赵勇领命返回沈阳，立即展开了紧锣密鼓的部署。
他深知，对付黑龙江流域的乱局，必须分清主次，双线并进，且手段需刚柔并济，乃至不乏机谋诡诈。
首先，他以雷霆万钧之势，集中辽东、吉林两省五万精锐，兵分多路，对盘踞在 长白山、张广才岭、老谷岭 等地的残清势力，发动了代号“ 犁庭”的全面清剿。
不再满足于驱逐，而是力求彻底歼灭。
他采纳了洪承畴在西南的策略，派出大量熟悉当地情况的“抚夷使”和细作，携重金和空白告身，深入山林部落，大肆招降纳叛，离间残清内部。
对顽固不化者，则大军合围，用火炮轰击其山寨巢穴，绝不手软。
在朝廷“降者免死，擒首来献者重赏，顽抗者族诛”的高压和利诱下，许多原本依附残清的小股武装、部落纷纷倒戈。
屯齐、拜音图等核心势力迅速被孤立、压缩。赵勇亲率主力，穷追猛打，历时四月，终在牡丹江上游的密林中，将屯齐残部合围。
屯齐拒降，战至最后一兵一卒，最终自焚于其隐匿的木寨之中。
拜音图则在逃亡途中，被其部下巴牙喇（护军）出卖，绑缚送至赵勇军前，被凌迟处死，传首辽东各卫所。
其余大小头目，或死或降。
至启明五年夏，为祸数年的辽东残清武装，基本被肃清。
赵勇将降众中精壮者编为“新满洲营”，派驻各地戍守，老弱则安置屯田，彻底铲除了罗刹人在当地最重要的“合作者”和内应。
在军事清剿的同时，针对罗刹人的行动也已悄然展开。
赵勇并未立即大举北上兴师问罪。
他先是派出了以兵部职方司郎中 张鹏翼为首的使团，携国书、礼品，由松花江乘船北上，前往雅克萨，试图与罗刹人头目进行交涉。
国书以满、蒙、汉、拉丁文（从北京耶稣会士处获得帮助）四种文字书写，措辞严正而留有回旋余地，重申了朝廷对黑龙江流域的主权，要求罗刹人拆除堡寨，撤离人员，停止侵略，并提出了在尼布楚进行划界谈判的建议，同时允诺开放边境互市。
然而，此时占据雅克萨的哥萨克头目哈巴罗夫，是个贪婪而狂妄的冒险家，他刚刚获得沙皇的嘉奖和新的探险特许状，正野心勃勃地试图征服更多土地，获取更多皮毛。
他根本看不起这个“南方帝国”的使者，认为其军队不堪一击（从残清溃兵口中得到的错误印象）。
他傲慢地拒绝了使团的全部要求，扣押了部分礼物，并将来使驱逐，扬言“哥萨克的马鞭所指之处，便是沙皇陛下的土地”，甚至挑衅性地加强了在黑龙江中游的巡逻和劫掠。
消息传回，赵勇不怒反笑。
他早就预料到，对付这些信奉弱肉强食的冒险家，没有足够的武力展示，任何外交辞令都是徒劳。
罗刹人的反应，正好给了他动武的充分理由，也让他看清了对方的虚实——远来疲敝，兵力有限，极度依赖据点，且与当地土着、乃至其“盟友”残清的关系都已破裂。
“是 时 候 了。”
赵勇对麾下将领道，“罗 刹 人 自 恃 火 器，踞 城 而 守，以 为 我 军 不 耐 苦 寒，不 善 攻 城。
今 日，便 让 他 们 见 识 见 识，什 么 叫 做 ‘ 天 朝 王 师’！”
他并未倾巢而出，只精心挑选了两万精锐，其中步兵一万（火铳手占四成），骑兵五千，炮兵一千（携各种火炮六十门，包括新式的“破虏”野战炮和臼炮），以及水师战船五十艘（载兵四千，负责运输、封锁江面、提供炮火支援）。
这支军队装备精良，训练有素，且不少军官参与过西北、西南战事，经验丰富。
启明五年七月初，赵勇亲率大军，自吉林乌拉誓师北上。
水师沿松花江入黑龙江，溯流而上。陆军则分两路，一路沿江岸陆路推进，保护侧翼并运输重型火炮和物资；另一路则以骑兵和轻步兵为主，穿越小兴安岭，从侧后包抄，切断雅克萨与尼布楚等地的陆路联系。
进军途中，赵勇严令：对沿途遇到的 赫哲、达斡尔、鄂伦春 等土着部落， 秋毫无犯，公平 交易，宣 示 朝廷 旨意，宣 布 残 清 已 灭，罗 刹 为 敌，号 召 其 助 战 或 保 持 中 立。
许多曾被罗刹人压榨欺凌的部落，闻讯后或提供向导，或送来粮草，甚至派出猎手助战。
七月下旬，大军抵达雅克萨城下。
这是一座典型的哥萨克木质棱堡，建在黑龙江北岸高地上，城墙由粗大原木搭建，四角有突出炮台，易守难攻，城内约有四百名哥萨克士兵和少量助战的土着仆从。
哈巴罗夫见大陈军势大，且拥有数量惊人的火炮，心中已怯，但自恃城堡坚固，火器精良，仍企图负隅顽抗。
他派人射书，言辞依然倨傲，要求大陈军退兵，否则将“给予毁灭性打击”。
赵勇冷笑，下令围城。
水师战船在江面一字排开，用船首炮轰击城堡临江一面。