用兵耗费巨大，胜负难料，不如多给赏赐，承认其特权，羁縻了事。
但以陈远、兵部尚书孙传庭、以及刚从西北归来的秦玉凤（虽不直接主政，但发言权极重）为代表的强硬派则认为，土司之患，已成国疡，非彻底解决不可。
武英殿内，陈远指着西南地图，对重臣们道：“诸卿，西南土司，恃其险远，挟其部众，时降时叛，视朝廷如无物。
明代奢安之乱，祸连数省，教训深 刻。
今我大陈新立，若不趁国力方张，以雷霆手段，革除此弊，则西南永无宁日，国家赋税、人丁、矿产，皆受其制，后患无穷！”
“然则，西南山高林密，瘴疠横行，土人悍勇，熟知地形。
若一味强攻，恐重蹈前明覆辙，师老兵疲。”
有老成官员忧虑道。
秦玉凤出列道：“陛下，诸位大人。
西南用兵，确与塞北、江南不同。
然 其 弊 在 ‘ 土’， 其 利 亦 在 ‘ 土’。